В системе пантеизма происхождение души объясняется тем предположением, что один всеобщий дух, истинно и вечно сущий, сам как бы разделяет себя на множество частных существ и душ. Некоторые из древних философов разделение всеобщего духа на множество душ представляли слишком чувственно, наподобие того, как источник делится на потоки. Другие представляли это утонченнее. Отвергая материальное, как призрак чувств, утверждали, что истинно существует одна только субстанция абсолютная, а частные души суть видоизменения (modificationes) свойств ее. Так учил Пифагор, по свидетельству Цицерона (Cicer. L. 1. de natura deor. c. II Lib. de consolat.). Еврипид не допускал никакого различия между душей человеческой и Богом (Cicer L. Qu. tuscul. c. 26.). Ксенофан, Стоики, Филон утверждали, что душа по своему существу не различна от субстанции Божества, есть часть Божества. Отсюда у многих магометанских философов родилось это странное убеждение, что всецелость бытия есть Божество. Об Амальрике говорит Герсон (de concord. Metaphysic. et Log. p. 4), что он так мыслил: «все есть Бог и Бог есть все, творец и тварь одно и то же, он творит и он же творится». Этих мыслей держался и Спиноза, доказывавший, mentem humanam partem esse infiniti intellectus Dei, хотя он, утверждая это, не представлял человеческого духа материальной частью Божества в смысле некоторых стоиков, которые облекали в материю все и само Божество, говоря, что о нематериальном нельзя иметь и понятия. Спиноза же признавал человеческую душу частицей Божества в смысле духовном, вышечувственном; ac proinde, продолжал он, cum dicimus, mentem humanam hoc vel illud percipere, nihil aliud dicimus, quam quod Deus, non quatenus infinitus est, sed quatenus per naturam humanae mentis explicatur, sive quatenus humanae mentis essentiam constituit, hanc vel illam habet ideam.
Против грубого пантеистического мнения, что Божество есть всецелость бытия, что душа есть часть Божественного ума, Цицерон говорил: distractione humanorum animorum discerpitur et laceratur Deus (L. 1. de natura deor. c. 11). Если допустить, что души суть части Божества, на которые оно как бы разделяется, то вместе с этим надобно будет признать, что Божество перестает быть единым в самом себе, что в нем одна часть отстает от другой, следовательно, внутреннее единство расторгается, простота, в высочайшей степени принадлежащая ему, уничтожается. За этим обращая внимание на изменяемость души человеческой, Цицерон говорил: mutatio animae ostendit mihi, quod anima non sit Deus;nam si anima substantia Dei est, substantia Dei errat, corrnmpitur, violator, decipitur:quod nefas est dicere. Подробнее раскрывал эту мысль Августин (Disp. I. n. 11). Последнее замечание Цицерона служит к опровержению как грубого пантеизма, где материальным образом представляется раздробление Божества на части, так и утонченного, какой видим у Ксенофана и Спинозы. Если души человеческие – одно с Божеством, если, по выражению Спинозы, он суть видоизменения свойств Божиих: то необходимо ввести изменяемость в самое существо Божие. Тоже должно сказать и против предположения новейшей философии, по которому Божество, сначала пребывающее в сокровенности, как нераскрытая идея, без инакового бытия, входит потом в инаковое бытие, по выражению Гегеля, расторгает себя (dirimit se) на множество существ чувственного и нравственного мира, с тем, чтобы некогда опять возвратиться на себя, вполне раскрыться и представить себя перед своим взором, из противоположностей яснее сознать то внутреннее богатство, которое от века пребывает в нем в состоянии нераскрытом. Различать ли периоды нераскрытого и раскрытого состояния Божества, или со Спинозой представлять сущность (το esse) и явление Божества (το fieri) нераздельными по времени, равно вечными: в том и другом случае неизменяемость его уничтожается. Бог подчиняется закону времени, ограничивающему конечные существа, по которому возможное для них раскрывается в действительности не вдруг, а постепенно. По представлениям пантеистов, действительно Существо Бесконечное переходит разные процессы самораскрытия; в бытии его бессознательное состояние, в котором оно есть только всеполная сила, предшествует другому состоянию, в котором оно доходит до полного самосознания. В таких представлениях заключается отрицание бесконечности Божества. То не бесконечно, что не имеет всех своих совершенств от века и до века в одинаковой степени. Состояние Божества без полного самосознания есть состояние недостатка; ибо по времени только является в нем нечто такое, чего оно прежде не имело. Если скажут, что Бог имеет все от века, но только в нераскрытом состоянии (как нераскрытая идея): это не есть еще истинно Бесконечное Существо, совершенно свободное от недостатков, ограничений; потому что у предполагаемой по идее полноты бытия недостает некоторых существенных совершенств. Так, когда нет самосознания, предвидения и соединенной с ним премудрости: то нет совершенств, существенно принадлежащих природе Божества. Но самосознание, премудрость составляют столь же существенные свойства природы Божественной, как и могущество, эта, если можно так выразиться, причинность всего. А по мнению пантеистов, свойства эти должны быть следствием особого процесса, по которому единое различает себя на противоположности. Откровенное учение, свободное от крайностей материализма, объясняет происхождение души человеческой из понятия творения, по которому она не изводится из материи и не отделяется, как часть, от несложного, простого Божественного существа, но душа, не существовавшая прежде, всемогущей, премудрой силой произведена из небытия в бытие. По этому учению, как все субстанции физической природы не изводятся из какой-то довременной материи, но приведены из небытия в бытие: таким же образом произошла и субстанция высшего рода – душа человеческая.