Але сталося не зовсім так, як того бажав більшовицький центр. Народні секретарі першої каденції українського (етнічно або територіально) походження, насамперед В. Шахрай, Г. Лапчинський, М. Скрипник, стали найпершими та найпослідовнішими українськими націонал-комуністами. Відзначимо, що всі вони на час Жовтневого перевороту були більшовиками. Це важливо, оскільки переважна більшість тих, кого пізніше відносили до націонал-комуністів, були все-таки вихідцями з українських соціалістичних партій. Уявлення названих народних секретарів та їхніх однодумців про майбутнє як України, так і комуністичної партії на її території згодом істотно розійшлися з планами більшовицького керівництва. Адже Україна для них перетворилася на реальну цінність, що стало важливим уроком для Кремля. У подальшому такої «однорідності» компартійно-радянського керівництва, як на початку 1918 р. (етнічні українці, вихідці з України чи ті, що раніше тривалий час працювали на її території), Ленін більше не допускав.
Однією з перших ухвал ЦВК рад України, засідання якого спочатку відбувалися досить часто, став протест проти спроб російського Раднаркому налагодити відносини з Центральною Радою. За пропозицією Георгія Лапчинського 12 січня 1918 р. (30 грудня 1917 р.) було ухвалено резолюцію, в якій наголошувалося на необхідності для уряду Росії «з усіх питань, що стосуються Української Республіки, діяти виключно у згоді з Народним секретаріатом і через Народний секретаріат». Це була лише перша ластівка — незважаючи на визнання федеративного зв'язку з Росією, надалі державницька риторика Народного секретаріату лише посилювалася. Це непокоїло більшовицький центр. Втім, у «харківський період» існування радянської УНР такі погляди її керівників не становили практичної незручності для ленінського Раднаркому, оскільки, за свідченням її керівників, у той час «Всеукраїнський уряд являв собою центр без периферії, штаб без армії, коли він не мав ні території, ні підпорядкованого йому населення, ні збройної сили».
Новоутворена радянська УНР відразу здобула безумовну публічну підтримку ленінського Раднаркому, що було вже продемонстровано на прикладі з визнанням її кордонів. У свою чергу, радянська УНР з початку свого існування претендувала на ті території, які визнала українськими Центральна Рада. І часом навіть ішла далі. Приміром, у III Універсалі йшлося про включення у майбутньому до складу України частин «суміжних губерен і областей, де більшість населення українське». І хоча УЦР таке рішення пропонувала ухвалити «по згоді організованої волі народів», керівництво радянської України часом розглядало території суміжних регіонів з українською більшістю населення як свої. На сході це насамперед стосувалося Таганрозької округи, куди наприкінці березня 1918 р. переїхав Народний секретаріат — уряд тогочасної радянської України. Зокрема, у ноті Народного секретаріату від 6 квітня 1918 р. підкреслювалося: «Стосовно вимог наркома Сталіна, щоб Народний секретаріат залишив Таганрог, ми лише вкажемо, що Таганрог є частиною Української народної Республіки і лише населення цієї території може заявити, до якої Радянської Федерації воно бажає належати, до Російської чи Української».
Цікава деталь: до 15 березня, коли ЦК РКП(б) вирішив створити окреме адміністративне утворення в Криму, керівництво радянської УНР розглядало півострів як складову частину України. Таке ставлення простежується в низці тогочасних рішень радянської УНР, керівництво якої регулярно надсилало настанови до Криму. Зокрема, у постанові Народного секретаріату від 7 березня йшлося про «Україну в кордонах III і IV Універсалів, тобто в тому числі й ті частини України, які складають Донську, Донецьку, Кримську та Одеську Радянські Республіки».
Народний секретаріат уже конфліктував з усталеною в Харкові радянською владою. Протистояння між двома радянсько-більшовицькими (харківською та загальноукраїнською) силами було настільки значним, що, як зауважував 1918 р. В. Шахрай, «під час перебування ЦВК і Народного секретаріату в Харкові стосунки між ним і місцевою Радою та більшовиками були надзвичайно зіпсовані, і під час від'їзду справа ледь не дійшла до збройного протистояння». До того додалася ще одна автономна радянсько-більшовицька сила — надіслані з Росії червоногвардійці за загальним керівництвом згаданого вище В. Антонова-Овсієнка. Цей діяч отримував директиви безпосередньо з більшовицького центру й теж намагався командувати усіма компартійно-радянськими структурами в Україні.
З'їзд рад, на якому було проголошено радянську Україну, навіть у радянському полі був недостатньо представницьким. Адже участь у ньому взяли представники лише 82 рад із наявних на той час в Україні 240 рад. Причому більшість із тих рад, делегати яких узяли участь у з'їзді (46) представляли Донецько-Криворізький басейн. Самі учасники з'їзду визнавали, що в ньому брала участь лише «частина селянських депутатів». Щоб долучити представників селянства до складу вищих владних структур у січні 1918 р. було вирішено скликати Всеукраїнський з'їзд селянських депутатів. Через недостатнє представництво (замість запланованих 300 прибуло лише 78 делегатів) зібрання селянських депутатів, яке відбулося 2—4 лютого (20—22 січня), було оголошено конференцією. Рішенням конференції було схвалено діяльність Народного секретаріату та до складу ЦВК рад України дообрано 20 депутатів.
Щоб остаточно зняти питання про легітимність радянської УНР було вирішено скликати II Всеукраїнський з'їзд рад. Його планували провести у Києві — столиці України. Описуючи ті події, М. Скрипник згодом відзначав: «Нарешті, після багатьох битв пролетарська червона гвардія наблизилася до Києва. Чудову столицю України... було здобуто не зразу. Коли радянські війська визволили столицю України, ВУЦВК і Народній секретаріат 8 лютого переїхали до Києва». Загалом Київ як природна національна столиця України ні в кого не викликав сумніву, а Народний секретаріат у телеграмі до РНК Росії від 10 лютого (28 січня) підкреслював: «Робітничо-селянська радянська влада правитиме з Києва».
Однією з цілей переїзду уряду до Києва була спроба більшовиків перебити українсько-німецькі переговори у Бресті. Завадити підписанню мирного договору між Центральною Радою УНР та країнами Четверного союзу не вдалося: угоду було укладено 9 лютого (27 січня). Одним із пунктів цієї угоди була військова допомога Центральній Раді. Тому Народний секретаріат у Києві не затримався. Уже наприкінці лютого радянський уряд України був змушений покинути Київ і переїхати спочатку в Полтаву, а потім у Катеринослав, де 17—19 березня й відбувся II Всеукраїнський з'їзд рад.
Радянська влада в Києві проіснувала трохи більше двох тижнів. Через нетривалість перебування урядових структур радянської УНР у Києві детально зупинятися на цьому немає потреби. Хіба що зауважимо, що ставлення Київської ради робітничих депутатів до Народного секретаріату було прихильне, що дає підстави стверджувати, що більш-менш реальні важелі управління за урядом радянської УНР були визнані лише з цього часу. Це визнавали й самі тогочасні урядовці, зауважуючи, що саме після переїзду до Києва Народного секретаріату та президії ЦВК рад України вони «віднайшли, правда, на дуже короткий строк, справжню столицю, де відчували себе господарями становища».
Скликати такий бажаний для легітимізації радянської УНР II Всеукраїнський з'їзд рад вдалося лише 17—19 березня у Катеринославі (нині — Дніпро). Саме на цьому з'їзді була проголошена незалежність радянської УНР. Невдовзі після закінчення роботи з'їзду вищі урядові інстанції відбули до Таганрога, який і став останнім їхнім притулком аж до самоліквідації. Але говорити про реальне владарювання обраних на цьому з'їзді органів влади радянської України не доводиться: територію України вони не контролювали.