Проте першою у Києві стала не казенна (міністерська), а Фундуклеївська Маріїнська (тобто відомства імператриці Марії) гімназія, заснована десятиліттям раніше — у 1860 році. Вона була названа на честь Івана Фундуклея — колишнього київського губернатора, підприємця та мецената, який розмістив гімназію у власній садибі та забезпечив її солідною щорічною субсидією у 1200 карбованців. Фундуклеївська гімназія та її філія — Подільська жіноча гімназія — користувалися авторитетом у киян та фінансовою підтримкою заможних городян. Серед відомих випускниць Фундуклеївської гімназії — педагогиня і науковка Софія Русова, майбутня історикиня Наталія Меньшова (пізніше — Полонська-Василенко) та поетеса Анна Ахматова.
Решта, тобто переважна більшість з-понад 20 жіночих гімназій Києва, які діяли на початку XX ст., були приватними, проте з «правами» — тобто визнаним рівнем освіти, який відповідав аналогічним державним школам. Значна частина з них була заснована в 1900–1908 роках. Особливе місце серед цих середніх шкіл посідала гімназія Аделаїди Жекуліної — єдина з київських жіночих гімназій, яка у 1906 р. з ініціативи засновниці запровадила курс предметів в обсязі чоловічих гімназій. Передбачалося, що випускниці гімназії зможуть продовжити навчання на Вищих вечірніх жіночих курсах, так само заснованих Жекуліною.
Будівля Фундуклеївської Маріїнської гімназії — першої жіночої гімназії в Києві. Початок XX століття
У решті гімназій, насамперед державних, обсяг викладання предметів залишався меншим, ніж у чоловічих, аж до 1917 р.; це стосувалося насамперед предметів природничого циклу, математики та латини. При цьому атестат зрілості, наявність якого була необхідною для подальшого отримання університетського диплома, надавався тільки після закінчення чоловічих гімназій. Цей факт, вкупі з різницею в навчальних програмах, створював певні труднощі для тих дівчат, які хотіли здобувати вищу освіту й уже на початку XX ст. прагнули отримати університетський диплом: їм необхідно було складати додаткові іспити за програмою чоловічих гімназій. Попри цю очевидну незручність програми жіночих гімназій так і не було переглянуто.
Загалом же в Наддніпрянській Україні лише 10 % усіх гімназій були державними, у них навчалося трохи більше третини усіх гімназисток. Значну ж частину освітніх потреб задовольняли саме приватні гімназії, у яких рівень освіти та організація навчання залежали значною мірою від педагогічних та організаційних здібностей засновниць та керівництва, а також від матеріальних можливостей та навіть мотивів організаторів. Існували приватні гімназії, які мали певну конфесійну та національну орієнтацію (у тому числі польські, єврейські; приміром, у Києві діяла гімназія Святої Катерини, заснована лютеранською громадою міста).
Інколи створення навчальних закладів мало яскраву політичну мету, особливо коли йшлося про західноукраїнські землі Російської імперії, де значну частку населення становили поляки. Тут навчання мало слугувати поширенню православного впливу та русифікації краю, а влада покладала на освіту жінок особливі надії: зруйнувати національні родинні традиції (українські, польські), виховати дівчат у загальноросійському дусі православної релігійності та відданості монарху, щоб вони надалі ширили цей вплив у власних сім’ях. Яскравим прикладом такого навчального закладу було Острозьке жіноче училище імені графа Д. М. Блудова, відкрите у 1865 році. Його завданням — і виконанням волі його ідейного натхненника, чиє ім’я мало училище, — було виховання дівчат у дусі православ’я та російського патріотизму з метою залучення до боротьби проти ополячення «Західного краю».
На щастя, такі відверто шовіністичні та великодержавницькі цілі переслідували лише поодинокі засновники та керівники гімназій. Чимало середніх шкіл, зокрема створюваних з приватної ініціативи, змогли зібрати гідний викладацький персонал і забезпечити ученицям належний рівень шкільної освіти, прищепити їм любов та інтерес до знань. Прикладом такої відданості педагогічній справі можуть бути Софія Віденська — начальниця жіночої гімназії в Одесі (1886–1911) та Віра Ващенко-Захарченко — засновниця першої приватної жіночої гімназії у Києві, якою вона керувала у 1878–1895 рр. і яку після її смерті очолила Олександра Дучинська.