Захватив 13 марта 1918 года Одессу, немецкие войска спустя несколько дней, 17 марта, овладели Николаевом, а 19 марта – Херсоном. Однако здесь планомерное продвижение противника затормозилось.
На следующий день после оккупации Херсона 20 марта в нем вспыхнуло антигерманское восстание, организованное местным «Союзом фронтовиков».
Восставшие расчленили немецкие войска в городе на несколько частей, и к концу этого же дня, уничтожив несколько сот немцев, выбили противника из города. Попытки немецкого командования на следующий день 21 марта, усилив свою пехоту броневиками, вновь овладеть Херсоном были отбиты с большими потерями. Численность восставших в Херсоне к этому моменту увеличилась в пять раз и достигла 5 тысяч человек.
Вскоре на помощь Херсону из Севастополя прибыл минный заградитель «Ксения» с отрядом матросов под командованием Мокроусова, а также несколько гидросамолетов. После этого восставшие херсонцы, поддержанные огнем корабельной артиллерии и ударами гидросамолетов с воздуха, отбросили немцев на 25–30 километров от Херсона.
Известия о восстании в Херсоне побудили к действиям и «Союз фронтовиков Николаева». Для начала восстания они обратились за помощью в Севастополь. В Николаев из Севастополя прибыл 1-й Черноморский отряд под командованием прапорщика Федько. Однако выбить противника из города не удалось. Силы были неравны. 23 марта германские войска контрударом овладели центром города, вытеснив восставших на окраины. Там бои продолжались до 25 марта, когда повстанцы и матросы отступили из города и рассеялись в его окрестностях. Оттуда они совершали партизанские вылазки против противника на протяжении всего периода германской оккупации.
Подавив восстание в Николаеве, германское командование начало переброску своих сил к Херсону. Вскоре на подступах к городу было сосредоточено 20 тысяч германо-австрийских войск генерала Е. Меца. Утром 4 апреля после длительной артиллерийской подготовки при поддержке броневиков и авиации германо-австрийские войска начали штурм Херсона и 6 апреля, после двух суток ожесточенных боев, овладели городом. После взятия Херсона германское командование, перегруппировало силы и стало готовить операцию по захвату Крыма. На захват Крыма немецкое командование направило 52-й армейский корпус (25–30 тысяч человек) под командованием генерала от инфантерии Р. Коша. По данным различных источников позиции на Перекопе заняли от 5 до 6 тысяч матросов и красногвардейцев, входивших в несколько отдельных отрядов, не имевших единого командования. Серьезного сопротивления немцам эти разрозненные отряды, разумеется, оказать не смогли. Взяв Перекоп, немецкие войска устремились на юг к Севастополю. В ходе этих пятидневных боев в районе станции Альма (Почтовое) матросские отряды дважды отбрасывали немцев к Симферополю. Одновременно с этими боями, матросские отряды в период 20–23 апреля подавили крымско-татарские восстания в городах южного берега Крыма.
После эвакуации Черноморского флота из Севастополя, матросские отряды, отойдя на Северный Кавказ, проложили сопротивление немцам там, действуя зачастую самостоятельно, исключительно на свой страх и риск. Так 13 июня 1918 года в окрестностях Таганрога в глубокий тыл наступающим на Батайск немцам был высажен крупный отряд матросов во главе с бывшим офицером Черноморского флота В.П. Лебедевым. В ходе пятидневных боев десант почти весь десант погиб. О деталях этой операции практически ничего не известно.
Ясно только, что организован десант был из рук вон плохо. Матросы имели только винтовки и несколько пулеметов, артиллерия отсутствовала. Кроме этого никто не собирался оказывать десанту поддержку. По существу, с самого начала отряд был отправлен на убой, что и произошло. Потери были очень большими. Однако эту трагедию заслонила происшедшее вскоре самозатопление Черноморского флота. Именно история уничтожения таганрогского десанта явился позднее основой для пьесы В. Вишневского «Оптимистическая трагедия» и затем и снятого по пьесе одноименного фильма.
Всего же только Балтийским флотом в 1918 году было сформировано более 40 морских крупных отрядов, которые сражались на многих фронтах. Общее число матросских отрядов в 1918 году вообще сложно точно подсчитать. Возможно, что их было не меньше сотни. Именно матросские отряды не только раскрутили маховик Гражданской войны, но и первыми установили Советскую власть во многих регионах России.