Формирование матросских отрядов шло не на штатной основе, а исключительно из числа выдвинутых судовыми комитетами кораблей «для защиты революции» добровольцев. Первое время руководство отрядами поручалось одному из членов Военно-Революционного Комитета, или наиболее доверенным матросам, выбранным судовым комитетом или назначенным ВРК. В дальнейшем командиров выбирали уже сами матросы из наиболее авторитетных сотоварищей прямо в отрядах. Поэтому, если вначале большевики могли хоть как-то влиять на командный состав отрядов, то, когда прерогатива выборов командиров перешла исключительно к самим матросам. Сразу же влияние РКП (б) на матросские отряды резко ослабло, что и привело к негативным последствиям.
Уже 10 ноября 1917 года Центробалт постановил сформировать первый матросский отряд для отправки на отказавшийся признавать новую власть контрреволюционный Дон. Вслед за ним были направлено несколько отрядов матросов и на борьбу с войсками генерала Каледина. 18 декабря 1917 года В.И. Ленин подписал постановление Совнаркома об ассигновании средств на экстренные расходы по обеспечению морских отрядов, посылаемых на борьбу с контрреволюцией. Таким образом, матросы становились главной ударной вооруженной силой большевиков в российской глубинке, а Советская власть брала на себя все расходы по их содержанию. Заигрывая с матросами, В.И. Ленин в те дни именовал их, не иначе, как «творческими, организующими революционными силами…» В начале января 1918 года Кронштадтский Совет заслушал сообщение о боевых действиях балтийских матросов на калединском фронте и о необходимости посылки туда дополнительных подкреплений. По решению Совета был сформирован дополнительный матросский отряд под командованием матроса-большевика К.М. Каллиса. О подготовке отряда было доложено В. И. Ленину, который тут же лично подписал документ, удостоверявший, что члены Кронштадтского Совета большевик К.М. Каллис, анархист X.3. Ярчук и левый эсер А. Юрков, во главе сводного кронштадтского отряда, делегируются для помощи войскам, действующим против Каледина. В тот же день отряд Каллиса убыл на фронт.
Надо отметить, что, понимая значение матросских отрядов для выживания Советской власти, в конце 1917 – начале 1919 года В.И. Ленин лично держал перемещение каждого из них на контроле. Сам зачастую напрямую ставил задачи командирам отрядов и требовал докладов об их выполнении, вел переговоры с Центробалтом и наркоматами. В книге «Матросская диктатура» мы уже подробно писали о действиях матросских отрядов по разгону Учредительного собрания и Ставки Верховного Главнокомандования в Могилеве. Но это были, так сказать, акции общероссийского значения. Большинство же матросских отрядов посылалось для решения частных задач и, прежде всего, установления. Советской власти в каком-то конкретном городе или регионе. Например, когда начальник революционного полевого штаба по борьбе с контрреволюцией М.К. Тер-Арутюнянц доложил В.И. Ленину о необходимости срочно подкрепить действовавшие на Украине войска матросскими отрядами, тот немедленно направил предписание Морскому революционному комитету: «Прошу принять экстренные меры, чтобы дать немедленно в распоряжение тов. Тер-Арутюнянца 2000 матросов для военных действий против буржуазной Рады». Две тысячи матросов в начале 1918 года представляли собой огромную вооруженную силу, способную обеспечить победу Советской власти буквально везде.
При этом В.И. Ленин не ограничивался только руководством балтийскими отрядами, а стремился, по мере возможностей, использовать в своих целях и отдаленный от Петрограда Черноморский флот. Разумеется, реальной возможности напрямую руководить черноморцами у него было значительно меньше. Но практичный предсовнаркома использовал и эти возможности. Главному комиссару Черноморского флота В.В. Роменцу он телеграфировал «Действуйте со всей решительностью против врагов народа, не дожидаясь никаких указаний сверху. Каледины, Корниловы, Дутовы – вне закона. Переговоры с вождями контрреволюционного восстания, безусловно, воспрещаем. На ультиматум отвечайте смелым революционным действием. Да здравствует революционный Черноморский флот!» В начале 1918 года Совнарком особенно волновали отвергнувшие новую власть казачьи регионы. Именно поэтому именно на Дон были направлены отряды черноморцев, а на Урал отряды балтийцев. В частности под Оренбург был послана «личная гвардия Дыбенко» – сводный отряд мичмана С.Д. Павлова, успешно выполнившая задачу по разгрому мятежа атамана А.И. Дутова.