В. Габсбург виявив повну готовність сприяти УСС, брав активну участь в організаційних нарадах на Святоюрській горі в резиденції А. Шептицького, який також цікавився станом стрілецтва. І хоча, завдяки позиції галицького політичного проводу, який наполягав на збереженні легіону, до саморозпуску не дійшло, настрої легіонерів УСС не змінилися.
У грудні 1917 р. з ініціативи майбутнього керівника військового відомства Західно-Української Народної Республіки Д. Вітовського відбулась таємна нарада старшин УСС у Гуштині, де обговорювалася політична ситуація і плани на майбутнє. Деякі старшини, зокрема підхорунжий Д. Паліїв, висловлювались за негайний і повний розрив з Австрією та перехід на службу Українській Центральній Раді52. Звичайно, австрійське командування, яке пильно стежило за УСС, було занепокоєне цими настроями і прагнуло їх подолати. У січні 1918 р. було усунуто з посади командира полку М. Тарнавського і призначено на його місце О. Микитку. Обидва згодом стали командувачами Української галицької армії (УГА). Посилились наміри ліквідувати УСС.
Між тим у Бересті розпочалися мирні переговори. В. Габсбург виявив особливу активність у ході їх ведення. Він постійно листувався з головою австрійської делегації графом О. Черніним, впливаючи на нього у корисному для України напрямку. Час від часу вони зустрічалися в одному з сіл поблизу Берестя. Одночасно ерцгерцог постійно інформував галицький політичний провід про настрої австрійської делегації щодо української проблеми. Він сприяв встановленню контактів української делегації з галицькими політиками, що було вкрай важливим у процесі відпрацювання проекту західних кордонів УНР і ординації про автономний коронний край Галичина, створення якого передбачалось таємним додатком до мирного договору. Примірник цих матеріалів був переданий ерцгерцогу Вільгельму, який доклав чимало зусиль, щоб цей проект був прийнятий графом Черніним.
В. Габсбург з особливим піднесенням надсилає вітання А. Шептицькому «з нагоди щасливого миру з Україною» (док. 67). 18 лютого 1918 р. він повідомляє митрополита про таємні домовленості у Бересті, за якими нарешті мала бути реалізована давня мета української галицької політики — утворення українського коронного краю в рамках австро-угорської монархії. «Домовленості стосуються наступного, — інформує ерцгерцог. — 1. Зобов’язання Австрії перетворити Східну Галичину та Буковину до 1 липня 1918 року у самостійну провінцію. 2. Зобов’язання України поставити всі надлишки зерна до Австрії до 1 липня 1918 року» (док. 68).
У лютому 1918 р. УСС у складі австрійської армії перейшли Збруч. Однак загрози ліквідації українського формування не припинялись, що змусило ерцгерцога домагатись підпорядкування легіону собі. В автобіографії він згадує свій протест-демарш перед начальником генерального штабу Арцем з погрозою антиавстрійського виступу УСС та інших полків австрійської армії з українцями у своєму складі (док.1). Водночас він просить А. Шептицького особисто переговорити з Черніним та імператором Карлом І у справі легіону. «Дуже важливо, щоб Ви, Ваша Екселенціє, саме перед моїм приїздом до Відня (до 25 лютого. — Авт.) повідомили Черніна та його Величність про бажання нації щодо легіону, — пише він митрополиту, у цьому випадку ми уникнемо будь-яких підозрінь, ніби ми це щойно вже у Відні обговорили під час прогулянки містом» (док. 69).
Зрештою, навесні 1918 р. Вільгельм Габсбург очолив військову групу австрійської армії (група ерцгерцога Вільгельма), до складу якої увійшов патронований ним легіон УСС. Це означало фактичне призначення ерцгерцога командиром УСС і було результатом рішучих протестів українських депутатів у парламенті, зусиль військових-українців і активних дій самого патрона легіонерів Вільгельма Габсбурга, який, за власним свідченням, тривалий час з усіх військових відзнак «носив тільки синьо-жовту відзнаку «УСС “1914”». Це добре знали в легіоні, і підпорядкування йому УСС у березні 1918 р. не викликало протидії січових старшин.