Турецький султан на свій лад використав протекторат над Правобережною Україною. У 1672 р. трьохсоттисячне військо вторглося в Україну нібито для захисту свого васала. Турецькі й татарські війська, долаючи величезний опір, завоювали Кам'янець-Подільський та інші міста, спустошили і розорили українські землі. Після облоги Львова кримський хан розіслав татарські чамбули по всій Правобережній Україні. Україна не знала подібного татарського нападу — так багато міст і сіл було сплюндровано, стільки людей забрано у неволю. Нечисленні військові частини, що їх виставила Польща, не могли протистояти цій навалі. 18 жовтня 1672 р. польський уряд уклав у Бучачі мир з Оттоманською Портою, за яким до Туреччини відходила велика частина Правобережної України.
Дорошенко ще робив спроби об'єднати Україну хоча б під егідою московського царя, однак на заваді став лівобережний гетьман Іван Самойлович. Безчинства, грабунки, що їх чинили турецькі й татарські союзники Дорошенка, відвернули від нього народ; козаки покинули правобережного гетьмана. У вересні 1676 р. він переїхав Дніпро і склав перед козацьким військом гетьманські клейноди, які передали Самойловичу. Колишнього гетьмана на вимогу царського уряду відправили до Москви. Він був деякий час воєводою у Вятці, потім одержав у власність село Ярополче поблизу Москви, де помер і був похований. Правнучкою українського гетьмана була дружина О. Пушкіна — Наталя Гончарова.
Іван Самойлович шукав ласки московських правителів. Наприклад, сприяв призначенню на київську митрополію єпископа Святополка Четвертинського, який за наполяганням гетьмана прийняв посвячення московського патріарха. Це означало для української православної церкви втрату незалежності.
Протягом кількох віків в Україні виробилась своя система соборності: митрополита обирав помісний собор Української церкви, єпископів — єпархіальні собори. Царгородський (константинопольський) патріарх, під юрисдикцією якого перебувала сім століть в умовах автокефалії українська православна церква, тільки затверджував вибір митрополита і ставив його на митрополичу кафедру. Автокефальна церква України протягом свого незалежного існування виробила національні особливості, традиції та звичаї церковно-релігійного життя.
Під владою московського патріарха українська православна церква все це втрачала. Вона була виведена з-під влади київського митрополита, згодом підпорядкована безпосередньо Синоду. Київська єпархія перетворилась на одну із звичайних єпархій Російської православної церкви.
Однак ніякі "заслуги" перед царизмом не врятували Самойловича, і він повторив трагічну долю свого попередника Дем'яна Многогрішного, його теж охрестили "зрадником". Без усякої вини його було заарештовано, після катувань без суду разом зі старшим сином заслано в Сибір. Через два роки він помер у Тобольську. В козацьких полках на звістку про розправу з гетьманом Самойловичем відбулися виступи проти старшини, що були придушені царськими військами.
25 липня 1687 р. було обрано нового гетьмана. Ним став Іван Мазепа. На раді відбулася процедура прийняття статей, їх як завжди, підписували новий гетьман зі старшиною та козаками. У так званих "Коломацьких статтях" Москва накладала руку на економіку України, зокрема, українську торгівлю, забороняла торгувати з Кримом, втручалася й у фінансову систему. Царський уряд виплачував своїм гарнізонам на Україні жалування так званими "чеками" — грішми без золотого забезпечення. На українських торгах купці та інші торговці відмовлялися брати ці гроші. Стаття 19 вимагала від гетьмана карати на смерть тих, хто відмовлявся приймати чеки.
Повністю заборонялися міжнародні відносини України. У разі надходження в Україну листів і документів від сусідніх держав, наказувалося, не розпечатуючи, посилати їх до Москви. Стаття 19 також наголошувала:
"Народ Малороссийский всякими меры и способы с Великороссийским соединять и в неразорванное и крепкое согласие приводить". Для цього гетьману рекомендувалося дбати про збільшення україно-російських шлюбів.
Стаття закінчувалася формулою, що вже без усяких застережень визначала Україну частиною Московської держави. "Никто б голосов таких не испущая, что Малороссійский край — Гетманского Регименту, а отзывались бы везде единогласно — их Царского Пресвятлого Величества самодержавной державы".