Была введена строгая цензура на научные публикации, в печати запрещалось употреблять даже выражение «атомная энергия». Именно на этот факт обратили внимание начальник научно-технической разведки Леонид Квасников и нью-йоркский резидент Гайк Овакимян. Имея его подтверждающие данные об запрете публикаций по урановой проблеме на Западе, Квасников инициировал посылку директивы резидентурам в США, Англии, Франции и Германии о начале поиска научных центров, где могут вестись исследования по созданию атомного оружия, а также обеспечить получение достоверной развединформации.
Сначала пришел ответ из Германии: в донесении говорилось о том, что недалеко от Пенемюнде в засекреченном исследовательском центре немцы разрабатывают дистанционно управляемые ракеты ФАУ-1 и ФАУ-2, способные за полчаса преодолеть расстояние в 500 км и стать средством доставки урановой бомбы. В сентябре 1941 года пришла информация из Лондона. Это были ценнейшие материалы, в которых очень кратко сообщалось содержание представленного Черчиллю особо секретного доклада, а также информация о том, что идея создания сверхмощного оружия приобрела вполне реальные очертания. Досконально изучив разведывательные данные из Лондона, Квасников доложил информацию Берии. С началом войны руководство страны объединило НКГБ и НКВД во главе с Берия, а в апреле 1943 года опять разделили наркомат на НКГБ, который возглавил Меркулов и НКВД, оставшийся под руководством Берия.
Реакция Лаврентия Павловича на доклад Квасникова тогда была отрицательной. Берия считал, что это «деза», нацеленная на отвлечение материальных, людских и научных ресурсов от удовлетворения насущных потребностей фронта. Через некоторое время Сталину пришло письмо от ученого-физика Флерова, открывшего еще до войны вместе с Петржаком спонтанное деление ядер урана. Он писал вождю: «Одной такой бомбы достаточно для полного уничтожения Москвы или Берлина, в зависимости от того, в чьих руках бомба будет находиться. Государство, первым изготовившее такое оружие, сможет диктовать свои условия всему миру».
В апреле 1942 года Флеров направляет второе письмо на имя Сталина: «Это мое последнее обращение к Вам, и если Вы не отреагируете на него должным образом, то я, как ученый, складываю оружие, и буду ждать, когда удастся решить атомную задачу в Германии, Англии или США. Результаты окажутся настолько ошеломительны, что нам будет не до выяснений, кто виноват в том, что у нас в Союзе забросили подобные работы…» Когда все аргументы сошлись в один пакет, Берия все же согласился доложить об этом Сталину. Подготовить записку, было поручено Квасникову. Убедительные данные разведки, побудили Сталина принять решение о возобновлении работ по созданию советской атомной бомбы, прекратившихся по причине начала войны.
В феврале 1943-го было подписано распоряжение по Академии наук СССР о создании лаборатории № 2 под руководством Курчатова, который сразу же вызвал в Москву физиков-атомщиков Харитона, Кикоина, Зельдовича и Флерова. Они начали работу по организации новой отрасли промышленности с неизвестными доселе сооружениями и производственными технологиями. Нашей разведке поступили сведения, что США и Великобритания договорились о планах совместного создания ядерного оружия и обмене научной информацией по этой проблеме. Работы над урановой бомбой в США стали проводиться под общим названием «Манхэттенский проект», а в Англии — «Тьюб Эллойз». Белый дом принял решение об ассигновании крупных финансовых средств на свой проект. Англичане, которые вели войну с Германией, не могли позволить себе такого объема вложений и поняли, что им в одиночку не осилить создание собственной атомной бомбы, но работ по «Тьюб Эллойз» не прекратили.
Главными объектами «Манхэттенского проекта» являлись строящиеся Хэнфордский и Окриджский заводы, а также Лос-Аламосская лаборатория в штате Нью-Мексико. Именно там предполагалось разработать конструкцию атомной бомбы и технологический процесс ее изготовления. В Лос-Аламосе больше всего боялись проникновения шпионов, особенно агентов нацистской Германии. Поэтому конспирация и меры безопасности были самые жесткие и совершенные. Стена величайшей секретности оказалась весьма эффективной, и ни одной разведке мира, кроме советской, не удалось «заглянуть» за ее пределы.