Лишь двадцать процентов выгребных ям делалось из непроницаемых материалов: из цемента, реже из керамики или железа, остальные выгреба сооружались из плохого барочного леса и за редким исключением даже не обмазывались глиной, как требовалось по Обязательному постановлению 1884 года. Деревянные крышки быстро разбухали и плохо закрывали выгреба. Снимать крышки нередко приходилось с помощью ломов и топоров, что приводило к порче крышек, образованию в них щелей, которые пропускали потом из выгребов зловонные газы. Зимой люки обыкновенно замерзали и покрывались льдом и снегом. Лишь в некоторых домах выгребы имели чугунные крышки, а в трех домах — две металлические крышки (Фонарный пер., 7/8, Вознесенский пр., 20, Новый пер., 4). Некоторые выгреба частью находились внутри здания (в старых домах), частью выходили во двор. Нечистоты свободно впитывались в окружающую почву. При быстром росте населения и все более уплотняющейся застройке в последней трети XIX века положение становилось крайне опасным. Между тем всякий контроль за состоянием выгребных ям был крайне затруднителен.
Смешанные выгреба состояли из срубов без перегородок и принимали одновременно нечистоты простых отхожих мест и ватерклозетов, которые под напором ватерклозетной воды шли в городскую трубу. Некоторые выгребы были закрыты мостовой, а в некоторых домах вообще не было выгребов, и нечистоты спускались в городскую трубу, а то и прямо в Мойку. В редких случаях имелись выгребы с «дворовыми» фильтрами для задержки густых нечистот с гравием, углем или древесными прутьями, еще реже ставились решетки; правда, «фильтром» все эти препятствия назвать сложно, что понимали и современники.
В основном в XVIII — первой половине XIX века нечистоты, а также стоки промышленных предприятий спускались без очистки и в реки и каналы и, как уже говорилось, вывозились в Финский залив. Загрязнение городских водотоков и засорение уличных каналов вынудили правительство еще в 1845 году издать закон, запрещавший присоединять дворовые выгреба к уличным трубам.
Некоторые домовладельцы для избавления от нечистот использовали общегородскую дождевую канализацию, которая существовала в Петербурге с XVIII века. В 1834 году ее протяженность составляла 45 тысяч погонных сажен, а в 1849-м — около 50 тысяч сажен, охватывая все основные улицы города.
Использовать дождевую канализацию как бытовую было строжайше запрещено в конце 1860-х Уставом о наказаниях, налагаемых мировыми судьями, однако массовость и неискоренимость этого явления была признана властями и даже законодательно закреплена в Обязательных постановлениях, принятых 2 августа 1884 года, когда было разрешено спускать туда нечистоты из клозетов и простых отхожих мест, но оговаривалось, что при присоединении к дождевой канализации должны устраиваться особые заградительные решетки для задержания твердых нечистот. Однако и это требование не принималось в расчет — осадочные колодцы дождевой канализации на перекрестках улиц превратились в выгребные ямы.
Деревянная дождевая канализация была головной болью городских властей. Она имела щели и неплотные стыки (в палец шириной), потому что делалась из самого простого материала — горбыля и барочного леса. Для проникновения в окружающую почву дождевой воды это нормально, но, когда по этим трубам пошли нечистоты, санитарные врачи обеспокоились — эпидемии стали распространяться на целые районы, причем нередко фиксировалось направление распространения инфекции с направлением дождевой канализации.
Разработка петербургской канализации была поручена еще в середине XIX века, конечно же, англичанину — инженеру Уильяму Линдлею (W. Lindley, 1808–1900). Пробурив на петербургских улицах 62 скважины, он изучил характер местных почв, высчитал, что на человека приходится 36 пудов экскрементов в год, после чего решил нее питерские нечистоты отводить в Невскую губу: «К западу от Гутуевского острова тянутся песчаные мели, покрытые водою лишь от до 3 футов при среднем ее стоянии, и только против средины Канонерского острова один из глубоких и главных каналов Невы опять приближается к берегу… посредством короткой трубы можно достигнуть глубокой воды и сильного течения, которое обеспечивает размножение нечистот, делая их безвредными и уносит вдаль». Англичанин не учел, что ветры каждый год вызывают в Петербурге наводнения. Да и как он мог это учесть, если в Петербурге был короткое время, а в основном перемещался из одного европейского города в другой, давая консультации. Его проекты были в основном реализованы в Гамбурге, но там наводнений не бывает.