И причиной этого, очевидно, было не только традиционное презрение военных к «шпакам». Состав научной части экспедиции был весьма разношерстным. Некоторые из ученых мужей, по выражению французского историка Шарля Ру, были «недостойны завязывать шнурки на ботинках Монжа и Вертолле».
22 августа 1798 г. Бонапарт подписал декрет об учреждении Египетского института. Ему вменялась в обязанность двоякая задача: с одной стороны, «осуществление прогресса в просвещении Египта», а с другой — «поиски, изучение и публикация естественнонаучных и исторических фактов о Египте».
На первом заседании Египетского института, проходившем под председательством Монжа и вице-председательством самого Бонапарта, рассматривались вопросы «о средствах улучшения выпечки хлеба, производстве пива, пороха, о строительстве ветряных и водяных мельниц, очищении нильской воды, создании юридической системы, системы просвещения».
По рекомендации Института была сделана попытка ввести в Египте современные понятия об административной и муниципальной службе. Страна была разделена на провинции, во главе которых были назначены административные органы («диваны») из влиятельных шейхов.
Начали регулярно очищаться улицы Каира, приводиться в порядок жилища, было налажено городское освещение, причем плата за уличные фонари возлагалась на состоятельных граждан Каира. Саперы армии Бонапарта разрушили внутренние ворота, которые разделяли кварталы города. Была предпринята попытка упорядочить взимание налогов, вызвавшая живое недовольство населения, не привыкшего платить за такие мелочи, как регистрация актов гражданского состояния и т. п. По приказу Бонапарта были составлены генеральные планы Каира и Александрии, разработан подробный атлас Нижнего Египта, публикация которого, однако, задержалась в связи с военными соображениями.
Постоянно возраставшие потребности французской армии вынудили французов создать в Каире четыре военных госпиталя, фабрику по производству пива, виноперегонный завод, современную пекарню, табачную фабрику. Появились в городе и французские бани.
29 августа 1798 г. в Каире вышел первый номер французской газеты, называвшийся «Курье де л’Ежипт». Он был отпечатан в походной типографии, следовавшей в армейском обозе. С 1 октября того же года начал появляться журнал под названием «Декад Эжипсьен». В нем публиковались в основном сообщения Египетского института. Однако не следует преувеличивать значение этих изданий, выходивших на непонятном для подавляющего большинства египтян французском языке. К началу 1799 г. в Каире стала работать арабская типография. Генерал Мену выступил с идеей издания газеты на арабском языке, адресованной египтянам, под названием «Ат-Танбих», однако она не была осуществлена. Несколько более ощутимый эффект имела работа востоковедов Египетского института. В частности, Вантюр де Паради и несколько переводчиков-сирийцев, находившихся в составе экспедиции, опубликовали на арабском языке ряд официальных документов, а также четыре брошюры: басни Лукмана, сборник документов, относившихся к суду над Сулейманом аль-Халеби, грамматику разговорного арабского языка и брошюру под названием «Предупреждение о чуме».
Бонапарт долго носился с идеей организации театра в Египте. Уже из Парижа он писал Клеберу: «Я затребовал группу актеров и постараюсь вскоре Вам ее направить. Это очень важно как для армии, так и для того, чтобы начать изменять нравы этой страны». Однако труппа не смогла прибыть в Каир. Театр был открыт в Египте только четверть века спустя великим египетским просветителем Рифаа ат-Тахтави — одним из первых египтян, посетивших Францию.
Поставленная Бонапартом перед Египетским институтом задача способствовать распространению просвещения в Египте оказалась совершенно невыполненной. Да и о какой просветительской работе можно было всерьез вести речь, когда египтяне во все более широких масштабах вели борьбу против французской оккупации?
В этих условиях благие начинания Султана эль-Кебира превращались в свою противоположность, в пародию на те благородные цели, о которых так много говорили. Вместо театра французы основали в Каире заведение, явившееся прародителем современных египетских ночных клубов. Оно функционировало в первом каирском кафе «Тиволи». Кстати, именно там Бонапарт встретил свою пассию — мадам Фурес.