Встреча с первым секретарем московской парторганизации, кандидатом в члены Политбюро дала «Памяти» респектабельность и рекламу. А Ельцину обеспечила репутацию открытого, смелого руководителя, умеющего говорить с народом. Сторонникам «Памяти» он сказал: «Многие из поставленных вопросов обоснованны, а людьми, их задающими, движет чувство патриотизма, любви к Родине. Однако они не во всем правы в своих посылках и выводах».
Значительно резче разговаривал первый секретарь с партийным аппаратом Москвы. В короткий срок он заменил 23 из 33 первых секретарей районных комитетов и предупреждал, что чистка лишь началась. Ельцин оправдывался позднее, после потери своего поста, что «процент замены кадров партработников такого же ранга в целом по стране несколько выше». В Москве «замена» была слишком заметной. Вызывали нарекания и манеры Ельцина, его повадки всесильного хозяина. Он сам считал, что «многие отвыкли от требовательности, ее воспринимали как жестокость». Земляк Ельцина, свердловчанин В. Волков, вызванный как свидетель на XIX партконференцию, разбиравшую «дело Ельцина», благожелательно говоривший о нем, подчеркнувший, что он «завоевал (в Свердловске) высокий авторитет среди простых людей», признал: «Да, Б. Н. Ельцин очень трудный, жесткий человек».
Чистка московского аппарата привела к столкновению Ельцина с Лигачевым: секретари московских райкомов находятся в номенклатуре Секретариата ЦК. Лигачев считал, что Ельцин превысил свои полномочия. Первый секретарь МК считал, что, будучи ставленником Горбачева, он может себе позволить все. И здесь он ошибся. Сторонник «перестройки», которую он видел, прежде всего, как немедленную замену старого аппарата новым, Ельцин полагал, что может стать «локомотивом», который потянет за собой и самого Горбачева, излишне лавировавшего с точки зрения московского секретаря. Горбачев продемонстрировал, что не позволит никому диктовать себе темпы «перестройки». Против Ельцина был организован «бунт секретарей».
Операция заняла несколько месяцев и представляет интерес как модель борьбы за власть, идущей в верхних кремлевских коридорах. 11 августа «Правда» опубликовала заметку, озаглавленную «Больше дела» — отчет о заседании пленума московского комитета партии. Несколько фраз привлекали внимание. Прежде всего, удивляло сообщение о том, что «основной доклад», с которым выступил первый секретарь Ельцин, «с общего согласия участников был прерван острой и деловой дискуссией и продолжился после того, как выступили все, кто счел нужным». В анналах коммунистической партии — факт был уникальным. Доклад Первого — на любом уровне — не прерывается. Бросалась в глаза и цитата из выступления одного из секретарей райкомов, который говорил о необходимости «быстрее избавляться от командного стиля работы... избавляться от металла в голосе».
Обратившись к выступлениям участников, опубликованным в «Московской правде», можно было найти причины конфликта, возникшего между Ельциным и его подчиненными. Первый секретарь предупреждал: чистка только еще начинается. Он провозглашал: «Нужны комиссары и политруки перестройки. Смелее идти на замену тех, кто не способен работать с людьми. Подбор, расстановка и воспитание кадров всегда были и останутся главным содержанием партийной работы». Ему отвечали упреками в использовании старых методов. Приведенная в «Правде» цитата в отчете «Московской правды» звучала резче: «Думается, что мода на „металл в голосе“, умение „вытрясти“ должны уступить место высокому интеллекту и культуре, умению слушать и убеждать, глубоко понимать людей».
Следующим актом «Ельциниады» был — в октябре 1987 г. — пленум ЦК: московский секретарь защищался, атакуя Лигачева, который мешал ему полностью очистить аппарат. Темпераментный Ельцин, завуалированно и достаточно ясно, выразил обиду на не поддержавшего его Генерального секретаря. Пленум признал «выступление т. Ельцина на пленуме ЦК политически ошибочным» и решил снять его с поста первого секретаря МК. Виновник покаялся, в последнем слове признал, что ошибался, подверг себя самокритике.
Несколько месяцев спустя Борис Ельцин объяснял свое поражение в Москве тем, что «недооценил влияние московской мафии на различные сферы жизни». Сообщив, что было арестовано около 2 тыс. работников Совета, КГБ, милиции и торговли, он так оценил положение в столице: «Там такое срастание, как ведро с грязью». Возможно, лучше всего демонстрирует нравы советской «элиты власти» утверждение Ельцина о том, что его самокритика была вызвана специальными лекарствами. Он рассказал слушателям высшей комсомольской школы: «Я был прикован к постели, приказали через полтора часа быть на пленуме, врачи накачали меня лекарствами. Что в меня вливали?.. Говорю врачам: „Вы нарушили клятву Гиппократа“, а они мне: „У нас свой Гиппократ“. Я многое не помню». Самое замечательное в этом эпизоде — убежденность бывшего кандидата в члены Политбюро, первого секретаря партийного комитета столицы, что использование медицины в политической борьбе — вещь вполне реальная.
После Пленума ЦК быстро собрался пленум МК, и Ельцин был снят со своего поста, который занял Лев Зайков, член Политбюро и секретарь ЦК. Увольнение Бориса Ельцина Запад единодушно воспринял как удар по Горбачеву. Лондонский «Таймс» писал: «Потеря Борисом Ельциным поста руководителя московской партийной организации подтверждает самые пессимистические оценки относительно лидерства Горбачева». «Монд» констатировал: «Предупреждение Генеральному секретарю» и «Горбачев выходит ослабленным из дела Ельцина». «Интернейшенл Геральд Трибюн» сообщала, что, по мнению западного дипломата, увольнение Ельцина «означает ослабление влияния Горбачева». И так далее, и так далее. Дальнейшие события показали, что Генеральный секретарь подтвердил свою силу, укрепился, поставив на место Ельцина, вообразившего, что может влиять на Горбачева. Отобрав у Ельцина пост московского секретаря с легкостью необыкновенной. Горбачев оставил своего бывшего протеже в резерве. Ельцин получил должность вице-министра строительства, остался членом ЦК.
В июле 1988 г., на XIX партконференции, происходит рукопашная схватка между опальным Ельциным и членом Политбюро, секретарем ЦК Лигачевым, которого все его считают №2. Обращает внимание, что схватка идет на равных, что столкнулись не программы (оба оппонента за перестройку), а люди. Лигачев в качестве главного аргумента бросает: область, в которой я работал, снабжается продуктами питания целиком и полностью за счет собственного производства, причем по хорошему рациону, а ты, Борис, работал 9 лет секретарем обкома и прочно посадил область на талоны. Ельцин позднее скажет: трибуну XIX партконференции я брал, как Зимний. Тем не менее, он получил голос, выступил, главное же, стал делегатом конференции. Это отнюдь не было очевидным. Сам Ельцин, выступая в Свердловске, говорил, что давление двух больших уральских заводов «испугало некоторых, и в самый последний день, когда оставалась одна организация, которая выдвигает — это Карелия, я был за час до выборов туда выброшен, как десант, и немедленно избран». Рассказ свидетельствует о неплохой организации выборов, которыми занимался секретарь ЦК Разумовский, но не убеждает относительно «испуга некоторых». Скорее можно предполагать, что были сторонники избрания Ельцина делегатом конференции, были противники. Сторонники — на самом высшем уровне — победили.
В марте 1989 г. разыгрывается очередной акт пьесы. Ельцин выступает на пленуме ЦК, посвященном аграрному вопросу, и — неожиданно — становится объектом атаки. Его обвиняют в бюрократизме (он заставляет ждать в приемной своего министерства члена ЦК) и серьезных политических ошибках. Заседания пленума транслировались по телевидению почти целиком. Были выпущены эпизоды, связанные с Ельциным. В том числе великолепный диалог: Горбачев — Ельцин. После обвинений, адресованных бывшему московскому секретарю, его вызвал на трибуну Горбачев. Участник пленума уральский рабочий Н. Бухарин рассказывает об этом в интервью для «Нижнетагильского рабочего»: «Борис Николаевич, честно скажите, вы за многопартийную систему?» В это время Е. К. Лигачев встал, махнул рукой и вышел. А Ельцин ответил: «Я просто за то, чтобы люди высказались по этому вопросу». Тогда Михаил Сергеевич зачитал выдержки из стенограммы предвыборного собрания в Институте марксизма-ленинизма, свидетельствовавшие, что в этом ответе Ельцина нет полной искренности. «Вы какую-то связь имеете с демократическим союзом?» — спросил Горбачев. «Никакой», — ответил Ельцин. «Как же так получилось, что товарищ Тихомиров час ждал вас у вас в приемной?» — «Мне поздно доложили», — ответил Ельцин. «Эти люди, которые поздно доложили, еще работают в Госстрое?» — допытывался Горбачев.