Таким чином, створення Вищих жіночих курсів стало певним компромісом: уряд дозволяв їхнє відкриття, проте розглядав це як вимушену поступку й не гарантував таким закладам жодних прав. Понад те, усю відповідальність за їхню організацію та діяльність покладали на професорів, а матеріальну підтримку — також на громадськість, адже фінансової допомоги від держави ці приватні заклади не отримували.
Первісно на Вищих жіночих курсах у Києві було передбачено дворічний курс навчання, проте внаслідок численних клопотань з боку їхнього засновника професора С. Гогоцького та його заступника В. Антоновича вдалося подовжити термін навчання до трьох, а потім і до чотирьох років. Уже перший випуск слухачок (1882) пройшов повний чотирирічний курс, який на одному з двох, історико-філологічному, відділенні був наближений до університетського. На фізико-математичному відділенні через брак знань, отриманих курсистками у середній школі, навчальний курс фактично був перехідною сходинкою між гімназією та університетом. Складність навчання, невизначеність статусу курсів — які, попри усі намагання, так і не отримали для випускниць викладацьких прав, ширших за ті, які дівчата здобували в педагогічних класах гімназій, — призвели до скорочення кількості курсисток. Тому через малу чисельність слухачок у 1886 р. було вирішено закрити фізико-математичне відділення, його предмети залишилися додатковими до гуманітарного циклу. Того самого року урядовим розпорядженням набір на курси припинявся, але слухачки, які вже навчалися, могли завершити навчання, що тривало до 1889 року.
Отже, єдиний у підросійській Україні вищий навчальний заклад для жінок проіснував лише 11 років, не маючи, як і решта Вищих жіночих курсів, спеціального статусу й державної підтримки. Київські вищі жіночі курси поступово втрачали слухачок, адже дозволити собі чотирирічне платне навчання (50 карбованців на рік) без чітких професійних гарантій могли далеко не всі охочі до знань. Особливо скрутно доводилося некиянкам, які змушені були винаймати житло й у більшості випадків поєднувати роботу з навчанням, — таких було близько половини курсисток. Та попри це і всупереч несприятливій політиці уряду Київські курси відіграли важливу роль у становленні вищої освіти жінок в Україні й поклали початок жіночому освітньому рухові. Загалом за роки існування курсів їхніми відвідувачками були близько 1100 осіб, переважно з теренів України — вони представляли майже всі губернії Наддніпрянщини. Слухачки відвідували лекції університетських професорів (В. Іконнікова, В. Антоновича, Ф. Фортинського, М. Дашкевича, М. Ващенка-Захарченка, К. Феофілактова, О. Клоссовського, О. Шкляревського та ін.) і в більшості були успішними в навчанні. Про це свідчить склад випускниць, серед яких — майбутні викладачки, засновниці й очільниці жіночих середніх шкіл, такі як О. Дучинська, С. Славутинська, С. Єгунова, Л. Володкевич. Деякі з випускниць надалі відзначилися самостійною науковою працею, як К. Мельник-Антонович чи А. Іконнікова. Під впливом лекцій В. Антоновича курсистки створили українознавчий гурток, у якому працювали додатково до основних занять. Таким чином, Вищі жіночі курси у Києві стали важливим освітнім центром, заклали традицію вищої освіти українського жіноцтва та створили міцну основу (у тому числі фінансову — завдяки доброчинним пожертвам) для подальшого розвитку цієї освіти.
Університетський період історії Вищих жіночих курсів
Новий етап розвитку вищої жіночої освіти в Російській імперії розпочався наприкінці XIX — на початку XX ст., особливого поштовху йому надали революційні події 1905 р. та породжена ними лібералізація суспільно-політичного та академічного життя. Одним з перших проявів академічної свободи стала нова можливість для жінок вступати до університетів вільнослухачками. Дозвіл навчатися професорські ради університетів надавали de facto, на підставі тимчасово отриманої автономії. В Університеті Святого Володимира в Києві, у професорській колегії якого традиційно панували консервативні настрої, кількість вільнослухачок була найменшою порівняно з іншими університетами імперії: на 1 січня 1907 р. серед 229 вільнослухачів була лише 51 жінка. Водночас протягом 1906—1907 рр. в університетах інших міст кількість вільних відвідувачок була в кілька разів більшою: у Харківському — 450 жінок, у Новоросійському (Одеса) — 130 жінок. Щоправда, практика навчання жінок-вільнослухачок тривала недовго і була припинена з настанням політичної реакції та черговим наступом на автономію університетів: циркуляром нового міністра освіти О. Шварца від 16 травня 1908 р. вільнослухачок відрахували з університетів. Таке рішення спричинило хвилю обурення студентства, громадських кіл і преси, а також дискусії в Державній Думі та уряді; вільнослухачки різних університетів надіслали спільну петицію голові уряду Петрові Столипіну. Це зрештою призвело до компромісного рішення: у жовтні 1908 р. імператорським повелінням вільнослухачкам дозволялося завершити курс навчання нарівні з вільнослухачами. Так, у 1910 р. кількість жінок в Університеті Святого Володимира становила 25 осіб (із загалом 101 вільнослухача), у цей час у Харкові вільнослухачками були 250, в Одесі — 100, у Москві — 110, у Петербурзі — 109 осіб.