Важным шагом в этом направлении было создание в центре и на местах единых органов управления АПК. В соответствии с решениями майского (1982 г.) Пленума ЦК КПСС АПК как объект управления включал в себя Министерство сельского хозяйства СССР, Министерство плодоовощного хозяйства СССР, Министерство заготовок СССР, Министерство мясной и молочной промышленности СССР, Министерство пищевой промышленности СССР, Министерство мелиорации и водного хозяйства СССР, Министерство сельского строительства СССР, Государственный комитет СССР по производственно-техническому обеспечению сельского хозяйства, Государственный комитет СССР по лесному хозяйству и др.
Для координации деятельности этих министерств и ведомств на союзном и республиканском уровнях были образованы Комиссии Президиумов Совета Министров СССР и Советов Министров союзных республик, в областях (краях) и районах — агропромышленные объединения (АПО). При этом предприятия и организации, входящие в объединения, сохраняли хозяйственную самостоятельность, права юридического лица и ведомственную принадлежность.
Такая перестройка принесла положительные результаты, однако принятые меры носили половинчатый характер. Во-первых, не было необходимого структурного и функционального соответствия всех уровней и звеньев управления АПК. Во-вторых, из-за незавершенности структуры управления АПК не удалось достичь существенных изменений в экономическом механизме взаимодействия колхозов, совхозов и обслуживающих организаций. Большинство РАПО не смогли реализовать предоставленные им возможности межотраслевого управления, найти рациональное соотношение между административными и экономическими методами руководства.
ЦК КПСС и Совет Министров СССР в ноябре 1985 г. приняли постановление «О дальнейшем совершенствовании управления агропромышленным комплексом», предусматривающее образование единой системы Государственного агропромышленного комитета СССР (Госагропрома СССР). Кроме центрального союзно-республиканского органа государственного управления агропромышленным комплексом страны — Госагропрома СССР, в нее вошли госагропромы союзных и автономных республик, агропромы краев и областей, районные (окружные) агропромышленные объединения, подведомственные им совхозы, предприятия, организации и учреждения, а также колхозы.
Госагропром СССР создан на базе союзных министерств и ведомств: сельского хозяйства, плодоовощного хозяйства, мясной и молочной промышленности, пищевой промышленности, сельского строительства и Госкомсельхозтехники, которые упразднены. При этом аппарат прежних министерств сокращен на 47 %. Вместо 206 главков и управлений, 49 объединений создано 10 крупных блоков, которые возглавляются заместителями Председателя комитета. Их функционирование под единым руководством обещает дополнительный эффект не только в виде сокращения численности управленческого персонала, затрат на его содержание, но и более полного использования ресурсов АПК, высокой степени специализации и концентрации производства.
При этом создаются единые и укрепляются общие для объединенных систем функциональные звенья (службы), например инженерная служба. Упрощаются технологические и организационные связи, а следовательно, сокращается время на принятие управленческих решений, контроль за их выполнением, т. е. организационные факторы обеспечивают повышение эффективности функционирования АПК.
Госагропром СССР, решая межотраслевые проблемы, наряду с Советами Министров союзных республик несет всю полноту ответственности за обеспечение устойчивого снабжения населения продуктами питания, а промышленности — сырьем, создание необходимых государственных резервов и экспортных ресурсов. Обеспечивая управление АПК как единым целым, Госагропром СССР осуществляет планирование и финансирование не только подведомственных организаций и предприятий, но и предприятий и организаций других министерств и ведомств, включенных в систему агропромышленного комплекса страны — Министерства хлебопродуктов СССР, Министерства мелиорации и водного хозяйства СССР, Министерства рыбного хозяйства СССР и Госкомитета по лесному хозяйству. Кроме того, в систему АПК входит Центросоюз СССР с сохранением функций и прав, предусмотренных его уставом.