Когда Бельцони прибыл в Каир, его уже ждала инструкция Генри Солта: оставить все собранные им древности во дворе английского консульства, а голову Мемнона отвезти в Александрию. Бельцони не стал задумываться над сутью указаний британского консула и в начале 1817 г. доставил свой бесценный груз в Александрию, где голову «Молодого Мемнона» в ожидании корабля в Англию поместили на складах Мухаммеда Али. Вскоре она уже пополнила коллекцию Британского музея.
Первая экспедиция не принесла Бельцони ничего, кроме некоторой известности в кругах египтологов. Прижимистый Генри Солт заплатил ему лишь 50 ф. ст. за все найденные им древности плюс 25 ф. за «Молодого Мемнона». Расстроенный, по не обескураженный, Бельцони тут же начал собираться во второе путешествие в Верхний Египет. Генри Солт пытался соблазнить его перспективами совместной работы с Джованни Батиста Кавилья, капитаном из Генуи, успешно ведшим в то время раскопки в районе пирамиды Хеопса. Однако Бельцони предпочел действовать в одиночку.
20 февраля 1817 г. он с небольшой группой помощников вновь покинул Булак, направляясь в Верхний Египет. Прежде всего было необходимо нейтрализовать происки Дроветти. Прибыв в Асьют, Бельцони нанес визит «адмиралу Нила» Хикмет-бею и вручил ему сувенир в виде двух бутылок рома. Хикмет-бей сообщил, что два копта — агенты Дроветти уже находятся на пути в Карнак, чтобы перекупить все древности, найденные в этом районе в последнее время. Бельцони решил опередить их. Оставив фелюгу, он верхом на лошади бросился в Карнак. В течение пяти с половиной суток Бельцони преодолел 200 миль. Он спал только 11 часов, останавливаясь на ночлег в коптских монастырях или арабских караван-сараях.
Однако предприимчивого итальянца ждало разочарование. Он обнаружил, что местный бей, обиженный тем, что Генри Солт довольно долго не слал ему «сувениров», переметнулся на сторону Дроветти и приказал своим людям продавать древности только французскому консулу.
Описание Бельцони его приключений в катакомбах в Долине царей способно повергнуть в ужас как любителя приключенческих романов, так и ученого-археолога. Несмотря на свой гигантский рост, он протискивался в узкие проходы, нередко проламывая головой прах древних мумий, жадно хватая папирусы, которые он находил везде: у изголовья мумий, на их груди, под мышками или под коленями. Полные мрачной романтики, мемуары Бельцони читаются на едином дыхании. Известный археолог Говард Картер считал книгу Бельцони самым увлекательным приключенческим романом и всюду возил ее с собой.
Успехи Бельцони приводили в ярость агентов французского консула. Подкупив бея Карнака, они добились от него приказа, запрещающего Бельцони нанимать местных рабочих для раскопок. Однако у Бельцони имелся фирман Мухаммеда Али и приказ был отменен. Тогда его противники пошли на крайнее средство. Они попытались убить Бельцони с помощью местного головореза Хасана по прозвищу Голубой Дьявол (из-за голубой галабеи, с которой он не расставался). Однако и на этот раз судьба была благосклонна к итальянцу. С завидным хладнокровием Бельцони сумел избежать смерти.
Сметая все препятствия, Бельцони предпринял варварские раскопки вблизи уникального храма в Абу-Симбеле и древних усыпальниц фараонов в Долине царей около Фив. К счастью для египтологии, вездесущий итальянец, перекопавший подряд все могилы в Долине царей, не наткнулся на единственную нетронутую из них — гробницу Тутанхамона, вход в которую находился под огромной кучей мусора.
Одной из наиболее великолепных находок Бельцони в Долине царей стал погребальный комплекс фараона Сети I, состоявший из пяти богато украшенных фресками и рельефами комнат, соединенных коридорами. Обнаруженный им гранитный саркофаг с изображением прекрасной богини Нейт был пуст. Бельцони и его спутники нашли лишь обрывки погребальных бинтов, которые, очевидно, были оставлены грабителями, побывавшими здесь много веков назад и утащившими мумию. В самой большой из комнат стояла мумия быка и множество изящных деревянных статуэток «ушебти».
Как выяснили впоследствии ученые, могила Сети I была «ограблена» не злоумышленниками, а самими жрецами, которые сначала поместили в ней для пущей сохранности мумию сына Сети I Рамсеса II, а затем перенесли мумии двух величайших фараонов Нового царства в более безопасное место, где они впоследствии и были найдены.