Мухаммад-Тимур-султан бен Шайбани-хан отправился на переговоры к Ахмаду Танбалу, предложив ему покориться хану и самому явиться к нему. Никаких обещаний сохранить Танбалу жизнь они не дали, но ферганский правитель, находясь в состоянии беспомощном и растерянном, все же подчинился и вместе с братьями вышел из города. Однако их всех тут же умертвили — как узурпаторов, оказавших сопротивление законному монарху. Андижан немедленно перешел в руки узбеков[182]. Семейство Ахмада Танбала попало в плен, и на одной из его дочерей женился Джанибек-султан: Шайбани-хан пожаловал ему в управление Фергану, и этот брак должен был закрепить его легитимность именно на Уровне региона, в котором были столь сильны сепаратистские настроения[183]. Для укрепления родственных связей своего семейства с ферганской знатью хан приказал также выдать Ядгар-Султан-бегим, сестру Бабура, замуж за Абд ал-Латиф-султана бен Хамза-султана (на другой сестре Бабура, Ханзаде-бегим, был женат сам Шайбани-хан)[184].
Аналогичным образом для Тимуридов из-за их имперских амбиций оказались потеряны Хисар и Бадахшан: когда Султан-Масуд-мирза, местный правитель-Тимурид, вмешался в борьбу за самаркандский трон, фактическую власть в регионе захватил Хосров-шах. Он был родом из туркестанских кипчаков, однако в свое время примкнул к отцу Султан-Масуда, оказал ему ряд услуг, за что был возвышен им и получил обширные владения[185]. Пользуясь тем, что сыновья его повелителя после его смерти покинули родовой удел и начали борьбу за Самарканд, Бухару и пр., Хосров-шах за короткое время сумел сосредоточить власть над Хисаром, Бадахшаном, Кундузом и Каратегином[186]. Стремясь не лишиться своих владений, Хосров-шах пошел не просто на мятеж, но и на открытую расправу с прежними сюзеренами: в 1498 г. он приказал ослепить Султан-Масуд-мирзу, а годом-двумя позже, когда в Хисар бежал из Самарканда брат ослепленного Тимурида, Байсункур-мирза, он был отравлен Хосров-шахом.
К 1504 г. Хосров-шах стал независимым правителем Хисара, а в отношении других своих владений, Кундуза и Бадахшана, формально признавал вассалитет от Бади аз-Заман-мирзы бен Султан-Хусайн-мирзы, с которым, впрочем, постоянно воевал[187]. Несмотря на авантюрный склад ума, склонность к интригам и вероломству (а возможно, и благодаря этим качествам!) Хосров-шах оказался неплохим правителем и за короткое время сделал свои владения процветающими. В 907 г. х. (1501/1502 г.), в эту эпоху междоусобиц и иноземных вторжений, он даже провел денежную реформу — полностью запретил обращение старых монет, заменив их на новые, собственного чекана, и упорядочил ценообразование, что вскорости привело к небывалой экономической стабильности региона[188]. Естественно, при этом Хосров-шах не забывал собственные интересы и интересы своего семейства: своего брата Вали он назначил правителем Хуталляна, а другого брата, Баки, — Чаганиана. Сам Хосров-шах накопил огромные богатства, что в конце концов привлекло к нему столь нежелательное и опасное внимание Шайбани-хана.
Еще в сентябре 1503 г., вскоре после взятия Ташкента, хан впервые вторгся в Бадахшан, однако поскольку в это время начались заморозки и снегопады, Шайбани-хан поспешил увести войска обратно в Мавераннахр, тем более что в этот раз лишь проверял, насколько серьезным противником окажется Хосров-шах[189]. Результаты разведки вполне удовлетворили хана, и поэтому годом позже, после завоевания Ферганы, он снова повел свои войска на Бадахшан и вскоре без боя взял Хисар, столицу Хосров-шаха. Сам узурпатор в это время скрывался в Кундузе, где он хранил свои богатства, которые накапливал в течение долгих лет. Хосров-шах похвалялся, что с запасами, собранными в Кундузе, он сможет выдерживать осаду не менее 20 лет. Однако, услышав, что Шайбани-хан осадил Хисар, он растерял всю свою самоуверенность и бежал из города, прихватив с собой несколько телег с драгоценностями[190]. В течение некоторого времени он скрывался у Бабура, но бежал от него, опасаясь, что тот прикажет расправиться с ним за убийство своих двоюродных братьев — Султан-Масуд-мирзы и Байсункур-мирзы. Поэтому он отправился в Герат, к своему номинальному сюзерену Бади аз-Заману, надеясь получить от него помощь в противостоянии с Шайбани-ханом. Однако Бади аз-Заман ограничился призывами к жителям Кундуза и Бадахшана встретить врага с оружием в руках, а те, не желая гибнуть за узурпатора, сдались узбекам[191]. Судьба братьев Хосров-шаха сложилась по-разному. Вали, правитель Хуталляна, покинул свое владение и бежал в Кабул, однако по пути был ограблен разбойниками и вынужден сдаться на милость Шайбани-хана, который приказал его схватить и казнить. Другой же брат, Баки Чаганиани, благоразумно сдался узбекам без боя, в результате чего потерял свои владения, но сохранил жизнь и впоследствии поступил на службу к Бабуру[192].