Как ни слабо было развито у большинства арестантов чувство человеческого достоинства, но и эти жалкие остатки вытравлялись в Шелае, на каждом шагу попиралась их личность. «Ты — каторжный! Ты — раб и больше ничего! Ни божеских, ни человеческих прав у тебя нет, вон как у тех быков, что возят мне воду!» — кричал Лучезаров на заключенных. В тюрьме решительно все было направлено к тому, чтобы превратить людей в автоматы, действующие по команде и «согласно инструкции».
Якубович показывает, как на каторге «постоянный кошмар злых бесчеловечных порядков, обычаев, привычек», не исправляет, а окончательно портит человека (история Огурцова и Миши Пенто). В эпизоде избиения казаком Васькой больного арестанта Якубович подчеркнул, что даже добрый по натуре человек совершает здесь зверские поступки потому только, что их безнаказанно «принято совершать».
Терроризирующий режим каторги приводит Лучезарова и его «образцовую» тюрьму к полному краху. Но Якубович понимает, что убрать одного жестокосердного начальника — это еще не значит хоть сколько-нибудь оздоровить атмосферу каторжного застенка. Уходят Лучезаровы, но остаются их подручные Пальчиковы, Безыменные, Ломовы — те же «бесчеловечные дубины». В конце книги возникает образ новой каторги — Сахалина, которого «страшились, как смертной казни». Это был «живой гроб, из которого нет возврата назад».
В каторжном Шелае автор обобщил материал карийских и акатуйских наблюдений, свидетельствовавших о глубоком антагонизме между заключенными и «начальством». Каторжники, подчеркивал Якубович, — «все без исключения отличались страшной ненавистью к «железным носам», дворянам, купцам, чиновникам». При посещении каторги губернатором «все недовольство, какое накоплялось в ней годами… все это моментально вспыхнуло, как порох от поднесенной к нему горящей спички, и приняло форму страстного, неудержимого протеста». В стихийном протесте каторжников (особенно Семенова) побудительным мотивом является «непримиримая ненависть ко всем существующим традициям и порядкам, начиная с экономических и кончая религиозно-нравственными».
Но если прошлая жизнь «на воле» научила заключенных ненавидеть барина и чиновника, то она не научила их бороться с ними. Еще менее научить этому могла тюрьма. Отсюда — неспособность к борьбе, характерная для большинства обитателей каторжного Шелая. Естественное чувство протеста у заключенных приобретает порой характер диких, анархических порывов. Якубович отмечает, что каторжниками «проповедовались такие разрушительные теории, какие не снились ни одному анархисту в мире».
В арестантской массе Якубович отмечает суеверие, но за редкими исключениями он не заметил в ней следов религиозного умиления. Характерно, что в книге нет описаний ни одного религиозного праздника (Достоевский посвящает этому вопросу целую главу). Молитва, читаемая по утрам, походила скорее на богохуление. В рассказах заключенных «с обычною бранью против закона, веры, бога» автор отмечает особенную злобу и ожесточение против попов. В духовенстве каторга видела защитников власти. Очень характерна сцена посещения камеры немцем-миссионером. Розданные им Евангелия немедленно пошли на курево и другие «еще более низменные потребности».
В книге Якубовича воинствующий гуманистический пафос писателя-демократа противостоит ханжеской религиозно-филантропической морали, проповедуемой «верхами» для «заблудших». Перед писателем стояла трудная задача: найти в испорченном, озлобленном и одичавшем существе искры человеческого достоинства. Не впадая в идеализацию, писатель подводит к выводу, что даже в самой закоренелой душе преступника можно пробудить человеческое, обнаружить скрытую, искаженную невыносимыми условиями трудовую основу народного характера.
Якубовичу удалось убедительно показать (и в этом он видел главную задачу своей книги), «как обитатели и этого ужасного мира, эти искалеченные, темные, порой безумные люди, подобно всем нам, способны не только ненавидеть, но и страстно, глубоко любить, падать, но и подниматься, жаждать света и правды и не меньше нас страдать от всего, что стоит преградой на пути к человеческому счастью».
В книге Якубовича немало мест, перекликающихся с заключительными словами из «Записок из мертвого дома» Достоевского: «И сколько в этих стенах погребено напрасно молодости: сколько великих сил погибло здесь даром». Аналогичный мотив пронизывает и «записки» Якубовича: «Эта злосчастная каторга, утопающая во тьме, в крови и грязи, она сама не знает, сколько здоровых, светлых зерен таится в ее сердце».