Но с течением времени, общее количество казаков всё возрастает. Укрупняются отряды, появляются относительно постоянные лидеры, атаманы. Вооружение усложняется, становится более тяжелым, появляется артиллерия. Казацкие отряды начинают осуществлять операции, которые уже можно квалифицировать, как войсковые. Эти операции нередко имеют межгосударственный, дипломатический резонанс.
Замок Дмитрия Вишневецкого показал казакам, как удобно иметь свою собственную укрепленную базу непосредственно в диких степях. Появляется настоящая казацкая Запорожская Сечь. Казаки это уже не мелочь, а войско. Сила, которая может быть использована в государственных масштабах и которую уже нельзя не замечать.
С одной стороны для польско-литовского государства, казачество было помехой и даже угрозой с другой, силой, которая может решить вопрос защиты южных рубежей. Попытки решить вопрос с казаками предпринимались ещё с 1524 года, но недостаток финансов, а еще больше непонимание ситуации, не позволяли правительству это решение реализовать.
Наконец, в 1572 году король Сигизмунд ΙΙ Август издал универсал с поручением коронному гетману нанять 300 казаков на службу. Соответственно, позже был создан Реестр, в который поименно включались все казаки, принятые на службу и которым были положены кроме оплаты за службу и серьёзные привилегии.
Реестровый казак исключался из юрисдикции любого локального управления и подчинялся только власти «казацкого старшого», это касалось и судебной власти. Он освобождался от всех налогов и повинностей, кроме военной. Был сам лично свободен и имел право свободного землевладения.
Как часто бывает попытка решить одну отдельную проблему, её не решила, а привела к возникновению новых, еще более серьёзных. Создание Реестра, можно смело считать началом официальных взаимоотношений между казачеством и властью и окончанием первого стихийного периода украинского казачества.
История этих взаимоотношений это странное нагромождение взаимного непонимания, взаимных обманов, взаимной нелюбви, если не ненависти и в тоже время это история совместных битв, побед, история взаимной необходимости и регулярных компромиссов.
С самого начала конфликт был системным, а значит неизбежным.
Во-первых: казаков, имеющихся фактически, было намного больше, чем включенных в Реестр. Получать деньги и привилегии за службу, которая мало чем отличалась от того, что они делали до этого просто по собственному желанию, хотели все. Не включенные считали себя властью обиженными и требовали увеличения реестра.
Во-вторых: силами одних реестровых казаков решить вопрос охраны границ было всё равно невозможно. Триста, позже тысяча, несколько тысяч человек, была каплей в море. Соответственно к выполнению служебных задач всегда фактически привлекались казаки нереестровые, которых формально просто не существовало.
В-третьих: денег, для оплаты службы казаков, всегда не хватало. Более того власть не считала их необходимым платежом. Платить другому наемному войску необходимо, иначе оно разбежится, а казаки никуда не денутся со своего места, хоть плати им, хоть не плати.
В-четвертых: нереестровые казаки не имели не только оплаты за службу, но и всех казацких привилегий, а это было еще более важно. Нереестровый, формально незаконный казак должен был, по мысли властей, стать обычным крестьянином или мещанином со всеми налогами и повинностями на его голову. Для многих подобное превращение было подобно смерти.
Все перечисленные моменты в самом зародыше попыток организовать казачество, как регулярное войско, заложили мину периодически взрывающую отношения. Но это только те факторы, которыми были недовольны казаки. Власть тоже была многим недовольна.
Во-первых: с введением Реестра, они хотели получить регулярное, управляемое войско — пограничную стражу. Войско они получили, но управляемость, мягко говоря, желала быть лучшей.
Во-вторых: власть хотела ограничить число казаков Реестром да еще, чтобы они осуществляли полицейские функции в среде, так сказать бывших казаков, которые в этот Реестр не попали. Это уже было полным непониманием ситуации.
В-третьих: власть хотела только делать вид, что платит за службу, но при этом строго спрашивать за её выполнение.
В результате взаимоотношения польско-литовской власти и казаков превратился в театр абсурда, а иногда в театр комедии.