После исключения Драгоманова из гимназии его одноклассники обратились к попечителю Киевского учебного округа Н. И. Пирогову с просьбой "о снисхождении к нашему товарищу. Если же это невозможно, то мы покорнейше просим Вас не сделать, по крайней мере, недоступным для Драгоманова университет, который имеет честь состоять под ведением Вашего Превосходительства". Пирогов отправил в Полтаву письмо, о котором современные драгомановеды пишут: "Цей лист є справжнім зразком сумлінного ставлення вихователя молоді до виконання своїх обов’язків, і звучить він дуже сучасно". Среди прочего Пирогов писал: "Вина Драгоманова такова, что он непременно должен быть удален из заведения, но его нужно уволить по прошению, не препятствуя вступлению его в университет…" В итоге "вчинили волю славетного попечителя округу Пирогова, згодилися написати замість "исключается" — "увольняется" (ніби по своїй волі), через те зоставалось хоч право вступити в університет". "Михайло, — вже за своїх студентських часів, — привіз і залишив дома портрет славутнього педагога й ученого Пирогова". Пирогов преподавал сестре Ольге. Но ни сестра, ни брат не удосужились ознакомиться с мировоззрением Николая Ивановича. Великий ученый считал, что в опыте жизни и самопостижения человек нуждается в "идеале Богочеловека, в лице которого верховный вселенский разум и верховная воля делается для него доступнее". Пирогов осмыслил необходимость для человека мировоззрения, в центре которого — "высший и утешительный из идеалов — наш Спаситель". Пирогов был мудр. Драгомановы же были людьми умными, способными, но, к сожалению, далеко не мудрыми.
Ольга Косач писала, что дядя "скінчив Полтавську гімназію" (но, оказывается, она была просто не в курсе дела). В университете "головним для Драгоманова як студента історико-філологічного факультету залишалося передусім навчання, оскільки він стремів до професорської кар’єри". Так пишут драгомановеды. Но сам герой добавляет кое-что существенное о деятельности начинающих студентов-недоучек: "З самого вступу до університету, восени 1859 р., я потрапив у гурток студентів, які заснували перші недільні школи в Росії… Тут я скажу коротко, що багато з нас приступило до справи з метою політичної пропаганди, але швидко побачили її неможливість серед дітей (з різних майстерень і наймитів) та її непрактичність навіть серед дорослих, але неписьменних, і щиро захопилися педагогічним боком справи… Але в 1862 р. уряд закрив недільні школи і цим дав новий поштовх революційним настроям молоді, особливо в столицях". Как будто эти настроения когда-нибудь утихали…
"После университета он "представив на розгляд історико-філологічного фаукультету дисертацію "Император Тиберий". Невеликий за обсягом рукопис уміщував і студентські роботи автора. Для свого часу ця дисертація мала новаторський характер. Якщо за традицією імператорський період історії Давнього Риму розглядався як занепадницький порівняно з республіканським, то Драгоманов розвинув думку про те, що період імперії був явищем прогресивним "если не в политическом, то в социальном и культурном отношении". Із цих позицій він указував на помилковість суджень Тацита про Римську імперію". В дальнейшем он предпочел напрочь забыть о том, что империя может быть прогрессивнее республики.
В 1864 г. "рішенням факультету пошуковцеві була надана посада приват-доцента, що й було затверджено попечителем Київського учбового округу О. Ширинським-Шихматовим… Пізніше Михайло Петрович помилково вважав причиною всіх своїх неприємностей те, що він піддав нищивній критиці "Книгу для чтения в народных училищах" Київського учбового округу, яка побачила світ у 1864 р. Він чомусь думав, що упорядником книги, на його думку, непридатної для будь-яких, особливо українських, шкіл, був сам попечитель округу О. Ширинський-Шихматов. В "Автобіографічній замітці" учений висунув версію, що ображений чиновник затамував на нього образу і через це виставив Драгоманова в очах міністра народної освіти як українського сепаратиста. Ця версія і перейшла в літературу про українського мислителя". С тех пор драгомановеды и повторяли только то, что написал о себе чересчур подозрительный "український мислитель".
Просто в петербургском министерстве умели читать, а "у середині 1860-х років ім’я київського приват-доцента дедалі частіше з’являється на шпальтах столичних газет. Знаковою у цьому сенсі стала його стаття "О педагогическом значении малорусского языка", вперше надрукована у "С.-Петербургских ведомостях". Вона ввела Драгоманова до числа провідних публіцистів того часу, але й водночас стала поштовхом для необгрунтованих гонінь на нього… Варто переглянути звіти О. Ширинського-Шихматова і його подання на ім’я міністра освіти, щоб змінити традиційне уявлення про нього як "гонителя" Драгоманова. Відповідаючи на запит міністерства, попечитель не додав нічого до того, що вже було відомо в Петербурзі. Він підтвердив, що приват-доцент — українофіл, але при цьому не приховував власної симпатії до Михайла Петровича як ученого. "Молодой человек этот, — писав О. Ширинський-Шихматов, — при несомненных дарованиях и любви к избранному им предмету всеобщей истории мог бы быть со временем полезным деятелем науки, если бы отрезвился от своих ложных взглядов и убеждений"… Очікуваних же з Києва звинувачувальних фактів "для официального о нем представления"… Ширинський-Шихматов, хоч як це дивно, у міністерство не повідомив. Як бачимо, позиція Міністерства народної освіти різнилася від поглядів попечителя Київського учбового округу… Попечитель просив відкласти виконання розпорядження про відсторонення М. Драгоманова від роботи". Эта переписка шла в 1866 г. и закончилась ничем. Вот и все "гоніння".
Для украинских драгомановедов человеческая "поведінка О. Ширинського-Шихматова не зовсім зрозуміла: адже він свідомо йшов на конфлікт із міністерством освіти і зрештою був переведений керувати Московським учбовим округом, оскільки для Києва, на думку міністерських чиновників, він був "слишком мягок"… Для самого ж Михайла Петровича буремний 1866 рік завершився тим, що він потрапив під надто пильну увагу Міністерства народноїї освіти. Але водночас, за його власним зізнанням, саме ці події прикріпили його к "украинскому направлению", спонукали зайнятися спеціальною розробкою "украинских вопросов, сначала педагогического, потом и национального вообще".
Четыре года спустя (все на ту же юношескую тему) "молодий учений подав на розгляд історико-філологічного факультету магістерську дисертацію "Вопрос об историческом значении Римской империи и Тацит"… Висловивши свої зауваження, перший опонент утримався від загальної оцінки роботи. Це зробив другий опонент — Модестов. "Сочинение, — підсумував він, — относящееся так легко к источникам и лишенное научных приемов, не может быть названо ученым сочинением". Магістерський диспут Драгоманова проходив за активної участі численної університетської та позауніверситетської публіки. Своїми репліками вони демонстрували підтримку молодого вченого. Проте слід визнати, що сам дисертант у своїх відповідях на "возражения" не завжди виявляв високий професійний рівень. Зрештою під тиском критики першого опонента він несподівано заявив, що праця не планувалась як "ученое исследование", а "писалось для большинства публики". Однак справа з дисертацією завершилася загалом успішно: історико-філологічний факультет визнав "защищение ее удовлетворительным". Невдовзі міністр народної освіти затвердив Михайла Петровича магістром загальної історії. Тож бачимо, що факультет підтримав молодого вченого, хоча огріхи роботи для всіх науковців були очевидні… Полемічно загострюючи деякі питання досліджуваної проблеми, Драгоманов… нерідко був наївним у її вирішенні, покладаючись більше на інтуїцію, ніж на грунтовне знання джерел. Ідейний учень Михайла Петровича справедливо характеризував його магістерську дисертацію як "юнацьку роботу". Последняя оценка принадлежит известному ученому Богдану Кистяковскому, поэтому не доверять ей нет оснований. Впрочем, кроме этой научно-популярной "юношеской работы", которая не планировалась как "ученое исследование", а "писалось для большинства публики", ничего более солидного на темы древней истории "молодой ученый" так никогда и не написал.