Вырванный в молодости из рядов народнического освободительного движении и лишенный на каторге возможности участвовать в новых исканиях революционной мысли, Якубович по возвращении из ссылки не пошел дорогой к марксизму. Но, как отметил в «Звезде» Н. С. Ольминский, социал-демократы ценили и уважали Якубовича, относя его к последним «могиканам русского народничества». Якубович приветствовал первую русскую революцию и принял в ней участие. Однако в самом начале ее, в январе 1905 года, он был вновь арестован и заключен в тюрьму, откуда вернулся тяжелобольным.
Скончался Якубович 17 (30) марта 1911 года в Петербурге.
В историю русской литературы Якубович вошел прежде всего как поэт революционного подполья. Его стихи, полные гражданского пафоса, боевых призывов, глубокой искренности, продолжали в 80–90 годах традиции некрасовской музы «мести и печали». Написанные «кровью сердечной», они звучали то гневно-обличительно, то и задушевно-лирически. В поэзии Якубовича лирически взволнованно впечатлен светлый и самоотверженный характер, душевный склад поколения героев «Народной воли». «Певцом борьбы и гнева» назвал в «Звезде» Якубовича Демьян Бедный, талант которого открыл и поддержал поэт-народоволец.
Литературная судьба Якубовича сложилась трагически. Более двадцати лет (с 1884 до 1905 года) его имя, как имя «государственного преступника», не могло появиться в печати; поэтому он прибегал к многочисленным псевдонимам; сейчас их учтено двадцать пять. Как поэт Якубович был известен под буквами П. Я., как критик — П. Гриневич, как прозаик — Л. Мельшин. Последний псевдоним воспринимался многими как подлинная фамилия писателя.
С произведениями Якубовича жестоко расправлялось самодержавие: сто книги и стихотворения арестовывались, уничтожались, подвергались судебному преследованию. В Центральном историческом архиве в Ленинграде хранится восемнадцать цензурных дел — с 1878 года, когда поэту было восемнадцать лет, и по 1915 год, когда Якубовича уже не было в живых.
«В мире отверженных» — лучшее прозаическое произведение писателя — книга необычной судьбы: она написана на каторге. Задумана она была на Каре как «очень большая вещь», посвященная жизни не только уголовных, но и политических узников. Первый том был написан в Акатуе, летом 1893 года, в редкие свободные часы, карандашом на листах махорочной бумаги. Рукопись решено было отправить конспиративно по почте в Петербург, однако посылка застряла в иркутской таможне. Через год до Якубовича дошел слух о гибели рукописи. Поборов отчаяние, Якубович написал книгу вновь, и теперь ее доставила в Петербург, как недавно стало известно, врач Анна Николаевна Бек (1870–1954).
В одном из писем А. Н. Бек сообщала известному писателю-Краеведу Е. Д. Петряеву 15 ноября 1953 года: «Мельшина… я лично не знала, но мне выпало на долю везти в Петербург его рукопись «Из мира отверженных», написанную им в бытность в Акатуевской тюрьме. Оттуда вышел, отбыв срок каторги, доктор Фрейфельд, живший на поселении в Горном Зерентуе. У него сохранилась связь с тюрьмой… Узнав через Фрейфельда, что я собираюсь ехать в Петербург, Мельшин прислал мне свою рукопись, упакованную в громоздкий деревянный футляр, и письмо к его брату Василию Якубовичу — профессору по детским болезням. Этот футляр при поездке через Сибирь на лошадях я берегла как зеницу ока и благополучно доставила его брату Мельшина. Это было в 1894 году».
«В мире отверженных» печатались в народническом журнале — «Русское богатство» — в семнадцати номерах, начиная с сентября 1895 года по июль 1898 года. Журнальный текст, по словам автора, «был порядком изувечен и укорочен» цензурой.
А. П. Чехов едва ли не первый заметил талант Якубовича и в знак уважения послал ему в ссылку свою книгу «Остров Сахалин» с надписью: «Петру Филипповичу Якубовичу от его почитателя, искреннего друга его симпатичной книги. Антон Чехов (21/XI 1896)».[9] Заинтересовала книга и М. Горького, который, еще не зная в то время настоящей фамилии автора, отправил в 1900 году в редакцию журнала на имя Мельшина «дружеское… товарищеское письмо». Связывая исключительный успех книги «В мире отверженных» с общественным подъемом второй половины 90-х годов, большевистская «Звезда» назвала его двухтомную книгу «захватывающей», а ее автора — «непримиримого Мельшина» — «светлым маяком», освещающим «мрак немой».