"Я, котрий замічав не раз, що в галичан, можна сказати, стало обов’язковим не знати історії України, не пропустив пригоди в галицькій хроніці в "Киевском телеграфе" звернути увагу на фантастичну мальовку в промові Володимира Барвінського (в усій його промові історія польсько-українсько-московська XVII—XVIII ст. була нарисована зовсім фантастично) й порадив йому познакомитися з реальною історією України… По моїм досвідам, одно з лих галицьких — це апатичність, якась фізична й моральна анемія, котра робить їх індиферентними до всього. А в В. Барвінського я побачив хоч злість, котра все-таки давала надію, що він способний проявити якусь енергію".
Но еще П. Кулиш предупреждал Драгоманова по поводу денежных расчетов, "що галичани взагалі не дуже-то акуратні люди і що тим паче нічого требувати від Вол. Барвінського, а через те він, Куліш, радить мені махнути на цю справу рукою і мати на оці, що іноді найліпший спосіб вдержати людей, схибивших на дорозі порядочності, — це вибачити їм і держати себе з ними так, мовби то з порядочними… Але сам з В. Барвінським не хоче мати діла і просить мене самому обернутись до нього і при цьому не змішувати В. Барвінського з братом його Олександром, до котрого Куліш остається з пошаною". Сражения с Александром Барвинским продолжала уже Украинка.
Драгоманов вспоминал: "В Галичині комедія з нігілізмом і соціалізмом стала тим жвавішою, що там у 1877 р. лучились два судові процеси проти соціалістів, кількох українців і одного поляка, прокураторія зробила кілька обшукань по хатах у русинів і навіть у деяких товариствах… Звісно, як деморалізована публіка галицька, польська й руська. Всі партії й партійки кинулись доносити одні на одних: ти, ви, мовляв, джерело соціалізму й нігілізму!.. Після арештів у Львові духовні сини церкви Шевченка так і такими словами почали одхрещуватись од нігілізму, соціалізму й революції і від тих, кого в ній обвинувачувано, одхрещувались раніше, ніж іще сказала своє слово прокураторія, що зарані передавали в руки прокураторії земляків своїх".
"Багато відомих у майбутньому громадських і культурних діячів пройшли Драгоманівську школу — і, слід сказати, школу вельми сувору. Так, І. Франко у листі до А. Кримського від 26 вересня 1898 р. писав: "Без сумніву, великий вплив мав на мене покійний Драгоманов, але вплив дуже своєрідний, більш негативний, як позитивний. Спеціально як белетрист я майже нічого не скористав від нього; він, бачилось, не звертав уваги на мою белетристику, а коли де на що й звертав увагу, то тільки лаючись. Посередньо і безпосередньо він пер мене до публіцистики, але й тут не любив думок інших, крім своїх власних. Ресумуючи все, що лишилося мені в пам’яті з його впливу, я сказав би, що він не був для мене батьком, добрим, ласкавим і вирозумілим на хиби поводирем, а радше батогом, що без милосердя, не раз несправедливо, а завжди болюче цьвігав мене. Се була важка школа, тяжча, як у дрогобицьких василіан".
Дрогобычские монахи-василиане были христианами, а Драгоманов — атеистом. Его атеизм брал начало еще с гимназической скамьи: самоуверенный гимназист никак не мог отстать от духа времени. Не менее самоуверенным был и студент, который не желал видеть никаких других мировоззрений, кроме своего. Отсюда его беспардонные обобщения: "Як усі російські студенти, ми були вільнодумці. Дехто з нас, що спеціально занімався історією, починали історично студіювати й релігії, в тім числі християнство… Вся наша атмосфера, яка проступала при всяких справах літературних, наукових, політичних, про які ми розмовляли, була рішуче вільнодумна, нехристиянська".
В своих антихристианских штудиях он широко использовал безбожные "надбання" своих предшественников. Например: "Поему Шевченка "Марія" я надрукував 1882 р. окремою брошуркою в оригіналі, але латинськими літерами, переважно для тих українців у Галичині та частково і в Росії, які не знають так званого кириличного алфавіту і залишаються цілком без українського читання з боку патріотів-русинів, які вважають русинами лише православних та уніатів, а потім перевидав у великоросійському перекладі 1885 р. У пояснювальних примітках до нової поеми, в якій Шевченко опрацював у своєрідній раціоналістичній формі євангельську легенду, я спробував популярно викласти наслідки світської історико-літературної критики Нового заповіту і палестинської цивілізації". Если кто-то из очень наивных людей считает эту поэму христианской, то Драгоманов прекрасно понимал, "що в поемі "Марія" Шевченко виступив за границю не тільки ультрамонтанства або католицтва, а й християнства!"
Свои религиоведческие познания "научный" атеист желал использовать для манипуляции духовной жизнью "темного" украинского народа. "Інтерес до історії релігій та церков супроводжував усю творчість ученого… Концептуальною основою драгоманівської реконструкції минулого української церкви була запропонована ним модель "української реформації", яка була складовою його національної історіософії. Михайло Петрович наголошував, що "українська історія ще більш обірвана, ніж московська, бо в ній нема навіть і поступу національного збору, й краєвої непідлеглості". У межах його загальної схеми доля реформаторських тенденцій в українському суспільно-політичному та духовному житті XVI — початку XVII ст. розглядалася як складова цього відриву від провідних загальноєвропейських тенденцій. Отже, можемо говорити про розуміння М. Драгомановим національних паростків реформаційних процесів як "обірваної реформації" в Україні… Михайло Петрович акцентував ті складові національної минувшини, які несли потенціал демократичних змін. Відповідно до цього він демонстрував власне прочитання церковної історії України, її позитивних і негативних рис, намагаючись "відділити національні та привнесені ззовні традиції, чітко наголошуючи на умовності такого погляду". "Четкая условность" — это что-то наподобие "условной четкости".
"Виходячи зі своїх уявлень про "обірваність" української реформації, М. Драгоманов вважав, що вона не означає фатальної неможливості надолужити загаяний історичний час і подолати цивілізаційну відсталість, яка відділяла його співвітчизників від західноєвропейських народів. Він переконливо обстоював необхідність відновлення процесів модернізації українського релігійно-духовного життя, але корпоративні інтереси церковної ієрархії, політика Росії та Австро-Угорщини щодо віруючих українців, незадовільний стан національної та політичної зрілості останніх видавалися йому надто сильними першкодами у побудові нових церковно-суспільних відносин на фундаменті "історичних" церков. За його переконанням, на роль творців альтернативної церкви краще підходили нові протестантські рухи. До того ж вони здобували підтримку серед певної частини українців і взагалі створювали враження своєї життєвої динамічності. Це дозволяло М. Драгоманову у його політичних розрахунках припускати подальші успіхи церковної реформації, опертої на організаційну та догматичну основу протестантських церков або, як їх ще називали, "сект". У цьому зв’язку вчений писав до І. Франко: "В крузі останніх справ багато ознаків, котрі можна навіть назбирати по самим теперішнім галицьким газетам, показують, що і в Австрійській Русі піднімається свій протестантський рух, мабуть чи не найрадикальніший, ніж русько-українська штунда. В Галичині той рух має, між іншим, ту вигоду, що він ще зовсім не розірвав з нашою національністю". Свій, так би мовити, протестантський проект великий реформатор вважав етапом, без якого подальший поступ української нації неможливий. Магістральний напрямок розвитку української духовності, за Драгомановим, — це "перехід до еволюції, котра мусить кінчитись безконфесіалізмом і вільною думкою" (до М. Павлика). Михайло Петрович розумів, що для досягнення зазначеної мети потрібна більш приваблива християнська альтернатива як для українських віруючих, так і для віруючих інших національностей, котрі мешкали в Україні. Нею був проект формування якісно нового суспільства, і в цьому проекті протестантська церковна організація виступала лише складовою більш широкого задуму утворен ня світського, динамічного українського суспільства… До національних, соціальних, світоглядних аспектів протестантського проекту мислителя додавались і його політичні плани. Пов’язуючи досвід формування протестантських церков із масовими суспільно-політичними рухами, М. Драгоманов розраховував, що події в Україні розгортатимуться за загальноєвропейським сценарієм. Тобто боротьба за релігійну свободу, свободу совісті, за толерантність щодо представників інших конфесій і вір в Україні йтиме поруч із боротьбою за демократичні права, за встановлення політичної свободи, конституційного ладу та демократії. І в такий спосіб усі ті, хто прагне ствердити релігійні права і свободи для своїх церков, стануть союзниками у боротьбі української демократії і загалом демократичних сил у Росії та Австро-Угорщини за національне та політичне визволення. У цьому зв’язку він заохочував українських протестантів до розуміння того, що політична свобода життєво необхідна передусім для них самих (Драгоманов М. Про братство хрестителів або баптистів на Україні. Коломия, 1893). І все ж, попри докладені М. Драгомановим зусилля, так звана друга хвиля реформації в Україні не спричинила очікуваної ним світоглядної революції. Його протестантська агітація вплинула тоді лише на частину інтелігенції та молоді. Загалом слід погодитися з висновком А. Круглашова, згідно з яким "спроба пришвидшеної модернізації українського суспільства засобами "протестантської революції" залишилась тільки сміливим проектом М. Драгоманова", як, до речі, й намагання створити для українців власну національну версію "громадської Церкви".