Ситуацию ухудшила также и позиция, которую заняли афонские монахи во время революции 1821 г.: они деятельно участвовали в восстании, которое развернулось на полуострове Халкидики под руководством Еммануила Папаса. В наказание османская армия вторглась на Святую Гору, разграбила и опустошила монастыри; в Карее впервые был поставлен султанский каймакам (местоблюститель), а оставшееся афонское имущество было обложено суровейшими налогами.
Взаимоотношения Святой Горы с правящей Церковью и в особенности с Вселенским Патриархатом в Константинополе всегда являлись тонким и сложным церковно-политическим вопросом. Конечно, этот вопрос сейчас имеет только историческое значение, потому что эти отношения регулируются как Конституцией Греции, так и уставным законодательством Святой Горы.
То, что уже в первых актах византийских императоров, касающихся Афона, за монастырями Святой Горы были закреплены автономия и самоуправление и им была дарована привилегия не подчиняться какой-либо политической и/или церковной власти, естественно, означало, что местный Иерисский епископ не мог вмешиваться в дела Святой Горы. Это создавало трения между епископом Иерисса (в титуле которого позднее появилось дополнение «и Святой Горы») и протом Святой Горы, который на первых этапах ее истории как бы обладал центральной властью.
В начале XIV в., как кажется, впервые патриарх Афанасий I поднял вопрос о подчинении Афона какой-либо церковной власти. Вселенский Патриарх начинает играть важную роль в жизни Святой Горы в 1312 г., после издания хрисовула императора Андроника II Палеолога, который совпал по времени с сигиллием Патриарха Нифонта, затронувшего тот же вопрос. Этим хрисовулом Вселенскому Патриарху была дана власть утверждать кандидатуру (избираемого) прота Святой Горы и право лишать его этого поста в случае, если он сочтет прота недостойным.
С тех пор Афон духовно находится в подчинении Константинопольского патриарха. Однако позднее это подчинение в целом и объем власти Константинопольского Патриархата в частности не раз оспаривались как епископом Иерисса, так и святогорскими отцами.
После издания Мануилом Палеологом третьего Типикона Святой Горы (см. выше п. II) появлялись и другие типиконы, утверждение которых в связи с наступлением периода османского владычества брали на себя Вселенские Патриархи. Так, патриарх Иеремия II в 1574 г. утвердил своим сигиллием четвертый Типикон, который вновь касался все более распространявшегося особножительства. Пятый Типикон был издан в 1784 г. в виде патриаршей грамоты патриарха Гавриила IV, а утвержден спустя десятилетие, в 1793 г., патриархом Неофитом VII; он касался уставных и экономических вопросов.
XIX в. ознаменовался спорами святогорцев с Константинопольской Церковью. Показателен для понимания царившей ситуации тот факт, что в 1810 г. афонские отцы составили шестой Типикон Святой Горы, который отправили на утверждение турецкому наместнику Салоник, а не Вселенскому Патриарху. Этот устав вносил серьезные изменения в организацию жизни Святой Горы: управление Афоном передавалось Священному Киноту, а также Священной Эпистасии, а должность прота Святой Горы была упразднена окончательно.
Вслед за этим Великая Церковь выступила с инициативой составления «Главных канонизмов (нормативных актов) Святой Горы». Святогорцы не приняли этого предложения, и несмотря на то что в 1876 г. при патриархе Иоакиме II был издан соответствующий акт, утвержденный османским правительством, он не был принят афонскими монахами, которые составили свой вариант, но и он не был воплощен в жизнь.
Наконец в 1912 г., при Иоакиме III, в результате совместной работы святогорских отцов и Патриархата были составлены «Главные канонизмы», утвержденные Священным Синодом Вселенского Патриархата. Эти акты не были утверждены ни Османской империей, ни Греческим государством из-за начавшихся военных действий и последующего освобождения Святой Горы от османской власти.
§2. Международные соглашения, касающиеся Святой Горы
Тот факт, что Афон 2 ноября 1912 г. был занят греческими войсками, не означал автоматического перехода Святой Горы де-юре во власть Греческого государства. Понадобилось еще более десяти лет тонкой и болезненной дипломатической работы для того, чтобы Святая Гора окончательно вошла в состав Греческой Республики.