Сторонники версии о «самозаклании» царевича стремятся опровергнуть уверенность Марии Нагой в убийстве ее сына ссылкой на то, что ей вообще верить нельзя. Ведь признала же она в 1605 г. в самозванце своего сына. Но они забывают, что и в 1591 г., и позднее она упорно стояла на том, что к царевичу были подосланы убийцы, и никогда не говорила о его «самозаклании». А вот глава Следственной комиссии кн. В. И. Шуйский после 1591 г. дважды менял свою точку зрения на события 15 мая: в 1605 г. он признал в самозванце чудом спасшегося царевича, а в 1606 г., напротив, санкционировал версию об убийстве Дмитрия Годуновым.
Помимо показаний царицы Марии в Следственном деле отсутствуют и свидетельства многих других лиц, которые могли бы прояснить события 15 мая и обосновать версию об убийстве Дмитрия. В тот день первым ударил в колокол сторож Спасского собора Максим Кузнецов (XIX). Именно он мог бы рассказать, что же он видел на заднем дворе до того, как туда прибежала Мария. Однако его показаний нет. В убийстве Битяговских и других «злодеев» принимали участие «починщики» — посадские люди Ляпун, Никитка Гунбин, Степанка Полуехтов, Иван Тимофеев и Тихон Быков (XXIX), а также сапожник Тит (L). К событиям имели касательство сторож Евдоким, посадские люди Василий Ильин, дегтярник Филя и др. (LVI–LVII). И. И. Полосин приводит список из 22 человек, которые, по его словам, «были допрошены», и допускает, что их показания могли попасть в «особое дело» о народном восстании[566]. Но доказать, что всех этих лиц допрашивали и что существовало какое-то «особое дело» о волнениях в Угличе, Полосину не удалось. Добавим к числу осведомленных лиц посадских людей десятского Алексеевской слободы Субботку, холщевника Семейку, мыльника Ваську (XL). Во вторник 18 мая они отводили лошадей на разграбленный двор Михаила Битяговского и, наверное, могли бы сообщить новые детали если не о самой смерти Дмитрия, то о событиях, с ней связанных.
Версию о смерти царевича от несчастного случая не разделяли кроме Нагих еще несколько человек, хотя и весьма уклончиво. Духовник Григория Нагого поп церкви царя Константина Богдан обедал 15 мая у Михаила Битяговского в то время, когда к дьяку прибежали его люди и сказали, что царевича «не стало» (XXVI). Игумен Алексеевского монастыря Савватий уже более определенно сообщал то, что он от монастырских слуг узнал: «..царевич Дмитрей зарезан» (XXV). Архимандрит воскресенский Феодорит передавал, что монастырские слуги «от посадцких людей» узнали, «будто се царевича Дмитрея убили» (XXII). В обоих случаях свидетели добавляли по сути одно и то же: «..того не ведают, хто ево зарезал»; «..а тово не ведомо, хто ево убил». Обратим внимание на то, что эти трое — лица духовного звания. Возможно, именно поэтому комиссия Шуйского не решилась исключить их свидетельства из Следственного дела, как не могла она обойтись и без показаний Нагих. Впрочем, показания игумена Покровского монастыря Давыда как бы нейтрализовали свидетельства Савватия и Феодорита. Правда, Давыд находился тогда в обители, располагавшейся в двух верстах от города, и в пользу версии о «самозаклании» смог сослаться только на рассказ дворовых людей (XXIV).
Отметим еще одну особенность Следственного дела: в связи со смертью Дмитрия в нем нигде не упоминается имя Бориса Годунова, хотя среди сторонников версии об убийстве царевича могли быть и лица, которые прямо связывали трагические события в Угличе с царским шурином. Возможно, кн. В. И. Шуйский, не отличавшийся смелостью и принципиальностью, не решился упомянуть всесильного правителя даже в форме опровержения его причастности к убийству.