После сепаратных переговоров в Брест-Литовске высшее командование Антанты объявило Чехословацкий корпус в Советской России автономной частью французской армии. Совнарком за подписью Ульянова (Ленина) заявил о готовности эвакуировать личный состав иностранного корпуса распущенной русской армии через Владивосток, стремясь удалить «контрреволюционно настроенных» чехов и словаков от Петрограда и Москвы:
— На Мурманск и Архангельск эшелоны с чехословаками не отправлять. Ведь в таком случае они пойдут железной дорогой по столицам. А там заговоры буржуазии, контрреволюции...
Совет Народных Комиссаров и Реввоенсовет товарища Троцкого чувствовали, что каждый лишний день пребывания добровольческого корпуса из военнопленных-славян грозит мятежом. Если он «пыхнёт», то сдетонирует контрреволюционное подполье во многих местах. Такое действительно случилось. Но помимо води чехословаков, уже мечтавших вернуться в родные Моравию, Карпаты, Прагу, Пльзень...
К концу мая 1919 года 63 воинских эшелона с чехословаками, численность которых уже превышала 40 тысяч человек, растянулись по железнодорожной линии от станции Ртищево под Пензой до Владивостока. То есть на расстоянии около семи тысяч километров.
Обстановка на Транссибе накалялась с каждым днём. С одной стороны, Советское правительство стремилось использовать Чехословацкий корпус как прегради для немецких и австрийских войск, начавших почти беспрепятственное продвижение на восток по территории бывшей Российской империи до Нарвы и Дона. Но не только против них, но и войск Украинской народной республики. С другой стороны, местные Советы, по указаниям из Москвы, старались разоружить легионеров-чехословаков и потому всячески задерживали продвижение их эшелонов к Владивостоку.
20 мая в городе Челябинске совещание делегатов Чехословацкого корпуса приняло решение; оружия Советам не сдавать и продолжать движение эшелонов к Владивостоку. Были избраны руководящие корпусные органы: Временный исполнительный комитет Чехословацкой армии во главе с Павлу, военная коллегия и военный совет из трёх человек — подполковника Войцеховского, капитанов Гайды и Чечека.
Первое вооружённое столкновение чехословаков с красноармейцами произошло в сибирском городе Мариинске 25 мая. Мятежа корпуса против Советской власти в России можно было ещё избежать. Но в тот день чехословацкое командование перехватило категоричный приказ председателя Реввоенсовета Льва Троцкого, в котором он требовал расстреливать на месте всякого вооружённого чехословака и заключать в лагеря военнопленных весь личный состав данного корпусного эшелона.
Приказ Троцкого вызвал единодушие в действиях чехословаков, служивших теперь Антанте. Их мнение, не считая часть коммунистов-интернационалистов, услышала но телеграфу большая часть России:
— Оружия Советам не сдавать. Оно дано нам не ими. На родину пробиваться силой, если Троцкий вздумает нас разоружать и снова загонять в бараки для военнопленных.
Чехословацкий корпус, являвшийся в России частью французской армии, поднял мятеж против новой власти. Он действовал четырьмя оперативными группами: Поволжской во главе с Чечеком, Челябинской подполковника Войцеховского, Сибирской Гайды и Владивостокской, которой командовал генерал-лейтенант Дитерихс. Чехословаки силой своего оружия поддержали антибольшевистские правительства: в городе Самаре — Комуч, в городе Екатеринбурге — Временное областное правительство Урала и в городе Омске — Временное Сибирское правительство.
Ведя наступательные операции против сил Красной Армии, чехословаки захватили всю линию Транссибирской железнодорожной магистрали, многие крупные города вне её полосы, в том числе Новониколаевск, Томск, Канск, Иркутск, Красноярск и другие. В городе Казани был захвачен золотой запас России, позднее переданный правительству адмирала Колчака (так называемый «золотой эшелон»).
Чехословацкий корпус принял участие в боях с Красной Армией на стороне колчаковских войск. Однако личный состав корпуса всё настойчивее требовал от своего командования отправки на родину. По приказу военного министра правительства Чехословакии Штефаника в середине января 1919 года корпус был снят с фронта и отведён в тыл армий Верховного правителя России адмирала Колчака.