Скориставшись шведсько-московською війною, Іван Мазепа, якого підтримали генеральні старшини і більшість козацьких полковників, вступив у союз із Швецією, уклав із шведським королем угоду, за якою "Україна з обох сторін Дніпра з Військом Запорозьким і народом малоросійським має бути вічними часами вільна від усякого чужого володіння". Гарантувалося також абсолютне невтручання у внутрішні справи України, недоторканість її кордонів. "Цілість границь її, непорушність вольностей, законів, прав і привілеїв її свято мають заховуватися, аби Україна вічними часами тішилася своїми правами і вольностями без усякого ущербку".
Розгром шведських військ під Полтавою 1709 р. перекреслив намагання Івана Мазепи звільнити Україну. Він змушений був втікати від гніву Петра І за Дунай в турецькі володіння, де невдовзі й помер.
Проводячи політику старшинського самоврядування, гетьманської влади, Петро І призначив у 1709 р. резидента (в наступному році — двох) для контролю за діяльністю гетьманського уряду. Царський резидент контролював економічну, фінансову, військову, зовнішньо-політичну діяльність гетьманського уряду. А в травні 1722 р., ще за життя гетьмана Івана Скоропадського, царським маніфестом було створено Малоросійську колегію — як центральний орган державного управління у справах Лівобережної України. Малоросійська колегія містилася у Глухові, складалася з президента колегії (бригадира Вельямінова), шести офіцерів — командирів розташованих на Лівобережній Україні царських полків та прокурора. Усіх призначав цар. У цивільних справах Малоросійська колегія підлягала Сенату в Петербурзі, у військових — головнокомандуючому російськими військами в Україні.
Якою наругою, яким лицемірством було те, що Петро І, який відверто і брутально нищив усі вольності, права і привілеї України, обіцяв у грамотах "нашим, царского величества, словом… нерушимо, свято содержать", і при цьому посилався на договір 1654 р. Навіть посадивши на шию українського народу Малоросійську колегію, що була по суті окупаційною владою в Україні, цар заявляв гетьманові, що цій колегії "велено все чинить по трактату, учиненному с Хмельницким".
Після смерті Скоропадського, у 1722 р., Петро І заборонив вибори нового гетьмана. Ще Скоропадський призначив наказним гетьманом Павла Полуботка. Спроба козацької старшини домогтися відновлення гетьманства і ліквідації Малоросійської колегії була придушена Петром з небувалою жорстокістю — взагалі вритаман-ною його правлінню. Про це розповідається у Чернігівському літописові від 1723 р.
"Канцелярист Іван Романович подав челобитную от усього війська малоросійського, за підписом рук усієї полкової та сотенної старшини і товариства бунчукового і значкового до рук самій імператорської величності, з церкви святої Троїци по службі Божій йдучому, ноября 10 числа. Так зараз в кофейний дом увійшовши і вичитавши, і вишедши з того дому, того ж моменту, ізволив приказать своїми устами генералу майору і гвардії Преображенського полку майору Андрію Івановичу Ушакову, з великим гнівом і яростію, взяти під караул полковника Павла Полуботка, судію єнерального Івана Черниша, Семена Савича, писаря єнерального, там же при кофейному домі стоявших, і всіх, хто за ними асистовав. Від котрих і від усіх, відв'язавши своїми руками шаблі, тот же єнерал Ушаков повелів усіх попровадити у замок мурований пітербургській, де, з первого часу, порізно були всі за караулом посажені. Потім по чотири чоловіки злучені, а далі, знову неділь з кілька, поодинці розведені. А взято тоді при головній старшині під караул у замок полковників показних трьох: 1) гадяцького полкового судію Григорія Грабянку, 2) переяславського есаула полкового Івана Кирпича, 3) стародубського Петра Корецького да бунчукового товариша Дмитрія Володківського, канцеляриста Військової єнеральної канцелярії Миколу Ханенка, Іосифа Гаврилова, Насиля Биковського, стародубського значкового Стефана Носовича, чернігівського значкового Івана Римшу. А слуг усіх, на господі де стояли, під караул побрано й усі пожитки, у кого що било, сукні й гроші, одібрано… Того ж часу взято з України полковника миргородського Апостола в Москву і Санкт-Петербурх, есаула єнерального й бунчукового з Глухова, а деяких полків побрано в Глухів старшину полковую и держано под караулом".