Гонения между тем на православных не прекращались во все время путешествия Мелхиседека, продолжавшегося около года. Когда же с возвращением его началось в украинских церквах чтение королевского привилея, ограждавшего свободу православия. Это, с одной стороны, высоко подняло дух народный массы приневоленной пред тем к унии, которая снова возвратились к православию, а с другой — довело до исступления её врагов и вызвало этих последних на новые жесточайшие преследования исповедников православия.
Польша находилась тогда в периоде полного разложения; то была пора полного бессилия закона и всякой власти, не исключая и королевской. Распущенная шляхта цинично глумилась над выданным королевским привилеем, указывая для него самое непристойное назначение; шляхтич Хайновский азартно кричал: «И королю отрубят голову за то, что схизматикам выдал привилей».
Возвращение к православию только что приневоленных «боем нещадным» к унии сочтено было бунтом, ходатайство Мелхиседека пред императрицею и королем — тяжким преступлением, сам он объявлен бунтовщиком, достойным самой тяжкой кары. Такой декрет выдан был на него и на всех непокоряюшихся унии от радо-мысльской униатской консистории. Видно, упомянутые письма вице-канцлера ценились ещё менее, чем королевский привилей. Этим декретом отпавшие от унии священники объявлялись лишенными своих мест и подлежащими строгому телесному наказанию и изгнанию, на непокорные громады налагались огромные денежные штрафы, с обращением их на постройку миссионерского дома и содержание миссионеров унии. И все это должны были привести в исполнение агенты помещичьей власти, под опасением суда латинской консистории…
Сам Мелхиседек потребован был к суду униатского официала Мокрицкого. Командам пограничных форпостов на Днепре отдан был строжайший приказ не пропускать никого в Переяслав, сношения внутри в такой степени были стеснены, что, по выражению Мелхиседека, никуда не пускали «а ни человека, а ни жида». Всякая попытка пробраться к епископу для рукоположения, получения антиминса или иной надобности наказывалась самым жестоким, киев в триста, боем.
На одном из таких форпостов схвачен был и Мелхиседек, возвращавшийся из Переяслава, и после всевозможных личных над ним насилий и издевательств завезен был в кандалах на Волынь и там, в м. Грудке, замурован в каменной тюрьме, где едва не лишился жизни.
Вступившее пред тем в Украину польское войско, так называемая украинская партия, под командою Воронина, навела ужас на все живущее. Начались страшные поборы на войско, народ массами сгоняли на работы в обоз под м. Ольшаной. Воронин рассылал летучие отряды для усмирения бунтующихся, т. е. не желающих принять унии, и карал жестоко. Сопровождавшему Мелхиседека в Переслав сотнику жаботинскому Харьку отрублена голова в конюшне, млиевский ктитор Даниил Кушнир всенародно сожжен в обозе под местечком Ольшаной. В то же время униатской официал Мокрицкий, утвердивши свою резиденцию в Корсуне, с толпою инструкторов и инстигаторов, с отрядами вооружённых Козаков, разъезжал по Украйне, брал с бою церкви, ловил монахов и священников, бил их смертно, заковывал в железа, забивал в кандалы и под караулом отправлял в Радомысль, где им снова давали по 600 и 800 ударов, бросали в смрадные ямы, заставляли тачками возить землю.
Не лучше было и положение мирян: над ними производили не-изобразимые и неисчислимые насилия, иных до смерти забивали, другим рты разрывали, руки и ноги выворачивали. Шляхта и духовенство униатское щеголяли друг перед другом в изобретении мук и казней; буйство, распущенность, необузданное своеволие спорили с фаватизмом и непримиримою злобою. Так называемые «похвалки», или угрозы безумствовавшей шляхты, довершали смятение и ужас народа. Нередко целым громадам объявлялся смертный приговор, назначался день и час казни, или же без означения срока грозили всех истребить поголовно. «Людям смертным страх мечтался, и все лишения имущества и живота ожидали». По местам действительно готовились к смерти, надевали чистые рубахи, исповедовались, приобщались, навеки прощались; в других местах поголовно оставляли жилища, уходили в леса, горы и дебри.