Разум Листера был словно бурлящий водоворот. Когда он бывал смущен или взволнован, уголки губ дергались, и возвращалось преследовавшее его в детстве заикание. Несмотря на эту внутреннюю «турбулентность», Стюарт Галифакс описывал его как человека «неописуемой мягкости, граничащей с застенчивостью». Друг позднее напишет о Листере: «Листер жил в мире мыслей, скромном, безыскусном и непритязательном».
Листер был трезвенником, к тому же очень воспитанным. Люди его веры носили мрачные цвета и обращались к другим, используя устаревшие местоимения. Ребенком Листер был окружен морем черных пальто и широкополых шляп, которые мужчины его семьи не снимали даже во время церковных служб. Женщины одевались в простые одежды, повязывали вокруг шеи сложенные платки, а на плечи набрасывали незамысловатые шали. Они носили шляпки из белого муслина, более известные как «угольные чепчики». Когда Листер отправлялся в университет, он надевал одежду сдержанных цветов из уважения к своей вере, что без сомнения выделяло его среди модных однокурсников не меньше, чем рост.
Вскоре после поступления в Университетский колледж Листер поселился в доме № 28 по Лондон-стрит прямо возле университета. Он делил жилье со своим приятелем-квакером по имени Эдвард Палмер, который был восемью годами старше Листера. Палмер на самом деле работал ассистентом у Роберта Листона; знакомые описывали его как «человека скованного ума, но неизменно проявляющего энтузиазм в деле хирургии». Вскоре эти двое стали друзьями. Частично благодаря влиянию Палмера Листер смог оказаться в числе свидетелей того самого исторического эксперимента с эфиром 21 декабря 1846 года. То, что Листер был там, подразумевает, что он не единожды посещал медицинские лекции; маловероятно, что великий Листон приметил бы его в тот день, если бы они уже не были знакомы ранее. Листер начал изучать анатомию за несколько месяцев до того, как получил диплом бакалавра гуманитарных наук. В его бухгалтерских книгах за последний квартал того года фигурирует покупка «щипцов и заточенных ножей», а также уплата 11 шиллингов таинственному «У.Л.» за часть тела, которую Листер затем препарировал. Стремление молодого Листера к медицине было очевидно всем, кто знал его в те годы.
У Эварда Палмера присутствовала и темная сторона личности, не лучшим образом сказавшаяся на Листере. В 1847 двое мужчин переехали в дом № 2 по Бедфорд-плейс на площади Амптхилл, и к ним присоединился Джон Ходжкин – племянник знаменитого Томаса Ходжкина, который первым описал редкую форму лимфомы (сейчас она носит его имя). Семьи Ходжкина и Листера давно дружили, скрепленные общим религиозным мировоззрением. Оба мальчика посещали Грув-Хаус – школу-интернат в Тотенхеме, где в расширенную учебную программу кроме классических предметов входили математика, естественные науки и современные языки. Ходжкин, который был на пять лет младше Листера, обозвал их комнаты на площади Амптхилл «мрачными», а самих сожителей «слишком зрелыми и серьезными», отчего их жизнь казалась «депрессивной, полной безрадостных моментов». Впервые посетив Университетский колледж, Ходжкин не был столь увлечен Эдвардом Палмером, как его друг детства. Молодой человек отзывался о Палмере, как о «существе любопытном… своеобразном… без сомнения странном человеке». Хотя Палмер был весьма набожен, Ходжкин не связывал его странное поведение с религией. Самым тревожным стал тот факт, что чем больше Листер жил под влиянием Палмера, тем более замкнутым он становился. Кроме посещения лекций Листер, казалось, стал проявлять гораздо меньше интереса к внеучебной деятельности, предпочитая все время работать в довольно мрачной обстановке. Позднее Палмер станет столь неуравновешенным, что закончит свои дни в психиатрической лечебнице, так что вряд ли он оказывал благоприятное влияние на начинающего хирурга. Ходжкин предостерегал друга, говоря, что считает Палмера «не слишком подходящим компаньоном даже для Листера».
И Листер, и Палмер во многом отличались от сверстников. В обращении к новым студентам один из профессоров Университетского колледжа предупреждал о «ловушках, поджидающих молодежь, которая покидает родительский дом и блуждает по широким дорогам и узким переулкам переполненного города». Он предостерегал от таких «дурных привычек», как азартные игры, театр и пьянство, заявляя, что они «заразнее проказы и уродуют разум сильнее, чем чума – тело». Профессор призвал студентов сопротивляться порокам и вместо этого углубиться в тайны науки, прилежно изучая анатомию, физиологию и химию.