Командование военно-морскими и наземными силами осуществлялось с помощью сил Европейского командования ВМС в Европе — USNAVEUR (European Command in the form of U.S. Naval Forces Europe) и Европейского командования армии США в Европе — USAREUR (U.S. Army Forces Europe), однако самостоятельных командных структур они не имели.
Таким образом, в Объединенной оперативной области (Joint Operating Area) военно-морские и наземные силы имели главную задачу в поддержке действий Командования Объединенных ВВС — JFACC (Joint Forces Air Component Command).
В силу этого, как пишет Патрик Шитс, даже вертолетная группа TF Hawk, чьей главной силой было всего 24 вертолета АН-64 Apache, дислоцированная в Албании, не подчинялась напрямую штабу «JTF Noble Anvil», но штабу Европейского командования армии США в Европе (U.S. Army Europe) и командующему вооруженными силами СшА в Европе — USCINCEUR, обходя другие командные звенья.
Сам генерал-лейтенант Майкл Шорт заявил 25 февраля 2000 года на конференции «Air Force Association», что отсутствовало единство командования силами США и силами НАТО, так что давалось два приказа — ATO (Air Tasking Order): один для НАТО, а другой для американцев.
Как пишет Патрик Шитс, в первую ночь авиаударов отсутствие приказа о дислоцировании самолетов для F-117 в Венгрии для самолетов Е-3А AWACS (Airborne Warning and Control System), подчиненных командованию НАТО, вызвало прямое обращение их экипажей в Объединенный центр контроля воздушных операций — CAOC.
Само количество средств, привлеченных командованиями США и НАТО сил, было достаточно ограниченным и, как пишет Патрик Шитс в книге «Уроки Косово: Опыт КФОРа», изданной министерством обороны США («Lessons from Kosovo: KFOR experience». Larry Wentz Contributing Editor. DoD Command and Control Research Program. 2002- «Air War Over Serbia». Patrick Sheets), объединенный центр контроля воздушных операций — CAOC (combined air operations center) штаба военновоздушных сил Объединенной группы операции «Благородный ангел» «Joint Task Force (JTF) Noble Anvil» имел в подчинении 214 боевых самолетов, из которых 112 были американскими, дабы к началу апреля в составе военно-воздушной группировки НАТО насчитывалось 350 боевых самолетов, из которых 200 были американскими.
Согласно данным Генштаба армии Югославии («Геройская защита, разбудившая мир». Спецвыпуск. Номер 5 за 2000 год журнала Генералштаба Армии Югославии. Белград / «Herojska odbrana koja je probudila svet» — specijalni broj casopisa «Novi glasnik», br. 5., 2000. god.) для участия в операции против Югославии командование НАТО перед началом войны сконцентрировало в Италии на авиабазах Авиано, Виченца, Истрана, Геди, Пьяченца, Червия, Анкона, Амендола, Джоя дел Колэ, Бриндизи, Сигонела, Трапани группировку в количестве около 170 боевых самолетов ВВС США (F- 16, A-10A, EA-6B, F-15C, F-15D, F-16 C/D, F- 16C/J и эскадрилью (12 машин) самолетов F-117A, с тем что позднее число самолетов F-117A на базе Авиано было увеличено вдвое. Также на авиабазах в Италии было дислоцировано 20 самолетов ВВС Великобритании (Tornado IDS/ADV и Harrier Gr. 7); 25 самолетов ВВС Франции («Jaguar», «Mirage- 2000», «Mirage» F-1C и «Mirage-4P»), 36 самолетов ВВС Италии (AMX, F-104 ASA, «Tornado» IDS, «Tornado» ECR), 16 самолетов ВВС Голландии (F16A), 6 боевых самолетов ВВС Испании (EF- 18A), 6 самолетов ВВС Норвегии (F-16AM), 6 самолетов ВВС Дании (F-16A), 10 самолетов ВВС Бельгии (F-16AM), 11 самолетов ВВС Турции (F- 16С), 6 самолетов ВВС Португалии (F-16A), 14 самолетов ВВС Германии («Tornado» IDS, «Tornado» ECR), а также 6 самолетов ВВС Канады (CF-18), переброшенных позднее в район боевых действий. В дальнейшем число самолетов было значительно увеличено.
Согласно данным Генштаба армии Югославии группировка ВМС НАТО включала авианосец «Theodore Roosevelt», на котором было базировано 46 самолетов F-14D и 24 F/A-18, универсальный десантный корабль «USS Kearsarge», на котором находились восемь штурмовиков вертикального взлета и посадки AV-8B, британский авианосец «Invisible» с истребителями-бомбардировщиками вертикального взлета и посадки «Harrier», авианосец французских ВМС «Foch» с четырнадцатью штурмовиками «Super Etandar», четырьмя самолетами-разведчиками «Etandar IVP» и восемью истребителями F-8P, а также итальянский авианосец «Giuseppe Garibaldi» с истребителями-бомбардировщиками вертикального взлета и посадки «Harrier II».
Помимо этого из авиабаз в Великобритании (Фэфорд и Милденхол) действовало восемь В-52Н и пять В-1В, а из авиабазы Уайтман (США, штат Миссури) — два В-2А.
Для поддержки действий этой авиационной группировки использовались 9 самолетов ДРЛО Е3А AWACS (2 британских самолета с базы Авиано, 4, принадлежащих командованию НАТО, действовали с авиабаз Трапани и Превезо в Италии, 2 американских — с базы Рамштейн в Германии и 1 — с авиабазы Аворд во Франции). Для разведки и целеуказания были также задействованы 2 американских самолета E-8 JSTAR (база Рамштейн) и 5 американских самолетов-разведчиков U-2 (база Истр во Франции), 2 американских RC-135W (база Милденхол), 4 американских Р-3С и ЕР-3У (авиабаза Рота в Испании), 4 американских RC-12 (авиабаза Тасар в Венгрии), 5 американских ЕС-130 (авиабаза Авиано) и 1 голландский Р-3С (американская авиабаза Сигонела в Италии).
В дальнейшем с затягиванием операции в Италию были переброшены новые силы американских ВВС, а в Македонию на авиабазу Петровац были переброшены штурмовики А-10А для ударов по Косову, Метохии и Южной Сербии, где была дислоцирована основная масса югославской армии.
К 18 апреля согласно книге генерала Спасое Смилянич «Агрессия НАТО — Военно-воздушные силы и противовоздушная оборона в защите отечества» число самолетов, участвовавших в операции, согласно Смиляничу выросло до 572 боевых и 228 вспомогательных, а к середине мая согласно сообщению командования НАТО в операции участвовало 609 самолетов авиации ВВС и ВМС США и 281 самолетов ВВС других стран НАТО. Наконец, в начале июня число самолетов НАТО, участвовавших в операции НАТО, возросло до тысячи, а помимо авиабаз на территории Италии, Албании и Македонии, использовались авиабазы в Турции и Венгрии.
Помимо этого с кораблей ВМС США (эсминцы «Gonzales», «Nicholson», «Thorn», «Ross» и подводные лодки «Norfolk» и «Miami») и ВМС Великобритании (подводная лодка «Splendid») согласно статье «Крылатые ракеты» авторов Мирчеты Йокановича и Александра Лияковича («КрстареЬе ракете» — пуковник Jокановиh Мирчета, ЛщаковиЬ Александар. Журнал «Нови гласник», № 2, 1999 г.) осуществлялся запуск крылатых ракет BGM-109 «Tomahawk» (модификация для запуска с подводных лодок UGM-109).
Ракеты AGM-86 использовались с бомбардировщиков В-52Н и В-1В, и так, согласно книге Тима Рипли «Балканская война в воздухе» («Balcan airwar 1999–2000». Tim Ripley. Delprado Publisher, Osprey Aviation. 2001), бомбардировщики В-52Н осуществили запуск 72 крылатых ракет AGM-86.
Для эвакуации сбитых пилотов были задействованы Силы специальных операций ВВС США, располагавшие вертолетами МН-53, МН-60 и самолетами АС-130 и МС-130, дислоцированными в Италии, Боснии и Герцеговине, Албании и в Македонии.
Как пишет Патрик Шитс в книге «Уроки Косово: Опыт КФОРа», изданной министерством обороны США после саммита НАТО, прошедшего 1 — го мая 1999 года, число целей было увеличено, самолеты НАТО делали в среднем 200 вылетов в день и к 10-му июня достигли способности совершать до тысячи боевых вылетов в день, хотя такого количества вылетов не делали в силу отсутствия нужного числа целей.
Согласно книге генерала Спасое Смилянича «Агрессия НАТО — Военно-воздушные силы и противовоздушная оборона в защите отечества» командование НАТО разделило территорию Сербии на три зоны, тогда как по территории Черногории авиаудары не предусматривались.
В первую зону входила территория Косово и Метохии и часть территории Сербии к югу от 44-й параллели (линия Заечар-Любовия), во вторую остальная часть территории Сербии к югу от 44-й параллели, не входящая в первую зону, и в третью зону входила территория Сербии к северу от 44-й параллели.