Католичка Мария оказалась в стране, где хозяйничало реформистское духовенство. Королева поддерживала хорошие отношения с Францией, Испанией, Англией (правда в 1566 году она выдворила английского посла за неприкрытый шпионаж) – ни с одной из стран она не заключала соглашений, чтобы не ссорится с другими, и таким образом держала Шотландию на расстоянии от европейских политических интриг.
Королеве требовался наследник, а значит и муж. Вот тут линия Марии впервые пересеклась непосредственно с линией ее кузины Елизаветы. Королева Англии имела свои виды на судьбу королевы Шотландии и королевы Франции Марии Стюарт. Елизавете были невыгодны вероятные браки Марии с кандидатами из Испании или Австрии, любой другой европейской страны – это угрожало безопасности Англии, против которой и так постоянно плелись заговоры, имевшие целью вернуть протестантскую страну в лоно папской церкви. Елизавета послала Марии несколько писем с ограничениями выбора женихов. Раздраженная этим вмешательством Мария задала королеве Англии прямой вопрос – кого та бы хотела видеть королем Шотландии? Ответ Елизаветы был неожиданным как для шотландского, так и для английского дворов. Елизавета предложила Марии руку и сердце своего фаворита Роберта Дадли!
Чтобы не возмутить Елизавету немедленным отказом, Мария ответила обещанием подумать. Но решила она, конечно, сразу – нет. Причин для отказа было достаточно – здесь и близость Дадли к Елизавете, и его вероятная причастность к смерти своей жены (кто мог гарантировать, что подобный несчастный случай не произойдет с новой женой, и тогда Шотландия будет беззащитна перед Елизаветой). Одной из официальных причин можно было считать недостаточную высокородность сэра Роберта. Считается, что Елизавета пожаловала своему другу титул графа Лейстера именно для того, чтобы повысить его значимость в глазах Марии. Мало того, Марии были посланы уверения, что в случае ее свадьбы с Дадли, она будет официально считаться наследницей английского трона после Елизаветы! Мария предложила составить по этому поводу официальный договор, но, как она и ожидала, Елизавета не решилась на такой опрометчивый шаг.
И тогда королева Шотландии остановила выбор на своем кузене Генри Стюарте, лорде Дарнли (Henry Stuart, lord Darnley). Узнав о таком решении, Елизавета потребовала либо согласится с кандидатурой Роберта Дадли, либо выбрать любого иностранного лорда, либо повременить со свадьбой. Но Мария не послушалась, и 29 июля 1565 года, даже не дожидаясь разрешения папы римского, стала женой Генри Стюарта. Своим замужеством она настроила против себя не только Елизавету, но и шотландских лордов, не желавших короля-католика. Парламент отказал мужу королевы в праве на совместное с королевой владение короной. Елизавета поддержала восстание сводного брата Марии графа Мюррея (Murray), которое, впрочем, было быстро подавлено Марией.
Довольно скоро сама Мария разочаровалась в своем красивом, но слабом и истеричном муже. В то же время, скорее всего в результате интриги, лорд Дарнли был настроен против некоего Дэвида Риччи, секретаря королевы (многие источники называют его папским шпионом при шотландском дворе). Риччи (который в свое время сделал многое, чтобы привести Дарнли к шотландскому трону) был убит Дарнли и его соратниками почти на глазах королевы. Есть сведения, что это был заговор лордов-протестантов, которые обещали Дарнли супружескую корону в обмен на жизнь Риччи, но всего лишь использовали Дарнли как орудие. Cразу после убийства королевская чета была изолирована в Holyrood House (Дом Святого креста). Поняв, что его обманули, Генри нашел способ бежать с женой. Пять часов скачки на лошадях были мучительны для беременной Марии, но в ответ на ее просьбы сбавить темп, муж отвечал: «If this baby dies, we can have more!» (если этот ребенок умрет, мы можем иметь больше).
Вскоре Мэри вернулась в Эдинбург и 19 июня 1566 года родила наследника. Узнав о рождении ребенка, Елизавета была в расстроенных чувствах. 17 сентября мальчик был крещен Джеймсом Чарльзом. На крещении отсутствовал отца ребенка – он считал мальчика бастардом, рожденным не от него. Любовная лодка Марии и Генри давала все новые течи, и Мария всерьез обсуждала с адвокатами вопрос о расторжении брака, но препятствием к этому был новорожденный принц – в случае развода он лишался права наследования престола.
В это тяжелое для Марии время она сблизилась с графом Джеймсом Хепбурном, четвертым графом Босвеллом (еarl James Hepburn Bothwell), сильным, дерзким и амбициозным человеком. Год назад Мария вызволила его из тюрьмы, чтобы он помог ей подавить восстание графа Мюррея. После убийства Риччи королева доверяла только Босвеллу. Потом, при расследовании дела о смерти Генри Стюарта появятся так называемые письма из шкатулки (letters of casket), письма Марии графу, которые будут использованы в качестве доказательства того, что Мария Стюарт была в сговоре с Босвеллом. А пока все, казалось, шло естественным путем. Лорд Дарнли заболел (по одним данным – оспой, по другим – сифилисом – и последний диагноз подтвержден современной медициной). Мария перевезла мужа в Kirk o Field, жила с ним в доме, ухаживала за ним. Дарнли был доволен, о чем сообщил своему отцу в своем последнем письме.