Петров отстаивал необходимость для страны иметь сбалансированный военно-морской флот, то есть имеющий в своем составе линейный флот и легкие силы, подводные лодки и морскую авиацию, сильную береговую оборону. Он ратовал за создание флота на Севере и Тихом океане. Арест М. А. Петрова и одновременно с ним А. В. Домбровского, бывшего начальника Морского штаба Республики, лишил ВМС наиболее опытных руководителей высшего звена.
В чем только ни обвиняли Петрова чекисты... В 1931 году Б. И. Смирнов встретился с Петровым в Кемьлаге.
«Меня держали 36 часов на «конвейере», — рассказывал бывший начальник УСУ. — После этого я подписывал не глядя все, что они хотели».
Арест Петрова и его подчинённых по УСУ полностью дезорганизовали управление флотами и центральными учреждениями ВМС. Резервом для замещения должностей в высшем звене управления ВМС всегда была ВМА, а также СКУКС — среди их преподавателей было немало бывших офицеров с опытом войны. Но и по ВМА и СКУКС нанесли удар чекисты. В 1929—31 годах и здесь было сработано «дело». Аресты в ВМА и на СКУКС были подготовлены вроде бы сугубо научной дискуссией о том, какой военно-морской флот нужен СССР, как должен он использоваться, какие задачи решать в неизбежной будущей войне с капиталистическим миром. Вернее сказать, не подготовлены, а спровоцированы, потому что оппоненты из числа окончивших к началу 30-х годов ВМА — коммунисты А. П. Александров, К. И. Душенов, И. К. Кожанов, И. М. Лудри и другие прямо, устно и печатно, называли М. А. Петрова, Б. Б. Жерве — начальника кафедры стратегии и оперативного искусства и недавнего начальника ВМА и еще некоторых преподавателей ВМА проповедниками «вредительской теории владения морем». Так что дело «вредителей» здесь просто само шло в руки чекистов. Оставалось лишь составить проскрипционные списки. В них попали преподаватели кафедр стратегии и оперативного искусства, тактики, военно-морской истории, специальных кафедр — артиллерийской стрельбы, торпедного оружия и др. В их числе — В. А. Белли, В. П. Суковатицын, Л. Г. Гончаров, Ю. А. Добротворский, В. А. Унковский...
Нашли вредителей чекисты и на СКУКС. Были арестованы начальник командирских курсов подводного плавания Н. А. Зарубин, начальник артиллерийского класса, по совместительству главный инженер завода «Большевик» К. К. Чернявсюш, преподаватели, также вышедшие из бывших офицеров, И. И. Монтлевич, М. Л. Бертенсон, Д. С. Лемтюжников...
Часть арестованных в ВМА по какой-то причине сгруппировали для особого дела в «Академическую контрреволюционную вредительскую группу». Как указано в деле, оно
«возникло на основании поступивших... агентурных данных, свидетельствующих о том, что в ВМА и СКУКСе имеет место зажим и компрометация лучших командиров флота из пролетарской среды, создание в системе ВМУЗов хаоса по подготовке командного и спецсостава флота, в результате чего выпускаемые на флот специалисты, оцениваемые Жерве и др. отличными отметками, будучи на самом деле не годны для работы в сложных военно-морских условиях».
Следователь, составивший обвинительное заключение, в число тех, кто вел «к-р. работу» в ВМА и на СКУКС включил Б. Б. Жерзе, Ю. А. Добротворского, В. В. Селитринникова, Д. П. Белоброва, Ф. Ф. Клочанова, Р. А. Холодецкого, В. Е. Эмме и его жену А. Н. Эмме, которая «знала о к-р. работе, но скрыла».
В список «к-р. и вредителей» попали и те, кто уже пал от руки чекистов, умер, и те, кого еще предстояло арестовать. Так, в перечне оказались умершие контр-адмирал А. В. Развозов и генерал-майор Н. Л. Кладо, капитаны 1 ранга Е. А. Беренс и И. И. Ренгартен, еще не арестованные на день составления обвинения А. П. Гарсоев, Ю. Ю. Кимбар, Е. Е. Шведе и Б. Е. Егорьев. А состояла «к-р работа» в том, в частности, что на месте «изучались условия создания в Мурманске базы большого флота». Кроме того, занятия в ВМА велись по «программам, модернизированным соответственно опыту мировой войны и прогрессу военно-морской тактики. Опыт гражданской войны игнорировался».
Когда в 1927 году «партия и Советское правительство перешли в социалистическое наступление, — говорится далее в обвинительном заключении, — наступил период активизации к-р вредительской деятельности на основе подготовки интервенции. Проводилось вредительство во всех отраслях военно-морского дела».