В Охотске и Петропавловске не менее чутко, чем в Петербурге, улавливали перемены при дворе, и вот 7 августа 1797 г. действительный тайный советник князь Куракин объявил президенту коммерц-коллегии Петру Соймонову о желании иркутских купцов учредить компанию под началом Коммерц-коллегии. Это желание передал иркутский гражданский губернатор Л. Нагель, и 8 сентября того же года последовал указ Павла I: «Господин тайный советник и Иркутский губернатор Нагель. Рапорт ваш от 22 прошедшего июля с приложением списков с договоров учрежденной в Иркутске коммерской Американской компании я получил; и как соединение купцов Голикова, Шелихова и Мыльникова для совместного отправления торговли и промыслов и на американских островах почитаю полезным и оное утверждаю, так и мнение ваше по сему случаю изображенное весьма похваляю, пребывая в прочем вам благосклонный Павел».
3 августа 1798 г. в Петербург поступил акт о слиянии Северо-восточной, Северно-американской, Курильской и Иркутской компаний и образование новой Американской Соединенной компании. Акт подписали двадцать семей купцов, в том числе Н.А. Шелихов, И.Л. Голиков, Н.П. Мыльников, П.Д. Мичурин, И.П. Шелихов, В.И. Шелихов, Е.И. Деларов.
8 июля 1799 г. император подписал два важных указа. Первый – об основании компании и даруемых ей привилегиях, а по второму указу представитель семьи Шелиховых должен быть обязательно одним из четырех директоров компании. «Жалуя всемилостивейшее сие право из уважения, что муж ея был из первоначальных заводителей сей торговли», – писал Павел в указе.
Указом от 19 октября 1800 г. Павел I повелел, чтобы Главное управление Российско-Американской компании находилось в столице империи. Естественно, это затрудняло управление факториями, но зато укрепляло связи с правительством.
К 1799 г. Российско-Американская компания располагала большой флотилией мореходных судов, в которую входили «Архистратиг Михаил», «Три Иерарха», «Великомученица Екатерина», «Симеон Богоприимец и Анна Пророчица», «Северный Орел», «Феникс», «Дельфин», «Пегас» и «Олег».
Следует заметить, что помимо частных купеческих судов на Тихом океане к этому времени имелась и военная флотилия из нескольких десятков судов. Так, с 1761 г. по 1801 г. в Охотске были построены для Сибирской военной флотилии 11 галиотов, 8 бригантин, 4 больших бота и 7 разных транспортных судов.
Суда Сибирской военной флотилии регулярно перевозили грузы Российско-Американской компании, а суда компании были вооружены пушками и при необходимости могли участвовать в морских боях.
Правительство Александра I неоднократно выдавало Российско-Американской компании большие ссуды. Так, в царском указе от 10 июня 1803 г. говорится, что «сверх выданной по Указу нашему от 13 августа 1802 года суммы для подкрепления Российско-Американской компании, повелеваем выдать еще оной компании заимообразно под расписку ее директоров из государственного заемного банка сто пятьдесят тысяч рублей на восемь лет с платежом узаконенных процентов».
26 июля 1803 г. два шлюпа покинули Кронштадтский рейд. «Надеждой» командовал капитан-лейтенант Крузенштерн, а «Невой» – капитан-лейтенант Лисянский. Русские корабли впервые в истории ушли в кругосветное плавание. Любопытно, что деньги на снаряжение «Надежды» были отпущены по указанию Александра I из казны, а за снаряжение «Невы» платила Российско-Американская компания.
13 июня 1804 г. «Нева» прибыла на остров Кодьяк. Это был первый корабль, прибывший непосредственно из России.
Погрузив на «Неву» товары Российско-Американской компании, Лисянский 1 сентября 1805 г. отправился в Кантон, где в начале декабря встретился с «Надеждой». Успев продать в Кантоне пушнину и закупив китайские товары, оба корабля направились в обратный путь вокруг мыса Доброй Надежды.
В июне 1807 г. шлюп «Нева» вышел из Кронштадта в новое плавание к берегам Аляски. Командовал им на сей раз лейтенант Л.А. Гагенмейстер. Шлюп обогнул мыс Доброй Надежды и в августе 1808 г. прибыл на остров Ситха в Ново-Архангельск, который к 1808 г. стал главным портом Российско-Американской компании на Аляске.
Далее начались регулярные сообщения Кронштадт – Русская Америка. В 1807 г. туда отправился военный транспорт «Диана», в 1813 г. – бриг «Суворов», в 1815 г. – бриг «Рюрик». В последующие годы корабли из Кронштадта на Аляску отправлялись почти ежегодно: в 1816 г. – бриги Российско-Американской компании «Кутузов» и «Суворов»; 26 августа 1817 г. – военный шлюп «Камчатка»; 3 июля 1819 г. вышел отряд кораблей в составе военных шлюпов «Открытие» и «Благонамеренный»; 28 сентября 1819 г. отправился корабль Российско-Американской компании «Бородино» (вместимостью 600 тонн). Все эти корабли благополучно достигли Ново-Архангельска и Петропавловска и вернулись обратно на Балтику. Еще два брига Российско-Американской компании – «Кутузов» и «Рюрик», отправившиеся из Кронштадта в 1820–1821 гг., остались на Дальнем Востоке.