Уже через десять лет «Королевский флот Франции» уже насчитывал 117 линейных кораблей. Личный состав имел 1200 офицеров и 53.000 моряков, имелись хорошо организованные порты и арсеналы. Были учреждены компании для торговли с Ост– и Вест-Индией. Прежде всего уделялось большое внимание науке мореплавания. Был издан первый морской атлас «Французский Нептун»), получивший большое признание во всех странах Европы. До конца XVII века корабли нового французского флота регулярно участвовали в войнах с Англией, Голландией и Испанией. Часто происходили крупные сражения; иногда французский флот действовал в союзе с английским.
Начало XVIII века ознаменовалось неудачами французского флота в ходе Войны за испанское наследство (1701–1714 гг.). Из-за общего финансового кризиса бюджет флота был существенно сокращен. Попытки вернуть флоту былую мощь предпринимались, но к началу Семилетней войны (1756–1763 гг.) его состояние было далеко от совершенства. Эта война охватила большие территории и началась довольно успешно для Франции: в 1756 году французам удалось взять британскую крепость на острове Минорка. Однако за этим последовал реванш Британии и разгром французского флота в сражении в бухте Киберон (1756 год), где французы потеряли много кораблей. В Канаде отсутствие поддержки с моря лишило Францию возможности удержать Квебек. Поражение в Семилетней войне обозначило конец претензиям Франции на владения в Канаде.
После Французской революции 1789 года во флоте царили полное смятение и неразбериха. Переворот в социальной иерархии негативно сказался на дисциплине. Началось неповиновение приказам, бунты на кораблях становились обычной реальностью. Офицеры, большинство из которых происходило из дворян, получали публичные оскорбления от подчиненных. Многие офицеры были подвернуты репрессиям. В 1792 году в «очаге революции» и крупнейшем порте Франции – Тулоне – начались расправы. Нескольких морских офицеров повесили прямо на улицах. Неудивительно, что после этого многие офицеры предпочли сбежать за границу. К 1793 года, когда революционная Франция была втянута в войну с целой коалицией, ее флот оказался существенно меньше и слабее английского.
Первым командующим флотом при Наполеоне контр-адмирал Франсуа Поль де Брюейс. Потомственный граф адмирал Франсуа Поль де Брюейс (1753–1798) – французский адмирал, участник революционных и наполеоновских войн. Начал службу в 13 лет волонтёром. В 1780–1783 годах лейтенантом участвовал на корабле «Le Terrible» в эскадре адмирала де Грасса в пяти сражениях с британским флотом.
В 1796 году он получил звание контр-адмирала и получил в командование эскадру, с которой, будучи подчинён Бонапарту, как главнокомандующему французской армией в Италии, занимался перевозкой войск на Ионические острова и их снабжением. При подготовке экспедиции в Египет, Брюейсу было поручено командование флотом, прикрывающим транспорты с войсками. На пути в Египет флот участвовал во взятии Мальты.
После высадки войск в Александрии Брюэс, вопреки мнениям большинства командиров, перешёл вместе с флотом в Абукирскую бухту, где и был настигнут британской эскадрой под командованием адмирала Горацио Нельсона. Произошёл бой, в ходе которого французский флот был разбит. Брюэс, бывший на корабле «L’Orient», дважды раненый, умер на своем посту через 3 часа после начала боя.
Следующим командующим французским флотом стал Пьер-Шарль де Вильнёв, получил звание контр-адмирала, в 1804 год, а при императоре Наполеоне получает высший титул. Пьер Шарль Жан-Бабтист Сильвестер де Вильнёв (1763–1806) родом из старинного дворянского года. В 15 лет он поступил в Королевский флот. Участвовал в войне за Независимость США. В 1786 году произведен в звание лейтенанта флота и переведен в распоряжение Средиземноморского флота. В этом же году встретил Французскую революцию и был подвергался репрессиям, но остался верен Франции. Он поступил в Республиканский флот. Благодаря нехватке кадров, начинается его быстрое продвижение по служебной лестнице. Во время революции после звания лейтенанта через семь лет он уже капитан первого ранга, а через три года уже контр-адмирал.
В 1798 году Вильнёв в чине контр-адмирала командующего арьергардом французского флота принимал участие Абукирском сражении. Деятельность Вильнёва в этом сражении отличается полной безучастностью. Пользуясь покровом ночи, Вильнёву удалось увести четыре корабля и отвести их на Мальту и отдать английским властям. Даже бегство Вильнёва с Абукира не помешало Наполеону повысить беглеца в звании и поручить командование объединённым франко-испанским флотом в 1804 году. Затем последовало Трафальгарское сражение и очередное поражение адмирала. Он попал в плен, а через год был выпущенный англичанами и вернулся во Францию. Пьер-Шарль де Вильнёв погиб 1806 года на севере Франции при странных обстоятельствах. До сих пор историки спорят о том, было это убийство или самоубийство. Ведь оказалось, что Вильнёв умер от шести ножевых ран в грудь. При этом несколько ран были смертельными.