Он еще на государственной службе составил карту российских земель от Москвы до Малой Азии (1696), редактировал географические карты и глобусы, переводил иностранные книги на русский язык, ведал (с 1706 г.) Московской гражданской типографией, обеспечил составление первого русского гражданского календаря (он вышел под его редакцией – «Брюсов календарь»), ведал книгопечатным делом в России, переписывался с некоторыми западными учеными (Лейбниц и др.), собрал богатую коллекцию предметов старины и редкостей (портреты знаменитых людей, точные измерительные приборы, карты, планы, рисунки и др.), которую завещал после своей смерти Петербургской академии наук, имел большую библиотеку с книгами в разных областях знаний. Переселившись в Глинки, Брюс продолжал свою исследовательскую деятельность. При обширности его знаний и стремлении их расширить, среди соседей он не мог найти себе интересных собеседников и друзей, а тратить время на пустые разговоры он не любил. Его постоянно охранял караул из взвода солдат, чтобы оградить от общества любопытных, а то и назойливых соседей. На втором этаже усадебного дома был кабинет Брюса со всем необходимым оборудованием, – разными научными приборами для занятий физикой, естествознанием, астрономией, рядом других наук; на крыше дома была устроена небольшая башня-обсерватория для наблюдения за звездами, астрономические наблюдения он вел и на открытой северной лоджии дома. Для хранения коллекций и проведения опытов он использовал помещения во флигелях. Удивляло соседей не только обилие книг в библиотеке, но и большое число в ней магических и астрологических книг (после смерти Брюса, по его воле, все его книги были переданы в библиотеку Академии наук). Был в усадьбе и подземный ход в павильон (где при наследниках Брюса была устроена масонская ложа). Парк украшали мраморные статуи, в том числе обнаженных античных мифологических героев. Пугали соседей и вырезанные из камня демонические маски, украшавшие фасад усадебного дома, в том числе замковые окна нижнего этажа; но есть мнение исследователей, что это маски-карикатуры на вельмож, – противников Брюса. В Глинках была построена (1756 г.) усадебная церковь во имя Св. Иоанна Богослова. В Глинках Брюс основал бумажную фабрику, которая потом некоторое время принадлежала известному изобретателю механику-самоучке И.И. Кулибину (1735–1818).
О Брюсе и при жизни, и после его смерти чаще всего вспоминали как о колдуне, который свои тайны и богатства не передает никому, и в доказательство приводили судьбы последующих владельцев усадьбы Глинки. Людская молва твердила, что колдун-чернокнижник Брюс не желает, чтобы кто-либо другой хозяйничал в его доме-усадьбе. Действительно, после смерти Брюса судьба усадьбы Глинки и ее других владельцев была невеселой. Так, одна из наследниц Глинок, Е.Я. Брюс, вышла замуж за видного масона, главу ложи «Астрея» В.В. Мусина-Пушкина, он вскоре умер, не оставил потомства по мужской линии. Другая владелица Глинок – помещица Колесова – не смогла жить в усадьбе, так как Я.В. Брюс ежедневно являлся к ней во сне, она совсем от страха потеряла способность спать, утратила покой, вот почему она продала эту усадьбу купцу Лопатину. Он открыл в усадьбе фабрику, построил плотину, в главном усадебном доме устроил склад хлопка, но вскоре он сгорел. Лопатин восстановил дом-склад под хранение хлопка, но вскоре сгорела фабрика. Затем усадьбу купил купец Малинин, но и он тут же потерял ее – грянули события 1917 г. В наши дни в усадебном доме размещается санаторий «Монино».
Я.В. Брюс прожил 66 лет – немало по тем временам. В разные годы своей жизни он пытался предсказать будущее России. Особенно показателен составленный под его редакцией первый русский календарь. Авторами этого календаря были Брюс, а также его помощники – математик и географ Василий Куприянов и его ученик Алексей Ростовцев. В историю этот календарь вошел как «Брюсов календарь». В этом календаре ХVIII в. содержались и прогнозы с 1800 по 2000 г. По предсказаниям календаря, ожидать следовало такие события: «1942–1970—1998 годы. Тяжелая война между просвещенными государствами, дворянство некоторого государства окажет знания отменной храбрости в пользу своего государства и Отечества»; «1931–1959—1987 годы. Великая перемена в некотором государстве, новый образ правления в некоторой республике, славное побоище, великий государь воцарится». Многие ученые в прошлом и теперь считают, что Брюс и его коллеги под словосочетанием «некоторое государство или республика» имели в виду Россию. Так или иначе с конца 1980-х гг. начались принципиальные изменения в России, в том числе в Москве.