Однак найвидатнішою заслугою Сагайдачного було те, що він дивився на козаків не лише під кутом зору їхніх особливих станових інтересів, а й як на потенційних рушіїв українського суспільства в цілому. Саме він об’єднав військову силу козацтва з політично слабкою церковною та культурною верхівкою України. Це об’єднання відбулося в досить ефектний спосіб: у 1620 р. Сагайдачний разом зі всім Запорозьким Кошем вступив до Київського братства. Цей крок мав продемонструвати, що відтак запорожці стають на підтримку релігійних і культурних потреб України.
Того ж року Сагайдачний із православними священиками запрошує до Києва єрусалимського патріарха Феофана для висвячення нових православних ієрархів. Поляки погрожували схопити патріарха Феофана як шпигуна, тому гетьман забезпечив йому охорону. Після висвячення нового митрополита та єпископів Сагайдачний на чолі тритисячного загону козаків супроводжував патріарха аж до турецького кордону. Популярність цього козацького гетьмана була такою великою, що коли у 1622 р. він помер, на похорон прийшли цілі натовпи киян. Ректор Київської братської школи Касіян Сакович написав красномовний панегірик, в якому назвав Сагайдачного мудрим ватажком і відданим покровителем православ’я й пов’язав його діяльність із традиціями київських князів. Козацтво з усією очевидністю ввійшло в нурт життя українського суспільства.
Інші повстання. Після смерті Сагайдачного конфлікти знову стали основною рисою польсько-українських взаємин. Спочатку здавалося, що їх можна було уникнути, бо найближчі наступники померлого гетьмана Оліфер Голуб та Михайло Дорошенко були водночас його близькими однодумцями й поділяли принципи політики примирення. Але після битви під Хотином у 1621 р. серед козацтва, й особливо нереєстрового, зростало невдоволення, оскільки загартоване в боях 40-тисячне козацьке військо поверталося на Україну без усякого наміру знову стати кріпаками, як того вимагав уряд, але водночас і без надії на те, щоб бути включеними до реєстру. Частина з них збиралася на Запорозькій Січі, в той час як більшість поверталася до своїх міст і сіл. Вони лише чекали нагоди, аби дати волю своєму невдоволенню. В середині 1620-х років, намагаючись спрямувати їхній запал в інше річище, Дорошенко організував ряд морських походів проти турків, повідомивши мусульман, що [польский] король [може] й міг замиритися з вами, тільки не ми». Вперше козаки були втягнуті у внутрішні чвари в Криму, підтримуючи настроєного проти турків претендента на ханський трон.
Поляків дуже дратувало те, що козаки вважають себе чимось на зразок держави в державі. Король скаржився в сеймі: «знову на передній план виходить внутрішня анархія, котра породжує ускладнення і втягує нас у конфлікти з могутніми сусідами. Ігноруючи зобов’язання вірності й служіння своїм панам, вони (козаки. — Авт.) встановили власний порядок і загрожують життю і майну невинних людей. До того ж їм підкоряється вся Україна». Вирішивши застосувати до козацтва політику «твердої руки», для її проведення уряд призначив гетьманом Станіслава Конєцпольського — рішучого й досвідченого полководця, який мав величезні маєтки на Україні. У 1625 р. на чолі восьмитисячного війська Конєцпольський вирушив на Україну. Із Запорозької Січі йому назустріч вийшло шеститисячне козацьке військо на чолі з Марком Жмайлом. Після кількох невдалих боїв із поляками запорожці знову обрали гетьманом поміркованого Дорошенка й розпочали з ними переговори, що завершилися компромісом. Реєстр було збільшено до 6 тис., і це імпонувало внесеним до нього заможним (і «більш заслуженим») козакам, але переважна частина рядового козацтва мала повернутися під владу панів.
Із завершенням складання реєстру Дорошенко взявся вдосконалювати організаційну структуру 6 тис. «законних» козаків. Він поділив їх на шість полків з осередками в Києві, Каневі, Корсуні, Білій Церкві, Переяславі та Черкасах. Кожний полк поділявся на сотні з осередками в менших містечках, розташованих на полковій території. Цивільна і військова влада над усіма козаками відповідної території належала козацьким старшинам, у той час як загальне управління здійснював гетьман зі своєю канцелярією. Він обирався козаками й затверджувався королем. Так реєстрові козаки вдосконалювали своє самоуправління попри пильний нагляд поляків. На відміну від них Запорозька Січ — цей бастіон войовничих і «незаконних» козаків — хоч і формально підпорядковувалася гетьманові, де-факто зберігала автономію.
Давши згоду на збільшення реєстру, поляки сподівалися, що реєстрові козаки контролюватимуть інших. Коли у 1629 р. гетьманом обрали Грицька Чорного — виразника пропольських настроїв, Річ Посполита, здавалося, нарешті знайшла ідеально слухняну людину. Проте, намагаючись догодити урядові, він викликав серед козаків таку лють, що на початку 1630 р. загін запорожців викрав Чорного на Січ, де його судили і стратили. Тоді запорожці та нереєстровці обрали новим гетьманом відважного Тараса Федоровича (прозваного Трясилом), який повів у старостівські землі велике повстанське військо. І знову Конецнольський на чолі королівського війська і реєстрових козаків був змушений розпочати виснажливу воєнну кампанію. Цього разу йому щастило менше, ніж раніше, й у серпні в укладеній у Переяславі угоді повсталі козаки добилися несподівано великих поступок: реєстр збільшувався до 8 тис., Трясило уникнув покарання, а повстанцям дарувалася амністія. Проте нерозв’язаними лишалися пекучі проблеми нереєстрового козацтва, що призвели до повстання.
У 1635 р. Річ Посполита вдалася до нових методів приборкання непокірних козаків. На Дніпрі, на північ від Січі, поляки збудували грізну фортецю Кодак, що мала стояти на перешкоді запорожцям. Але за кілька місяців до закінчення її спорудження загін козаків на чолі з Іваном Сулимою зруйнував фортецю й знищив усю її залогу. Проте жменька реєстрових козаків, прагнучи вислужитися перед поляками, видала Сулиму королівським властям, які засудили його до страти. Незабаром, у серпні 1637 р., в боротьбу з поляками вступило ще одне козацьке військо на чолі з Павлом Павлюком. До Павлюкових сил, що рухалися із Січі на північ, приєднувалися великі групи селян Правобережної України та щойно освоєного Лівобережжя. Але знову повстанців перехитрили вдалим маневром на відкритій місцевості, й у грудні 1637 р. під Кумейками, біля Чигирина, польська армія завдала їм рішучого удару. Проте ця поразка ще не стала кінцем повстання, яке продовжувалося на Лівобережжі під проводом Яцка Острянина та Дмитра Гуні аж до остаточного придушення влітку 1638 р.
Сповнені жадобою помсти, поляки тепер не збиралися торгуватися. Натомість вони диктували свої умови. За «Ординацією» (законом, ухваленим сеймом) реєстр зменшувався до 6 тис. і навіть реєстрові козаки втрачали право на самоврядування. Скасовувалася посада гетьмана, а натомість вводилася посада польського старости, затверджуваного королем. Козацькі полковники та осавули тепер мали обиратися із шляхти. Суворо обмежувалася територія розселення козаків, а кожний, хто без дозволу намагався втекти на Січ, карався на смерть. Тисячі козаків, не внесених до реєстру, оголошувалися кріпаками. На додаток до цих драконівських заходів магнати, зокрема Ярема Вишневецький — найбагатший на Україні землевласник, — установили в країні жорстокий терор, без розбору мордуючи кожного, на кого падала підозра в непокорі. Ось як цинічно польська знать виявляла своє розуміння козацького питання: «Козацтво — це нігті в організмі нашого суспільства, вони надто швидко відростають і тому потребують частого підстригання». І справді, протягом наступних десяти років небувалого спокою та стабільності, що їх польські історики часто називають «золотим спокоєм», здавалося, ніби репресії — це найефективніший спосіб взаємин із козаками.
Тут важливо розглянути причини, з яких п’ять згаданих великих козацько-селянських повстань, що відбулися на Україні за 45-річний період, не мали успіху. Великою мірою причиною цих невдач було те, що, незважаючи на провідну роль козацтва у повстаннях, багато їх учасників були селянами, й тому самі повстання характеризувалися рядом недоліків, притаманних усім селянським виступам. Вибухаючи, як правило, стихійно, ці повстання не були ретельно сплановані та не мали далекосяжних цілей. Крім бажання негайно помститися за кривди, ні козаки, ні селяни не мали уявлення про те, чого вони прагнуть. Попри свою величезну відвагу повстанці нерідко виявляли обмеженість і робили помилки у воєнних діях, оскільки селяни не бажали воювати поза межами своєї місцевості або під час сівби чи жнив. Непослідовність дій поглиблювалася соціально-економічними відмінностями у середовищі козацтва: не маючи чого втрачати, рядове козацтво, як правило, одразу йшло на повстання, в той час як заможна старшина частіше схилялася до переговорів, компромісів чи капітуляції. Однак, незважаючи на ці недоліки, кожне наступне повстання свідчило про зростання сили та військового досвіду повсталих. Збільшувалась їхня чисельність, удосконалювалася тактика, міцнішав зв’язок козацтва із селянами та справою оборони православ’я. Десятирічний «золотий спокій» лише тимчасово приховав конфлікт, що от-от мав знову вибухнути.