Однако Павел I и в этом вопросе решил действовать вопреки политике матери. Новый император пошёл по пути сближения с католической церковью. Трон русского царя окружили рыцари Мальтийского ордена из тайных иезуитов, а также сами иезуиты, из которых хитрейший интриган патер Грубер сделался даже домашним человеком во дворце, разные французские эмигранты, польские магнаты и прочие паписты.
Иезуиты крепко утвердились в самом Петербурге, завладели всеми имениями и доходами здешней католической церкви на западе империи. При таком усилении в государстве польских и католических элементов дело перехода униатов в православие, конечно, совсем остановилось.
Павел I был милостив к униатам, открыл для них закрытые прежде Луцкую и Брестскую епархии, но не признавал за униатской церковью никакой самостоятельности и подчинил её одному общему управлению с латинской в католической коллегии, где из униатов не было ни одного члена. Совращение униатов в католичество не подвергалось никакому взысканию, чем, конечно, и не замедлила воспользоваться католическая пропаганда, все более и более опустошая унию.
При Александре I, пользуясь либеральным характером первых лет этого царствования и широкой свободой вероисповедания, иезуиты успели заловить в свои сети немало даже чисто русских и православных людей, особенно из высших классов. Их школы и миссии охватили всю западную Россию, распространились и по южной России от Киева до Симферополя и от Каменца-Подольского и Одессы до Моздока, проникли в немецкие колонии на Волге, в Астрахань и другие места, где только были какие-нибудь католики, даже в Сибирь — в Томск и Иркутск, где находились ссыльные поляки. В 1814 г. в католичество был завлечен молодой князь Голицын, племянник синодального обер-прокурора.
Граф М.Д. Бутурлин в своих «Записках» писал, что «граф Кочубей, в бытность его (в 1802 г.) министром внутренних дел, предложил дозволить иезуитам вводить римско-католическое исповедание и даже преклонять к этому, чрез миссионеров, магометанские и идолопоклоннические народы в Астраханской, Оренбургской и Сибирских губерниях. Министр народного просвещения, граф Алексей Кириллович Разумовский, обратился с просьбой к де-Местру, чтобы он потрудился составить письменную программу для воспитания Русского юношества… Не забыть мне никогда этого Римского духовного воинства, благодаря которому почти все мое семейство сделалось как бы изгнанническим…
Сила ордена Лойолы была тогда в апогее в Петербурге, благодаря покровительству, оказанному его членам двумя царствованиями. Думается мне, что подготовка к позднейшему переходу в латинство моей матери и старшей сестры Марии Дмитриевны начались именно в эту зиму. В их доме бывал иезуит патер Журдан. В большинстве семейств высшего общества наставниками детей были французские аббаты. В Петербурге окатоличеванию способствовала принцесса Тарант. Видимо, она помогла отступничеству С.П. Свечиной, графине Ростопчиной. После смерти Тарант последовали совращения княжны Гагариной (еще не замужней), сестер Головиных, двух дочерей графа Ростопчина, графини Шуваловой, урожденной княжны Щербатовой и др. Тетка Бутурлина графиня Мария Воронцова говорила ему, что главной причиной её перехода было то, что она недостаточно знала русский язык, чтобы объясниться с русским своим духовником».
Успехи католических миссионеров в России вызвали негодование униатских иерархов, склонных к сотрудничеству с православной церковью. Так, в 1803 г. униатский епископ Ираклий Лисовский отправил в Петербург протоирея Иоанна Красовского с представлениями «о крайне униженном и заброшенном состоянии своей паствы». Представления эти произвели впечатление на Александра I. В том же 1803 г. он издал указ, запрещавший обращение униатов в католичество. В следующем году в число членов католической коллегии указано было ввести одного униатского епископа и трёх униатских асессоров. В 1805 г. сама коллегия была разделена на два департамента — католический и униатский. Председателем последнего был назначен Лисовский. В 1806 г. он был возведен в сан самостоятельного митрополита. Униатская церковь, таким образом, почти совсем освободилась от давления латинян. Самой важной заслугой митрополита Лисовского было то, что он успел значительно подорвать вредную силу базилиан и поднять из унижения белое духовенство, которое всегда было опорой народного и православного духа мещан и селян.