В начале XIX в. началось благоустройство всей трассы, которой придавался вид улицы. В 1817 г. ее назвали Малым Аптекарским проспектом. В 1828–1845 гг. она называлась Песочным проспектом, Песочной улицей (название связано с характером почвы этой местности), вновь Аптекарским проспектом. В 1856 г. это название закрепилось окончательно.
На участке от набережной Карповки до улицы Профессора Попова с выходом к Большой Невке расположен Ботанический сад. Он создан в 1823 г. на базе Аптекарского огорода. В 1931 г. здесь организован Ботанический институт АН СССР. В 1940 г. ему присвоено имя В. Л. Комарова (см.: ул. Профессора Попова, 2).
Со стороны проспекта просматриваются главное здание института и четырехэтажный дом гербария и библиотеки Ботанического сада, возведенный в 1911–1915 гг. по проекту архитектора А. И. Дитриха (дом № 1). Центральная ось его главного фасада выделена двумя парами пилястр ионического ордера.
В здании хранится уникальный гербарий, насчитывающий около пяти миллионов листов растений.
15 ноября 1941 г. одна из бомб попала в Ботанический сад и разрушила оранжереи, где погибло много редких растений и деревьев.
На территории Ботанического сада, на пересечении проспекта с улицей Профессора Попова, в 1912–1914 гг. по проекту А. И. Дитриха построено здание для рабочих и сотрудников сада.
Дом № 3 (см.: ул. Профессора Попова, 5).
В 1792 г. на участке, занимаемом домами №№ 5, 7 и 9, построили двухэтажное здание для Медико-хирургического училища. В связи с тем, что оно располагалось далеко от госпиталей, было решено «здание обратить в помещение фабрики хирургических инструментов, лаборатории, типографию, заведя тут же особый Запасный магазин аптекарских материалов ради лучшего сбережения оных».
Вопрос о постройке «Магазина аптечных материалов» (что-то вроде склада) с лабораториями и подсобными помещениями, включающими эксикаторию — сарай для сушки лекарственных трав, затянулся до 1830-х гг. Весной 1837 г. архитектор З. Ф. Краснопевков выполнил план местности, представив его в Комиссию проектов и смет Совета путей сообщения и публичных зданий. План был представлен Николаю I и Высочайше одобрен.
Здание магазина с флигелями возведено вдоль Аптекарского проспекта. Слева и справа от него, а также за ним построены лаборатории. Автором этих домов, видимо, был архитектор-строитель З. Ф. Краснопевков, в 1830-е гг. работавший в Медико-хирургической академии; в 1837–1843 гг. он служил в МВД. Некоторые чертежи, хранящиеся в архиве, подписаны Д. Висконти, Ф. Руска и Шарлеманем 2-м.
Главный запасный магазин («Магазин аптечных материалов») в результате слияния магазина Главной аптеки, погребов и лабораторий медицинского сада стал родоначальником Химикофармацевтического завода № 1 (дом № 5).
С Главным запасным магазином, впоследствии переросшим в завод военно-врачебных заготовлений, связаны первые шаги отечественной лекарственной химии. Он был тесно связан с Медикохирургической академией. В 1808 г. учреждено особое фармацевтическое отделение для подготовки провизоров. Для студентов читались лекции по фармации, фармакологии, химии, зоофармакологии и зоотомии.
В 1840-е гг. было решено построить новый Запасный магазин с лабораторией. Его строительство завершилось в 1846 г.
В конце 1890-х гг. Главный запасный магазин объединился с Инструментальным хирургическим заводом в Завод военноврачебных заготовлений. Впервые в России здесь было налажено массовое производство готовых дозированных лекарственных препаратов. С 1900 г. стала действовать таблеточная мастерская, изготовлявшая прессованные таблетки из дозированных порошков. Выпускались настойки, экстракты, мази, растворы из растительных веществ.
25 мая 1900 г. завод переименован в завод врачебных заготовлений. В его обязанность входило снабжать всем необходимым учреждения, подчиненные Главному военно-санитарному управлению, а затем — Наркомату здравоохранения. На заводе изготовляли весь комплекс медикаментов, необходимых Красной Армии и населению, — хирургические инструменты и врачебные предметы, аппараты для дезинфекции, фельдшерские сумки, протезы, асептические и индивидуальные пакеты, халаты для медицинского персонала.
В 1922 г. завод назывался «Военврач», с 1937 г. — Химикофармацевтический завод № 1. Приказом наркома здравоохранения от 11 сентября 1938 г. завод ориентировался на выпуск готовых медицинских препаратов и патентованных средств. С 1939 г. создавались новые врачебные препараты: цитрамон, таблетки витамина С и сухого йода, свинцовая примочка и другие.