18 сентября наркомат телеграфировал губернским и уездным исполкомам, что он настаивал на включении ЧК в качестве подотдела «с определённой автономией в действиях в отдел управления», в то время как ВЧК — на полной независимости местных ЧК от советских органов власти. НКВД получил 147 ответов (125 — от уездных исполкомов, 22 — от губернских). Преобладающее большинство высказывалось за полное подчинение ЧК исполкомам Советов, причём 99 — за включение их подотделами в отделы управления, а 19 — за включение в исполкомы в качестве самостоятельных отделов (за независимость ЧК от исполкомов — 19 ответов, 10 ответов неопределённые)[779].
Следует заметить, что помимо отмеченных Е.Г. Гимпельсоном объективных предпосылок для противостояния имел место ещё и субъективный фактор — раздражение видных большевиков, занимавших ответственные посты в местных партийных и советских органах, деятельностью ЧК, нередко оборачивающейся произволом. Самоутверждаясь за счёт местных государственных органов, ВЧК в частности столкнулась с противодействием Московского губернского исполнительного комитета. Первоначально последний попытался установить контроль над деятельностью местных чрезвычайных комиссий[780], однако те, как заявил позднее (3 января 1919 г.) в своём выступлении один из членов Мосгубисполкома (Иванов), «ускользали от этого контроля, т.к. ВЧК, со своей стороны, создать такого контроля не удалось»[781]. ВЧК стремилась контролировать территорию Московской губернии, однако получалось это, мягко говоря, довольно скверно. Мосгубисполком, убедившись в невозможности поставить местные чрезвычайные комиссии под свой контроль, счёл необходимым создать собственный орган по борьбе с контрреволюцией, в связи с чем 27 сентября 1918 г. на заседании Московского губернского исполкома был вынужден объясняться ответственный сотрудник органов государственной безопасности — некто «Морозов». В дальнейшем, как и в протоколе заседания, будем величать таким образом, вероятно, секретаря отделов по борьбе со спекуляцией и Иногороднего Г.С. Мороза[782]. В «Докладе Всерос[сийской] чрез[вычайной] комиссии» он сразу заявил о безосновательности обвинений комиссии «в беззакониях». «Этот боевой орган пролетариата представляет собой пожарную трубу, заливающую со всех сторон вспыхивающий пожар [контрреволюции], – пояснил Морозов. — Разнообразность работы не дала возможность влить её в юридическое рамки и только с переводом в Москву, после конференции, которая определила Всероссийскую чрез[вычайную] комиссию единственным органом борьбы с контрреволюцией, и начинается её (ВЧК. — С.В.) творческий период»[783]. Творчество, как выясняется, заключалось в том, что ВЧК, «организуя по уездам и губерниям чрезвычайные комиссии […], нашла ненужным существование такового учреждения при Московском губсовдепе, т.к., работая в Москве», комиссия желала «сама руководить работой по всем уездам»[784]. Зная, что у руководства Московской губернии возникнет вопрос об эффективности работы ВЧК на территории, советская власть в которой принадлежала Мосгубисполкому, ответственный чекист перешёл «к освещению работы по Московской губ[ернии]»[785] и справился с этим вопросом, по всей видимости, весьма скверно. В протоколе заседания по этому поводу едко замечено: «…кроме кулацких выступлений, гораздо подробнее известных [Мос]губисполкому, трений, возникающих между уездными чрезвычайными комиссиями и исполкомами, и стремлением привлечь партийные комитеты к контролю над работой местных органов, докладчик ничего нового не сообщает. Доклад его был выслушан с большим вниманием и вызвал живой обмен мыслей, обнаруживших неудовлетворённость докладом, по которому выяснилось полное отсутствие всякого плана и контроля во Всероссийской чрезвычайной комиссии, деятельность которой не предупредила ни одного крупного заговора, но спасла ряды пролетариата от потерь некоторых вождей»[786]. За исключением последнего (а под «некоторыми вождями», по всей видимости, подразумевался В.И. Ленин, подготовка покушения на которого велась англичанами летом 1918 г.) ВЧК, вероятно, не могла в конфликте с Мосгубисполкомом привести никаких доводов, свидетельствовавших о её дееспособности не то, что на подмосковной, но и на столичной территории.