Австрійська дипломатична служба перебувала переважно в руках угорської шляхти, традиційно налаштованої проти українства. Її типовий представник граф Форгач запопадливо протидіяв усьому, що сприяло національно-державним інтересам України. Те саме можна сказати і про австрійську військову адміністрацію в Україні на чолі з фельдмаршалом Краусом, яка під приводом переслідування більшовиків репресовувала українських діячів, влаштовувала каральні експедиції проти селянства. У цих умовах національно-патріотична діяльність В. Габсбурга і патронованого ним легіону УСС йшла в розріз із австрійськими інтересами. Тривале перебування вишколених січових стрільців в українському середовищі робило їх все більш притягальною силою для українського селянства і його ватажків. Це загрожувало перетворенню їх у потенційно небезпечну мілітарну силу, здатну вирішувати національно-політичні проблеми України. Вільгельм Габсбург, який активно сприяв цьому процесу, ставав небажаною для Відня фігурою в Україні.
Форгача, зокрема, лякала перспектива порозуміння між гетьманом П. Скоропадським і В. Габсбургом, що могло виникнути після їхньої зустрічі, якої він будь-що прагнув не допустити. Упродовж усієї війни Австрія перешкоджала чисельному зростанню УСС, як і розбудові збройних сил гетьманської Української Держави.
На справжній підтекст кампанії проти ерцгерцога Вільгельма, розв’язаної з метою дискредитації перед імператором Карлом І, проливають світло два документи, які опинились у руках представника міністерства закордонних справ при австрійському командуванні в Україні Траутмансдорфа. Перший — витяг із протоколів судових слідств про поведінку українського легіону, другий — висновок т. зв. організаційної групи про подальше використання легіону у Східній армії. Як свідчить Траутмансдорф, витяг з обох документів був запропонований шефом генерального штабу Арцем австрійському імператорові. У першому висловлювалась підозра у намаганнях УСС «відірвання Галичини від монархії, приєднання її до України». У другому зазначалось, що легіон «формально відповідає всім вимогам регулярної, навіть ворогом признаної формації». Також підкреслювалось, що «при залишенні українського легіону в Україні на Східному фронті, він іде на зустріч такій самій долі, як польський помічний корпус», (йшлося про польський корпус генерала Галлєра, який у повному складі перейшов на бік росіян у 1915 р.)104. Сам Траутмансдорф вважав, що подальше перебування легіону в Україні є «крайнє небезпечне, бо ми напевно мусимо брати до уваги подібні політичні консеквенції (наслідки), як це було у випадку з польським помічним корпусом». На його думку, найдоцільніше було б просто ліквідувати легіон як самостійну військову формацію, оскільки він «з прогнанням росіян з наших кордонів втратив взагалі рацію на існування»105. Однак, незважаючи на ці застереження військових, імператор Карл І противився як ліквідації легіону, так і відкликанню В. Габсбурга з України, що означало б «признання нами (правлячими колами Австрії. — Авт.) політичної пропаганди ерцгерцога». До того ж доводилось зважати на ймовірні протести парламенту й низки політиків106.
У результаті ерцгерцог все ж таки повернувся в Україну, хоча його зустріч з гетьманом не відбулась. Всупереч протидії він намагався кількісно і якісно зміцнити підпорядкований йому український легіон. З допомогою сотника Н. Гірняка В. Вишиваний встиг здійснити заборонений йому набір стрільців в околиці Вижниці на Буковині. Він згадував, що, попри опір австрійської військової влади, йому вдалося суттєво збільшити УСС, фактично подвоївши склад сотень легіону (док.1).
Ці кроки тільки посилили роздратування командування. Зрештою, під тиском і дипломатів, і військових Карл І на початку вересня 1918 р. остаточно дав згоду вивести УСС на чолі з В. Габсбургом з України і «тимчасово розташувати його у Східній Галичині»107. Проте розташувати УСС в Галичині не вдалося, оскільки проти цього рішуче виступили впливові польські кола. На початку жовтня за наказом австрійського командування легіон був передислокований на Буковину, і В. Вишиваний разом зі штабом і вишколом УСС прибув до Чернівців. На Буковині група ерцгерцога Вільгельма складалася лише з формувань УСС, тому ротмістр (сотник) В. Вишиваний фактично став командиром усього легіону Українських січових стрільців108.