Войска Украинского фронта получили следующие задачи. 5-й армии следовало "наступать в направлении на Ровно, Луцк и к исходу 14 сентября овладеть районом Ровно, Дубно; к исходу 14 сентября овладеть районом Луцк, имея в виду в дальнейшем наступление на Владимир-Волынск". 6-я армия должна была "нанести мощный и решительный удар по польским войскам и быстро наступать на м. Трембовля, г. Тарнополь, г. Львов и к исходу 13 сентября выйти в район Езерна; к исходу 14 сентября овладеть районом Буск, Перемышляны, Бобрка, имея дальнейшей задачей овладение г. Львов". 12-й армии предписывалось "нанести мощный и молниеносный удар по польским войскам, надежно прикрывая свой левый фланг и отрезая польские войска от румынской границы, решительно и быстро наступать в направлении на Чортков, Станиславов и к исходу 13 сентября выйти на р. Стрыпа; к исходу 14 сентября овладеть районом Станиславов, имея дальнейшей задачей действия в направлении Стрый, Дрогобыч". Советским войскам не следовало "ввязываться во фронтальные бои на укрепленных позициях противника, а, оставляя заслоны с фронта, обходить фланги и заходить в тыл, продолжая выполнять поставленную задачу". Глубина действий войск фронтов устанавливалась по линии латвийской, литовской и германской границ, далее по рекам Писса, Нарев, Висла и Сан и по венгерской и румынской границам271 .
Однако эти приказы не были переданы в округа, поскольку в тот же день выяснилось, что Варшава не занята немцами, на франко-германской границе началось продвижение французских войск к линии Зигфрида, а советские военные приготовления потребовали больше времени, чем ожидалось. В этой ситуации в 16 часов 10 сентября Молотов пригласил к себе Шуленбурга и заявил, что Красная Армия застигнута врасплох быстрыми успехами вермахта в Польше и еще не готова к действиям. Коснувшись политической стороны дела, Молотов заявил, что "советское правительство намеревалось воспользоваться дальнейшим продвижением германских войск и заявить, что Польша разваливается на куски и что вследствие этого Советский Союз должен прийти на помощь украинцам и белоруссам, которым угрожает Германия. Этот предлог представит интервенцию Советского Союза благовидной в глазах масс и даст Советскому Союзу возможность не выглядеть агрессором". Но, согласно сообщению германского агентства ДНБ, создается впечатление о возможном германо-польском перемирии, что закрывает дорогу для советских действий. Шуленбург пообещал сделать запрос относительно возможности перемирия и сказал, что действия Красной Армии в данной ситуации очень важны272 . Естественно, вопрос о перемирии с поляками не ставился, о чем Риббентроп и сообщил в Москву 13 сентября273 .
В итоге советские войска получили приказ о наступлении только 14 сентября с соответствующими изменениями по времени выполнения задач. В 4.20 15 сентября Военный совет Белорусского фронта издал боевой приказ № 01, согласно которому "белорусский, украинский и польский народы истекают кровью в войне, затеянной правящей помещичье-капиталистической кликой Польши с Германией. Рабочие и крестьяне Белоруссии, Украины и Польши восстали на борьбу со своими вековечными врагами помещиками и капиталистами. Главным силам польской армии германскими войсками нанесено тяжелое поражение. Армии Белорусского фронта с рассветом 17 сентября 1939 г. переходят в наступление с задачей - содействовать восставшим рабочим и крестьянам Белоруссии и Польши в свержении ига помещиков и капиталистов и не допустить захвата территории Западной Белоруссии Германией. Ближайшая задача фронта - уничтожить и пленить вооруженные силы Польши, действующие восточнее литовской границы и линии Гродно - Кобрин". Конкретные задачи войскам совпадали с приказом наркома обороны от 14 сентября274 .
14 сентября Военным советам ЛВО, КалВО, КОВО, БОВО и начальникам Ленинградского, Белорусского и Киевского пограничных округов НКВД была отправлена совместная директива № 16662 наркомов обороны и внутренних дел о порядке взаимодействия пограничных войск и Красной Армии. Согласно директиве "с момента выступления полевых войск из районов сосредоточения с целью перехода государственной границы для действий на территории противника" и до перехода войсками "государственной границы на глубину, равную расположению войскового тыла (30-50 км)", пограничные войска, "оставаясь на своих местах, переходят в оперативное подчинение Военным советам соответствующих фронтов и армий" до их особого распоряжения275 . Вечером 15 сентября командующий Белорусским округом пограничных войск НКВД отдал приказ № 01, определявший "основные задачи погранвойск: а) с началом боевых действий - уничтожение польской пограничной охраны на тех участках, где не будут наступать части РККА. б) с продвижением войск армии - не допускать перехода гражданского населения с нашей территории и кого бы то ни было с польской территории через существующую государственную границу СССР. Части, подразделения и отдельных военнослужащих РККА пропускать через существующую границу СССР беспрепятственно". До 5.00 17 сентября 1939 г. пограничники должны были нести службу по охране госграницы как обычно276 .
Еще 8 сентября согласно приказу № 001064 наркома внутренних дел Л.П. Берия началось формирование 5 оперативно-чекистских групп по 50-70 человек в КОВО и 4 групп по 40-55 человек в БОВО. Каждой группе придавался батальон в 300 бойцов из состава пограничных войск277 . 15 сентября были определены их задачи на территории Западной Белоруссии и Западной Украины. На эти группы возлагалась организация временных управлений в занятых городах (с участием руководителей групп). Для обеспечения порядка, пресечения подрывной работы и подавления контрреволюционной деятельности следовало создать в занятых городах аппарат НКВД за счет выделения сил из состава групп. На занятой территории было необходимо немедленно занять пункты связи (телефон, телеграф, радио, почту), государственные и частные банки и другие хранилища всевозможных ценностей, типографии, где следовало наладить издание газет, государственные архивы (особенно архивы спецслужб), провести аресты реакционных представителей правительственной администрации, руководителей контрреволюционных партий, освободить политических заключенных (сохранив остальных под стражей), обеспечивать общественный порядок, не допуская диверсий, саботажа, грабежей и т.п., а также изъять оружие и взрывчатые вещества у населения278 .
16 сентября Военный совет Белорусского фронта отдал приказ № 005, в котором отмечалось, что "польские помещики и капиталисты поработили трудовой народ Западной Белоруссии и Западной Украины... насаждают национальный гнет и эксплуатацию... бросили наших белорусских и украинских братьев в мясорубку второй империалистической войны. Национальный гнет и порабощение трудящихся привели Польшу к военному разгрому. Перед угнетенными народами Польши встала угроза полного разорения и избиения со стороны врагов. В Западной Украине и Белоруссии развертывается революционное движение. Начались выступления и восстания белорусского и украинского крестьянства в Польше. Рабочий класс и крестьянство Польши объединяет свои силы, чтобы свернуть шею своим кровавым угнетателям... Приказываю: 1.Частям Белорусского фронта решительно выступить на помощь трудящимся Западной Белоруссии и Западной Украины, перейдя по всему фронту в решительное наступление. 2. Молниеносным, сокрушительным ударом разгромить панско-буржуазные польские войска и освободить рабочих, крестьян и трудящихся Западной Белоруссии"279 . В тот же день Военный совет Украинского фронта директивой № А0084 поставил подчиненным войскам боевые задачи.