Во время Великой Отечественной войны ни один из цехов завода, несмотря на острую нехватку сырья, топлива, электроэнергии, не был законсервирован. Из 660 рабочих, работавших до войны, в блокаду оставалось лишь 339 человек.
С 1977 г. завод стал головным предприятием производственного химико-фармацевтического объединения «Октябрь». В этот период учеными были разработаны новые препараты, одним из которых стал дактиномицин, рожденный в онкологическом центре. Для его выпуска в ампульном цехе объединения, возглавляемом Т. И. Шишигиной, создали асептическую среду, то есть полностью стерильный участок. В 1978 г. объединение выпустило лечебное средство, которого ждали многие тысячи людей, — валидол в капсулах (впервые в мировой практике). За ним появился нитроглицерин в капсулах. В 1970-е гг. лекарства, выпускавшиеся объединением «Октябрь», направлялись в 24 страны.
В настоящее время предприятие прекратило свое существование. В здании расположились различные офисы. В 2010-е гг. здание предполагается реконструировать под офис-центр. Авторы проекта реконструкции — архитекторы В. Э. Лявданский, О. Ю. Конева, В. А. Мартынова.
В соседнем доме № 7 находилось фармацевтическое и перевязочное производство, принадлежавшее Главному запасному магазину. Здание возведено в 1900-е гг. по проекту военного инженера Л. Г. Малеева.
В 1920-е гг. в нем находилась Окружная химико-бактериологическая лаборатория Ленинградского военного округа. В 1945 г. разместился Механический техникум, который готовил техников широкого профиля. В конце 1960-х гг. его перевели на Песочную набережную, 14. В настоящее время в здании находится библиотека завода «Красногвардеец».
Дома № 9–11 по Аптекарскому проспекту (дома № 3–36 по Инструментальной ул.) возведены в 1843–1844, 1852–1855 гг. по проекту А. М. Горностаева. В них располагались производственные здания и лаборатория завода военно-врачебных заготовлений. В 1900-е гг. здания перестроены по проекту Л. Г. Малеева.
В 1719 г. в целях снабжения русской армии необходимым перевязочным материалом и хирургическими инструментами Петр I повелел «при Главной аптеке в Аптекарском огороде выделывать лекарские инструменты».
С 1721 г. на углу Аптекарского проспекта и нынешней Инструментальной улицы находилась «Мастеровая изба лекарских инструментов», или «инструментальная изба», укомплектовывавшая врачебными инструментами русскую армию, а с 1760 г. и Военно-морской флот. Первым руководителем производства был искусный мастер Василий Шершавин, который принял государственную присягу и руководил производством двадцать лет. «Инструментальная изба» относилась к Медицинской канцелярии. В 1760 г. она переименована в Петербургскую инструментальную фабрику. На базе фабрики хирургических инструментов в 1796 г. вырос Петербургский инструментальный хирургический завод, будущий завод «Красногвардеец» (дом № 9). На нем работали 30 мастеровых — коренных жителей Аптекарской слободы.
На территории предприятия сохранилось трехэтажное каменное здание с портиком и треугольным фронтоном, построенное в 1792 г. по проекту А. Порто и предназначавшееся для Медикохирургического училища.
С 1829 по 1841 г. управляющим Санкт-Петербургским инструментальным заводом был ученый-анатом И. В. Буяльский, с 1841 по 1854 г. техническим директором — великий хирург Н. И. Пирогов.
В 1896 г. произошла реорганизация завода. Его объединили с Главным аптечным магазином в одно предприятие — Завод военноврачебных заготовлений. В 1900 г. для завода началось строительство четырехэтажного корпуса по Инструментальной улице.
Осенью 1914 г. за первые три месяца войны изделиями завода снабдили около 4000 лечебных заведений. В 1917 г. на заводе работало 3051 человек. Это было самое большое предприятие на Петроградской стороне.
9 марта 1922 г. заводу присвоено имя «Красногвардеец», так как в 1917 г. здесь были сформированы один из крупнейших отрядов Красной гвардии и первые отряды красных сестер. В 1924 г. он разделен на два предприятия: завод «Красногвардеец» по изготовлению медицинских инструментов (дом № 9) и Завод врачебных заготовлений — Химико-фармацевтический завод (дома № 5 и 7). С июля 1936 г. завод «Красногвардеец» передан от военных Наркомату здравоохранения СССР.
Заводу помогали в разработке новых видов медицинской аппаратуры и ее совершенствовании ученые-медики В. И. Воячек, В. А. Оппель, П. А. Куприянов, В. П. Филатов, Н. Н. Еланский.
В годы Великой Отечественной войны на заводе изготовляли ряд деталей для танков КВ, пулеметов Дегтярева, радиаторы и газофильтры для торпедных катеров, штыки. Здесь же выпускались хирургические инструменты, упаковки для мин и пулеметов «Максим».