Когда бои с немцами велись уже под Харьковом, СНК ДКР 7 апреля объявил свой протест Центральной раде: «Мы заявляем, что Киевское правительство не может ссылаться, завоевывая нашу Республику германо-австрийскими штыками, ни на какие исторические и другие права, кроме права на завоевание…» Но в ту же ночь немецкая армия ворвалась в Харьков, и правительство ДКР с боями покинуло столицу с последним отрядом из 300 бойцов.
Даже после падения Харькова красные отряды продолжали сопротивление и отступали, огрызаясь сталью и огнем, неоднократно переходили в контратаки. В середине апреля бои велись на подступах к Юзовскому оборонительному району. 20 апреля немцы захватили Славянск, 22 — Мариуполь, Юзовку и Макеевку, а 24 апреля — Горловку и Никитовку.
Однако отчаянное сопротивление дало возможность эвакуировать из Донбасса в пределы Советской России тысячи вагонов с оборудованием, оружием, боеприпасами, хлебом, а также не менее 30 тыс. рабочих и членов их семей.
В конце апреля заключительные бои развернулись в северо-восточной части Донбасса. Прикрывая железнодорожную линию Сватово — Лисичанск — Родаково — Луганск, сражались бойцы отступивших от Харькова советских частей. 25 апреля у ст. Родаково разгорелся ожесточенный бой. Отразив натиск врага, бойцы советских отрядов перешли в контратаку и вынудили оккупантов бежать. Однако немецкое командование, стремясь овладеть Луганском, бросило в бой пять дивизий. Заняв оборону по речкам Лугань и Ольховка, бойцы недоукомплектованной и понесшей большие потери в предыдущих боях 5-й армии вместе с малочисленными рабочими отрядами Донбасса в течение суток героически сдерживали 40-тысячную группировку противника. Одновременно продолжалась эвакуация Луганска. Около 80 эшелонов с семьями рабочих, ценным оборудованием и сырьем было отправлено из города в сторону Миллерова. А 28 апреля немецкие войска заняли город.
Отступившие от Луганска к Миллерову части 5-й армии, а также сосредоточившиеся здесь десятки эшелонов с людьми и грузами, не смогли пробиться на север. Стремясь зажать советские войска в тиски и захватить эвакуированное из Донбасса имущество, немцы со стороны Сватова через Старобельск — Беловодск прорвались к Черткову и перерезали Юго-Восточную железную дорогу, по которой из Донбасса отступали войска и шли эшелоны. На юге немцы заняли Таганрог и приближались к Ростову. Оставался единственный выход — пробиваться через донские степи на восток к Царицыну[11].
Охраняя эшелоны, насчитывавшие более трех тысяч вагонов с семьями рабочих, ранеными, оружием, оборудованием и другими ценными грузами, части 5-й и 3-й армий и отряды рабочих Донбасса под командованием Ворошилова начали 500-километровый поход по железной дороге Миллерово — Лихая — Царицын. Почти три месяца, ведя ежедневные бои с казаками, восстанавливая разрушенные железнодорожные пути и мосты, продвигались бойцы и рабочие отряды Донбасса. Позднее, влившись в ряды Красной армии, они приняли активное участие в обороне Царицына от белогвардейских войск.
Вслед за немецкими и австрийскими войсками в Донбасс вернулись прежние хозяева шахт и заводов. Вскоре предприниматели перешли к полному пересмотру всего трудового законодательства, принятого Временным и Советским правительствами. Рабочий день был увеличен, плата уменьшена, профсоюзы закрыты, а забастовки объявлены незаконными.
Преследуя красные отряды, германские дивизии вторглись в Орловскую, Курскую, Воронежскую губернии Советской России. Чтобы избежать войны с немцами, большевики приняли решение прекратить всякое сопротивление на Украине. 4 мая 1919 года Антонов-Овсеенко объявил о роспуске своих армий, и украинские красногвардейцы были переброшены на борьбу с белогвардейцами на юге России.
Когда бойцы Красной армии Донбасса отступили, с ними ушло и правительство ДКР. Борьба за Донбасс переместилась с полей сражений в кабинеты, где велись упорные споры о принадлежности угольного бассейна. Советская Россия и находившаяся под германским контролем Украина пытались любой ценой доказать правомерность своих притязаний на экономически важный регион. Поскольку восточные границы Украины так и не были определены, то по спорным территориям решено было прибегнуть к референдумам среди местного населения. Известно, что 27 августа 1918 года Россия и Германия подписали договор, 12-я статья которого гласила, что Донбасс является временно оккупированной немецкой территорией и даже сохраняла за Россией право добычи донецкого угля.
Но уже в конце 1918 года, когда немцы покинули Украину, на освобожденных землях вновь встал вопрос о суверенной ДКР и ее отношении к Украине. На этот раз большевики сразу позабыли свое обещание о референдуме и заняли однозначную жесткую позицию по отношению к мнению донбассовцев. Ленин объяснил это тем, что для большевиков «вопрос о границах государств — вопрос второстепенный, если не десятистепенный», и призвал русских большевиков «быть уступчивыми при разногласиях с украинскими коммунистами-большевиками, если разногласия касаются государственной независимости Украины, форм ее союза с Россией, вообще национального вопроса».