2 липня він підписав заповіт, а наступного дня висповідався, прийняв соборування і тихо помер.
Наступні п'ять років козацькою Україною керувала Малоросійська колегія (такий собі «колективний гетьман»), котра своїми зловживаннями дратувала не лише старшину, а й звичайних мешканців Лівобережжя. І після смерті Петра І відбувся певний «відкат» у російській політиці ліквідації української автономії.
За іронією долі, саме через занепокоєність відомого ворога «мазепинства» князя Меншикова діями гетьмана — емігранта Пилипа Орлика, загостренням відносин з Османською імперією і через небезпеку великої війни в Європі, у яку мало не вступила Росія на боці австро—іспанської коаліції, було ухвалене рішення про ліквідацію Малоросійської колегії та відновлення гетьманства в Україні. Урочисті вибори (а фактично царське призначення без жодних договірних статей) гетьманом миргородського полковника, старого знайомого Мазепи, 73–річного Данила Апостола відбулися 1 жовтня 1727 року в Глухові.
Проте всі ті росіяни та українці, хто міг подумати, що сивочолий дідусь уже стоїть «на Божій дорозі» і не має жодних серйозних політичних планів, сильно помилялись! Мало того, що Данило Апостол прожив іще понад шість років на зло своїм ворогам і на радість друзям і численній родині, він устиг залишити помітний слід в історії козацької України саме як гетьман. Старий козарлюга спробував улаштувати справжню кадрову чистку під вічно актуальним девізом боротьби з корупцією (не гіршу за ті, котрі колись улаштовував його давно покійний шеф Іван Мазепа), виганяючи з посад високопоставлених хабарників, особливо тих з них, у чиїй лояльності щодо себе пан Данило мав сумніви (чого варті лише довголітня «війна» Апостола з кланом Марковичів чи російським резидентом в Україні й відомим хабарником Ф. Наумовим!). Не був сивий ветеран і царським холопом — 1728 року він разом зі старшиною подав петицію до Петербурга, на котру імператриця Анна Іоанівна відповіла так званими «Рішительними пунктами», які в обмеженій формі зберігали українську лівобережну козацьку автономію. Протягом 1729–1731 років було проведено так зване «Генеральне слідство про маєтності», внаслідок чого було визначено і повернуто в державне користування частину рангових (державних, які надавалися за службу і на термін служби козацьких урядовців) землі, безпідставно захоплені в приватне володіння, проведено реорганізацію фінансової системи України (зокрема, вперше встановлено кошторис); 1730 року гетьман видав «Інструкцію українським судам», де встановлювався порядок апеляції в судових справах, обмежено кількість полків російської армії, що стояли на щорічному постої в Україні тощо.
За всебічного сприяння гетьмана було досягнуто значного зовнішньополітичного успіху для Російської імперії — вже після смерті Апостола, 1734 року, до земель під владою імператриці Анни повернулися запорожці, заснувавши так звану Нову Січ на річці Підпільна (проіснувала до 1775 року). Саме за Апостола було розпочато грандіозну роботу зі створення справжнього писаного кодексу тогочасного українського права («Права, по которым судится малороссийский народ»); силами українських козаків і селян на півдні Гетьманщини була збудована страшенно трудомістка і, як виявилось, не надто ефективна проти татар Українська лінія (1731–1733 роки). За військові заслуги імператриця Анна 1731 року нагородила колишнього «мазепинця» одним з найвищих орденів Російської імперії — орденом Святого Олександра Невського (яким Данило Апостол вельми пишався).
Проте старість підточила навіть залізне здоров'я гетьмана. 28 квітня 1733 року гетьмана частково паралізувало — віднялись ліві рука й нога. Проте останній бій мужнього козака зі смертю тривав — гетьман навіть почав одужувати, знову займатися державними справами. Другий інсульт стався на початку нового, 1734, року і 15 січня гетьман — Данило Апостол помер.