Ещё одна центральная тема «Управляющего мозга» относится к тому, что Голдберг рассматривает как два радикально отличных, но дополняющих друг друга типа мозговой организации. Классическая неврология (и её предвестник, френология) рассматривает мозг как состоящий из многообразия, мозаики отдельных областей, или систем, или модулей, каждый из которых посвящён высокоспециализированной когнитивной функции, и все они относительно изолированы друг от друга, с очень ограниченным взаимодействием. Такая организация очевидна в случае более простых частей мозга, таких как таламус (который состоит из многих дискретных и отдельных ядер) и более древних частей коры головного мозга, — дискретные, небольшие повреждения зрительной коры могут вызывать соответственно дискретные потери цветового зрения, зрительного восприятия движения, глубины и т.д. Но такая система, утверждает Голдберг, будет жёсткой, негибкой и мало пригодной для того, чтобы иметь дело с новизной или сложностью, для адаптации или обучения. Такая система, продолжает он, была бы полностью неадекватной для сохранения идентичности или высшей духовной жизни.
Уже в 1960-е годы, будучи студентом, Голдберг начал представлять себе совсем другой тип организации в более новых и «высших» отделах мозга, в неокортексе (который начинает развиваться у млекопитающих и достигает высшего развития в человеческих лобных долях). Тщательный анализ последствий повреждения новой коры (неокортекса) даёт возможность предположить, что здесь уже нет дискретных, изолированных модулей или областей, а скорее присутствует постепенный переход от одной когнитивной функции к другой, соответствующий последовательной непрерывной траектории на поверхности коры. Таким образом, центральное понятие Голдберга — это понятие когнитивного континуума, градиента. Чем более юный Голдберг задумывался над этой идеей, тем более она увлекала его: «Я начал думать о моих градиентах как о нейропсихологическом аналоге периодической таблицы элементов Менделеева». Эта градиентная теория обдумывалась и проверялась двадцать лет, прежде чем приобрела законченный вид в публикации Голдберга в 1989 году, когда он собрал многочисленные подтверждающие её свидетельства. Революционная статья, в которой он обнародовал свою теорию, была большей частью проигнорирована, несмотря на огромную объяснительную мощь, которую она предвещала.
Когда в 1995 году я писал эссе о преждевременности в науке [Sucks O. W. Scotoma: Forgetting and Neglect in Science // Hidden Histories of Science / Ed. by R.B. Silver. N.Y.: New York Review of Books, 1996. P. 141-187], наряду со многими другими примерами я приводил и неспособность понять или увидеть значимость градиентной теории в момент её опубликования; сам Лурия в 1969 году, когда Голдберг впервые представил ему свою теорию, нашёл её непонятной. Но в последнее десятилетие произошло большое изменение, сдвиг парадигмы (как сказал бы Кун), связанный частично с теориями глобальной функции мозга, такими как теория Джеральда Эдельмана, а частично — с развитием нейронных сетей как моделирующих систем, больших параллельных компьютерных систем, и им подобных; в результате понятие церебральных градиентов — предвосхищённое Голдбергом-студентом — сейчас находит значительно более широкое признание.
Модулярность по-прежнему существует, подчёркивает Голдберг, как устойчивый, но архаичный принцип мозговой организации, который в ходе последующей эволюции был постепенно вытеснен или дополнен градиентным принципом. «Если это так — замечает он, — то существует поразительная параллель между эволюцией мозга и интеллектуальной эволюцией того, как мы думаем о мозге. Как и эволюция самого мозга, эволюция наших теорий о мозге характеризовалась сдвигом парадигмы от модулярности к интерактивности».