Южная часть представляет собой галерею, расположенную под террасой берегового склона. В эту часть полости ведут два хода из Гостиного. Первый представляет собой широкую наклонную глинистую щель. Левый ход сравнительно высок (до 2 м), на его полу мощный слой глыбово-щебневых отложений. В 50 м от Гостиного оба хода соединяются. На протяжении следующих 40 м полость представляет собой невысокий, сравнительно широкий коридор с обвально-глыбовыми отложениями. Далее он сужается до 1,5–2 м и принимает аркообразную форму. В 150 м от Гостиного галерея весьма сужается. Стены и свод ее из-за коррозии и эрозии известняка водным потоком имеют "ребристый рельеф". В сухую погоду на полу кое-где сохраняются небольшие лужи. В паводок спелеологи наблюдали быстрый подъем воды в этой части пещеры, а также в Черном ходе Шемахинской-I. Связь между этими полостями не вызывает сомнения, хотя она не прослежена непосредственно. Не обследованными остаются около 100 м подземной галереи, прохождение которой довольно опасно из-за камнепадов и весьма узких мест. По сообщению Н. Пасенко, 2 мая 1968 года в реке Морозкина произошел резкий подъем воды, сопровождавшийся разливом реки и поглощением части ее вод понорами у входа Шемахинской-II. При этом сразу же увеличился во много раз расход воды ручья в привходовой части пещеры, а через 4–5 часов и из входа в Шемахинскую-I начал изливаться мощный поток воды.
В северную часть полости из Гостиного можно попасть через широкий низкий Крысиный лаз, отходящий на северо-северо-запад. Через 30 м он впадает в галерею, названную Университетским проспектом. В своей южной части она круто поднимается вверх и соединяется узкой трещиной с Гостиным. Здесь вверх уходят две "органные трубы", под которыми стены полости покрыты натечной кальцитовой корой.
От Крысиного лаза Университетский проспект тянется на северо-северо-запад на 275 м. Он представляет собой сравнительно высокую (до 5 м) галерею. Форма ее сечений — тупоугольный треугольник с шириной основания от 1,5 до 8 м. Пол галереи, незначительно понижающийся по ходу движения, везде покрыт толстым слоем жидкой глины, есть небольшие лужи. Одну из них в конце Университетского проспекта можно преодолеть, только погрузившись в воду, так как свод здесь снижается до полуметра. В 10 м от нее Университетский проспект заканчивается.
В следующую за ним Набережную галерею можно попасть по одному из двух ходов, входы в которые находятся в 3 м один от другого. Первый начинается в основании левой стены уходящим вниз тесным обводненным лазом. Преодолеть его, не вымокнув, можно лишь надев гидрокостюм. Второй представляет собой верхний обходный путь. Протиснувшись по тесному лазу, можно подняться на 4 м вверх и проникнуть в низкую широкую полость, образовавшуюся вследствие расширения водой наклонной трещины и заполненную глиной. В ее верхней части спелеологи проделали в слое отложений узкий проход в следующую галерею. Этот путь можно рекомендовать лишь при движении в глубь пещеры. Оба хода соединяются в 30 м от Университетского проспекта, где и начинается Набережная галерея. Она идет на северо-запад на 400 м, ширина ее 4 м. На протяжении 250 м высота свода галереи составляет всего 0,5–0,7 м, так что продвигаться по ней можно лишь ползком. Потолок плоский, пол покрыт глиной. Кое-где на полу небольшие лужи. Близ входа в Набережную галерею появляется ручей, который течет вдоль ее правой стены. Русло ручья большей частью недоступно для человека, лишь в пяти местах галереи имеются выходы к ручью. В 250 м от начала Набережной галереи по одному из параллельных ходов можно выйти в сравнительно высокий (до 3–5 м) коридор, приводящий через 100 м в обвальный грот Катушка. Это круто (30–45°) уходящая вверх на северо-запад высокая полость шириной 10–15 м, верхняя часть ее близко подходит к поверхности. Об этом говорят обвально-глыбовые отложения, непрочный свод и растительные остатки на полу. В нижней части пол грота покрыт глиной. Здесь он соединяется с последним участком Набережной галереи длиной 50 м, где вновь появляется ручей, русло которого открыто на протяжении 20 м.