Несмотря на движение членов кабинета в сторону американской позиции, генерал Хайяши настаивал на справедливости японской версии событий, в особенности в вопросе о Су-15 и времени исчезновения лайнера.
Телевизионная станция NHK цитируя источники из японского правительства, объявила: перехваченные радиопереговоры указывают на то, что самолет был сбит после преследования тремя советскими перехватчиками МиГ-23. Эта информация противоречит более раннему американскому заявлению, согласно которому корейский самолет был сбит Су-15.
Хотя спорный пункт кажется незначительным, диспут сам по себе отражает серьезные разногласия между Соединенными Штатами и Японией, касающиеся этого случая, природа которых не выходила на свет в течение нескольких лет.
Согласно информации НАТО, Су-15 был вооружен двумя ракетами, но не имел пушек. В результате он не мог делать никаких предупреждающих выстрелов, чтобы привлечь внимание пилотов.
3 сентября в выпуске новостей ТАСС из Москвы говорилось, что самолет-нарушитель исчез с радаров ПВО и покинул воздушное пространство над Сахалином через десять минут после того, как советский истребитель произвел предупредительные выстрелы. Американское правительство первоначально отрицало, что какое-либо предупреждение вообще имело место. Изменение типа перехватчика могло быть сделано для того, чтобы добавить убедительности американской точке зрения. Тем не менее, 11 сентября американское правительство пошло в этом пункте на попятный, прежде всего потому, что слова пилота о его стрельбе из пушки можно было ясно услышать на пленке, которая была передана в ООН 7 сентября.
Но ничто не помогало сгладить противоречия между сообщениями японской и американской прессы. Японские военные держались своего первоначального заявления об открытии огня по самолету-нарушителю в 03.29. Те, кто говорил, что истинное время атаки 03.38, были высокопоставленными политическими лидерами. Тем не менее были предприняты усилия примирить эти две цифры. Министр иностранных дел Абе не говорил о самолете как о «исчезнувшем с экранов радаров», но утверждал что «самолет был сбит в 03.38». Придерживаясь, на первый взгляд, американской версии истории, Абе сохранял определенную дистанцию, указывая на 03.38 как на время атаки (а не 03.26.20). Он, возможно, также пытался смягчить конфликт между министерством и военными. 03.38, которое он называл временем уничтожения самолета, было, на самом деле моментом, когда истребитель В на карте JDA сбил другого нарушителя, возможно, у восточного побережья Сахалина.
Член Комитета начальников штабов воздушных сил самообороны заявил, что самолет, который предположительно являлся советским истребителем и летел со скоростью 450 узлов, появился на экранах радаров в 03.20, преследуя самолет, пересекающий Сахалин с востока на запад. Два самолета сблизились в 03.25 на высоте 24000 футов и след того самолета, который мог бы быть корейским лайнером, исчез с экранов в 03.29. Преследующий самолет появился на экране в тот момент, когда делал разворот с набором высоты. Полагают, что 747-й взорвался в воздухе.
Военные продолжали придерживаться 03.29 и вновь поддержали японскую версию катастрофы. Тем не менее другие источники упоминали об атаке, произошедшей в 03.38, и исчезновении самолета с экранов в 03.39.
Согласно высокопоставленному официальному лицу в Министерстве иностранных дел, навигационные огни корейского лайнера в момент атаки были включены. Он добавил, что Объединенные Нации были информированы об этом факте. Чиновник также указал на следующую хронологию событий, наблюдаемых JASDF.
1 сентября, 03.20. Корейский авиалайнер проинформировал наземный контроль в Нарита, что проходит навигационный пункт NOKKA.Поскольку точка, в которой корейский лайнер наблюдался радаром, не соответствовала позиции, сообщенной самолетом, контроль в Нарита попросил корейский лайнер подтвердить свою позицию. Корейский самолет не ответил на запрос.
03.25. Один из трех советских истребителей МиГ-23 проинформировал Сахалинский центр ПВО, что поддерживает визуальный контакт и находится в 2 км позади самолета-нарушителя. Самолет затем проинформировал наземный контроль о наборе высоты, с тем, чтобы следовать за нарушителем выше и сзади. Он также сообщил, что навигационные огни самолета мигают. Согласно наблюдениям радара в это время (03.25), в тот момент, когда навигационные огни самолета мигали, корейский авиалайнер находился над международными водами и еще не входил в воздушное пространство Сахалина. Корейский самолет затем начал двигаться зигзагом. Сахалинский центр ПВО не прореагировал на сообщение о мигающих огнях и приказал перехватчику приготовить свои ракеты и открыть огонь.