Новая опала наступила за год до смерти императрицы, в 1795 году. Дашкова покидает Петербург и выезжает в Москву. На прощание Екатерина II даже не удосужилась протянуть царственную руку для поцелуя, а лишь пробормотала: «Доброго пути, мадам». Приехав в Москву, княгиня со всей строгостью осмотрела новый дом и комнаты, «прилично отделанные и обставленные печами для принятия меня и моих друзей, прежде чем настанут холода». Усадьба в стиле классицизма представляла собой типичный образец дворянского гнезда той эпохи. Посередине – главный дом в три этажа, по бокам близнецы-флигеля. Парадный въезд с Большой Никитской отмечен изящными воротами, разделяющими ограду по линии улицы. Гостей встречала большая клумба. В особенности полюбила Дашкова сад за домом с аллеями и дорожками на английский манер: «Всегда опрятные и чистые; я могла гулять здесь весь год, потому что зимой их очищали от снега и посыпали песком».
Но долго прожить в усадьбе, разгуливая по дорожкам, хозяйке было не суждено – взошедший на престол Павел I принялся раздавать всем сестрам по серьгам. Кого-то (как графа Алексея Орлова) он заставил нести на погребальной церемонии корону своего отца Петра III, а вот Дашковой было приказано немедля убраться из Москвы куда подальше. Удаление Дашковой опозорило ее и было воспринято в обществе как «постыдный и чувствительный удар и стыд пред всею публикою» – так на правах свидетеля писал Болотов в 1796 году. По Москве же пошел следующий анекдот: «Говорили, что к сей бойкой и прославившейся и разумом и качествами своими госпоже, носившей столько лет звание директора академии и находившейся в самое сие время в Москве, приехал сам главный начальник московский и, по повелению государя, у ней спросил: помнит ли она день вступления на престол покойной императрицы, и что сия прямо героического духа женщина, нимало тем не смутясь, ответствовала ему, что она день сей всегда помнила, всегда помнит и всегда, покуда жива, помнить будет. А когда после сего сказано ей было, что воля государя есть, чтоб она из Москвы чрез 24 часа выехала, и, сим нимало не смутясь, она сказала: “Я выеду не в 24 часа, а чрез двадцать четыре минуты и повеление государское теперь же при вас еще исполню”. Потом, кликнув служителя, приказала тотчас запрягать лошадей и действительно выехала из Москвы в тот же час и убедила просьбою приезжавшего к ней дождаться ее выезда».
Сама же Дашкова по-иному описывает свой отъезд, последовавший после визита московского генерал-губернатора Измайлова. Она будто бы сказала ему, что немедля уехать не может, так как больна и ей надо поставить пиявки. Но так или иначе, с пиявками или без, но Москву он покинула. Усадьба, однако, не пустовала, превратившись в… казарму, в которой расквартировалась целая рота солдат во главе с офицером, оккупировавшая флигеля. Та же участь постигла и ее усадьбу Троицкое (ныне Жуковский район Калужской области). Однако новая опала имела и неожиданную сторону – к сыну Дашковой Павлу новый император проникся небывалым доверием. И вот уже в апреле 1798 года курьер привез Екатерине Романовне царское соизволение: «Княгине Дашковой, живущей теперь в серпуховской своей деревне, позволить из оной выехать и жительство свое иметь в прочих своих деревнях и в Москве, когда нашего в сей столице пребывания не будет; во время же оного может она жить и в ближайшей подмосковной. Пребываем вам в прочем благосклонны. Павел». И на том спасибо, как говорится. В свой московский дом Екатерина Дашкова вернулась еще при Павле I, которого называла не иначе как деспотом и тираном, обрадовавшись его преждевременной кончине.
Последние годы были тяжелыми для нее. Сына она пережила, с дочерью рассорилась, внуков не признавала. Ее бережливость к старости перешла в скупость, ставшую притчей во языцех. Любила, например, обедать в гостях, чтобы сэкономить. Кожуру от лимона никогда не выбрасывала, надеясь найти ей дальнейшее применение. Она также собирала видавшие виды гвардейские эполеты и рассучивала их на золотые нити, которые затем пускала на починку платьев. В своем доме княгиня пригрела двух совершенно чужих женщин – сестер-ирландок Марту и Кэтрин Вильмот и горячо их полюбила, особенно Марту. К ней она относилась даже лучше, чем к родной дочери, осыпав ее драгоценностями и деньгами, что породило определенного рода толки и в Москве, и при дворе. Марта Вильмот приехала в Россию в 1803 году и поселилась на Большой Никитской. Позднее к ней присоединилась сестра, с которой Дашкова соперничала за право ухаживать за Мартой. По всему дому можно было встретить портреты ирландки – на табакерке, в спальне и даже в натуральную величину в гостиной. Сестры Вильмот позднее вспоминали уютную домашнюю обстановку – обитую сафьяном мебель из красного дерева, английские ковры, музыкальные инструменты – клавесины, хорошую библиотеку исторической литературы с трудами Ломоносова, Щербатова, Вольтера, Карамзина. Стены дома украшали картины, в том числе и самой хозяйки. Дашкова обычно ходила по дому в красивом суконном халате, в котором отдавала приказания, читала, музицировала, рисовала. В общем, сестрам в Первопрестольной понравилось – они помогли написать княгине мемуары. Отъезд Марты Вильмот в 1808 году поверг Дашкову в уныние, через два года она скончалась, не успев, видимо, отказать свой дом любимой ирландке – так считали завистники.