Можно предположить – и опубликованные документы это косвенно подтверждают, – что к моменту переезда в Москву Макаренко сумел переформулировать, буквально – «транспонировать» – свою систему воспитательных принципов и организации детской колонии для использования ее в рамках средней школы, как некоторое универсальное лекарство и универсальную меру, которая могла бы заменить запрещенную и изгнанную педологию (а за ней, как показывала практика, и детскую психологию). Иначе говоря, правила и принципы, выработанные для особых закрытых воспитательных учреждений, должны были, с некоторыми сокращениями и изменениями, стать в рамках советской образовательной системы если не всеобщими, то официально поощряемыми и рекомендованными к внедрению. Макаренко не успел свести свои работы последних лет в одно обобщающее сочинение – этим занялись уже в конце 1940‐х годов его последователи, издававшие одну за другой книги о «педагогической системе Макаренко».
Один из главных своих воспитательных принципов Макаренко называет «принципом параллельного действия». Фактически этот принцип означает отказ от индивидуальной работы педагога с ребенком – идеи, столь настойчиво пропагандировавшейся педологами, особенно на ранней стадии развития этого движения. Макаренко же говорит: «Мы имеем дело только с отрядом. Мы с личностью не имеем дела. Такова официальная формулировка. В сущности, это форма воздействия именно на личность, но формулировка идет параллельно сущности» (Макаренко 1984: 165).
Смещение фокуса с отдельного ученика (воспитанника) на коллектив (отряд/класс, колонию/школу) и установленные в нем правила поведения и коммуникации в описании Макаренко последовательно создают взаимный контроль членов первичного (пятнадцать–двадцать человек), а потом и «большого» коллектива (до нескольких сот человек), а на следующем этапе приводят к тому, что нужные паттерны поведения ребенок способен уже воспроизводить сам, то есть владеет навыками самоконтроля. Если коллектив детского учреждения уже сложился и рутинно функционирует, то новых воспитанников нужно распределять по разным отрядам, так они «сразу попадают в сильные первичные коллективы, под перекрестное влияние и наблюдение дисциплинированных и воспитанных ребят» (Макаренко 1983: 305). Иными словами, те, кто уже усвоил и интериоризировал правила поведения и общежития, способны осуществлять внешний контроль за новичками – возможно, даже лучше, чем это делали бы воспитатели, поскольку зоркость и бдительность контролирующих обеспечена их собственным недавним трудным путем к самодисциплинированию.
Любой нарушитель установленных правил должен отвечать за свою провинность не перед воспитателем или педсоветом, а перед отрядом/классом или даже всей колонией/школой, и главным механизмом наказания становится временное или частичное лишение его права считаться полноценным членом этого коллектива: «…в наказании нет подавленности, а есть переживание ошибки, есть переживание отрешения от коллектива, хотя бы минимального» (Макаренко 1984: 158).