Після поспішного відходу Червоної армії східні українці самоорганізовувалися й без стимулів з боку груп ОУН. Оскільки німецькі воєнні власті відносно людяно ставились до населення у перші місяці окупації, багато українців спонтанно влаштовували місцеве самоврядування. Сподіваючись, що німці ліквідують ненависні колгоспи й перерозподілять землю між індивідуальними власниками, селяни збирали врожай у надзвичайно тяжких умовах. Нерідко вчителі організовували школи, а робітники самі налагоджували роботу на заводах.
Стали з’являтися священики, котрі якимось чином пережили 30-ті роки, й проводити церковні відправи, масові хрещення дітей і молодшого покоління дорослих. З релігійним відродженням постали питання церковної політики. Православна церква на Волині розкололася на дві — автономну та автокефальну, які згодом поширили свій вплив на Центральну та Східну Україну. Перша була більш традиційною й, не пориваючи зв’язків із московським патріархом, виступала за церковну автономію України, але лише доти, доки патріарх залишався під радянською владою. Інша ж відродила деякі традиції УАПЦ (Української автокефальної православної церкви) 20-х років, виступаючи за незалежність українського православ’я.
По всій Україні з’явилося понад 100 некомуністичних газет. У великих містах, особливо в Києві, виникло багато літературних, наукових та громадських груп. Робилися навіть спроби формування політичної організації. У жовтні 1941 р. члени ОУН-М, які щойно влаштувалися в Києві, виступили з ініціативою створення (в основному із східних українців) Української Національної Ради, сподіваючись, що вона стане центральним урядовим органом України. Організації цивільного населення з’явилися також у Харкові та Дніпропетровську. Словом, у міру розвалу радянської влади відбувалося стихійне зростання громадської, культурної та господарської діяльності українців, яких живили надії на те, що німці от-от мають встановити українську державу.
Проте нацисти плекали інші плани. Роздратовані тим, що інтегральні націоналісти не зробили належних висновків із придушення спроби ОУН-Б встановити 30 червня 1941 р. свій уряд у Львові, нацистська адміністрація, яка прийшла на зміну військовим властям, вирішила повторити цей урок з більшим притиском. У вересні 1941 р. підрозділи СС заарештували й стратили багатьох членів похідних груп ОУН-Б. Десь через два місяці гестапо накинулося на ОУН-М, зосередивши удар на її впливовій київській групі. Було розстріляно понад 40 провідних членів ОУН-М, у тому числі поетесу Олену Телігу, закрито популярну газету «Українське слово». Київську пресу було передано проросійським групам, що слухняно виконували вказівки німців. Згодом нацистські власті стратили українського мера Києва Володимира Багазія й вигнали з органів управління, поліції та преси національно свідомих українців. Інтегральні націоналісти пішли в підпілля; стало очевидним, що їхній нетривалий «медовий місяць» із нацистським режимом закінчився.
На думку Александера Делліна та інших істориків другої світової війни, «з усіх східних територій, захоплених Третім рейхом, найважливішою, без сумніву, була Україна. Вона являла собою найбільшу радянську республіку, цілком окуповану німцями, і як джерело продуктів та робочої сили не мала собі рівних». Вирішуючи, як розпорядитися цим цінним трофеєм, нацистське керівництво розглядало два основних варіанти. Перший, найчастіше пов’язуваний з провідним нацистським ідеологом Альфредом Розенбергом, зводився до того, щоб здобути підтримку українців проти Кремля, надавши їм власну державу, яка, проте, мала перебувати під опікою Німеччини. Інший варіант, до якого схилялася більшість нацистської ієрархії, цілком нехтував інтересами українців і передбачав їх нещадну експлуатацію на користь нацистської імперії.
Спочатку виглядало на те, що Розенберг, як єдиний член нацистського керівництва, безпосередньо знайомий зі Східною Європою, стане тим, хто формуватиме нацистську політику на новозахоплених землях. Це враження посилилося після його призначення на посаду голови Міністерства окупованих східних територій. Розенберг розумів прагнення позбавлених державності народів регіону (від чого він не переставав бути прибічником їх економічної експлуатації Німеччиною). Його відоме переконання в тому, що Росію як багатонаціональну імперію треба перш за все розчленувати, давало підстави українським інтегральним націоналістам сподіватися на порозуміння з нацистами. Але інтегральні націоналісти не знали, що Гітлер був невисокої думки про теорії Розенберга взагалі та його плани стосовно України зокрема.
Згідно з расовою доктриною нацистів усі слов’яни були людьми другого сорту, і їхня роль зводилася до того, щоб служити німецькій расі. Гітлер і більшість його товаришів по партії вважали Україну першочерговим об’єктом німецької колоніальної експансії, а українців — майбутніми рабами німецьких колоністів. Перші перемоги утвердили переконання Гітлера в тому, що йти на поступки українцям немає потреби. Тому коли настав час призначення нацистського правителя України, Гітлер вибрав Еріха Коха — адміністратора, відомого своєю жорстокістю й нетерпимістю, а також особливою ненавистю до слов’ян. Про реакцію Коха на отримане призначення свідчить промова, звернена до його штабу після приїзду на Україну у вересні 1941 р.: «Мене знають як жорстокого собаку. Саме тому мене призначено райхскомісаром України. Наше завдання полягає у висмоктуванні з України всіх товарів, які лише можна захопити, без огляду на почуття і власність українців. Панове, я чекаю від вас найсуворішого ставлення до місцевого населення». З іншої нагоди він ось як підкреслював свою відразу до українців: «Якщо мені трапиться українець, достойний сидіти зі мною за одним столом, я муситиму наказати, щоб його розстріляли». Ця людина більш, ніж хто інший, спричинилася до того, щоб настроїти українців проти німців.
Незабаром ставлення німців до українців знайшло своє подальше втілення. У серпні 1941 р., повністю нехтуючи національними прагненнями українців, Гітлер наказав розбити Україну на окремі адміністративні одиниці. Найбільша з них, під назвою Райхскомісаріат Україна, що обіймала Правобережжя і більшу частину Лівобережжя, була передана до рук Коха. Кох відмовився встановити свою «столицю» у традиційному центрі України Києві й натомість вибрав невелике провінційне волинське місто Рівне. Замість того щоб приєднати Галичину до решти України, німці перетворили її на один із районів Генерального губернаторства Польщі, що викликало глибоке обурення українського населення краю. Буковина й частина Південно-Східної України, включаючи Одесу, були передані союзникові Німеччини Румунії й стали називатися Трансністрією. Нарешті, наближені до лінії фронту східні землі в околицях Харкова залишалися під юрисдикцією німецької армії. Ці дії з усією ясністю свідчили про переконаність нацистського керівництва в тому, що «України не існує… це всього-на-всього географічне поняття».
Структура і чисельність німецької цивільної адміністрації на Україні не лишали сумнівів щодо намірів німців зберегти за собою цілковитий контроль. Сюди було виряджено велику кількість чиновників. Але оскільки Україна була однією з останніх завойованих країн, то на неї припали лише покидьки німецького чиновництва. Тому пихатість німців нерідко поєднувалася з невмілістю. Непорушним принципом нацистських властей стало те, що на всі важливі адміністративні та господарські посади аж до повітового рівня призначали німців. Українцям дозволялося займати лише найнижчі адміністративні посади, такі як сільський староста, мер невеликого міста, дрібний поліцай.