Вскоре, однако, пришли огорчения. РВС, во исполнение решения Политбюро, предложил сократить пятилетний план судостроения на 85 млн. рублей. Это случилось в июле 1929 года. Началось свертывание судостроения. И тут же пошли аресты... Уменьшение уже утвержденных ассигнований было связано с провалом плана пятилетки. Нужно было найти и виновников провала.
ГПУ искореняет «вредителей»
Вступив в должность председателя НТК в 1927 году, Н. И. Игнатьев сменил бывшего контр-адмирала П. Н. Лескова, исполнявшего ее с 1923 года. Возможно, уход из председателей НТК дал Лескову несколько лет жизни, но лишь несколько: в ноябре 1937 года бывший командир крейсера «Аврора», в первую мировую — командир бригады крейсеров и командир Морской крепости Петра Великого (район Ревеля), был арестован НКВД. Заслуги и преклонный возраст (73 года) не помогли — расстреляли.
Игнатьев собрал в своем комитете опытных, талантливых специалистов из бывших офицеров, с опытом войны. Заместителем председателя НТК и председателем артиллерийской секции был Г. Н. Пелль, профессор ВМА, талантливый инженер, конструктор морских артиллерийских систем. После окончания Морского корпуса в 1904 году Пелль служил на крейсере, миноносце, эскадренном броненосце «Слава», преподавал в Артиллерийском офицерском классе. В 1918 году бывший капитан 2 ранга Пелль становится начальником артиллерийского отдела ГУК, начинает преподавать в ВМА... Г. Н. Пелль в 1928-29 годах дважды побывал в командировках в США, Франции и Германии для изучения организации проектирования, изготовления и испытания морской артиллерии и приборов управления ее огнем. Пелль был автором ряда изобретений, руководил проектированием 180-миллиметровой артиллерийской башни для крейсера «Красный Кавказ», позже использованной для создания башен крейсеров типа «Киров» и «Максим Горький». Авторитет его в области морской артиллерии был непререкаем. В 1958 году, когда пересматривались дела репрессированных, контр-адмирал Е. Е. Шведе (также проходивший по делу в 1930 году) показал, что Пелль был конструктором мирового уровня. В. А. Белли рассказывал, что в США и во Франции ему предлагали остаться, обещая создать все условия для научной работы, присвоить соответствующее воинское звание. Но Пелль отказался.
Председателем секции подводного плавания НТК, с момента создания ее в 1923 году, был один из наиболее опытных подводников русского флота А. Н. Гарсоев. В годы Первой мировой Гарсоев командовал подводной лодкой.
Минную секцию, ведавшую минным и торпедным оружием, возглавлял Ю. Ю. Кимбар, бывший капитан 2 ранга, с 1906 года служивший на кораблях Балтийского флота. В 1918 году он назначается главным минером МСБМ, в 1921 — старшим помощником главного минера Морского штаба Республики. Затем он преподавал в ВМА. Ю. Ю. Кимбару принадлежит ряд изобретений. В работе этой секции видная роль принадлежала также В. Е. Эмме, бывшему офицеру с боевым опытом.
В физико-химической секции НТК, ведавшей взрывчатыми веществами, председателем до июля 1929 года был С. Н. Вуколов, ученик и соратник Д. И. Менделеева, ученый-химик с мировым именем, а после него — М. П. Мальчевский. Не менее опытные специалисты из бывших офицеров возглавляли секции — кораблестроительную (Ю. А. Шиманский), механико-электрическую (А. В. Акимов) и связи (А. И. Берг).
Пелль был арестован в начале марта 1930 года, Кимбар в конце этого месяца. Еще раньше, в конце 1929 года, чекисты забрали С. Н. Вуколова и Я. Н. Перепелкина, инженера-конструктора в артиллерийской секции. Метод создания «дела» в ВЧК-ГПУ был уже отработан давно. Вначале арестовывается некто не первого, так сказать, плана, у него выбиваются показания на вышестоящих, запланированных основными персонажами «дела». Вот и в показания Перепелкина следователи-чекисты вписали, что в НТК «долгие годы существует вредительская организация, в которую входят бывшие офицеры и инженеры бывшей фирмы "Эриксон"». В деле Перепелкина появились показания на Н. И. Игнатьева, Г. Н. Пелля и некоторых других сотрудников НТК, на главного инженера завода «Большевик» (Обуховского) К. К. Чернявского, бывшего офицера, на заместителя М. А. Петрова по УСУ УВМС В. П. Римского-Корсакова, на инженеров-электриков завода "Электроприбор" — бывшей фирмы "Эриксон". Материалы дел Перепелкина и Вуколова были использованы чекистами для предъявления обвинений Игнатьеву и Власьеву — их арестовали 5 апреля 1930 года.
В первом протоколе допроса Игнатьева, в день ареста, записаны его слова: