Скоро Станюкович становится профессиональным литератором-журналистом. Он пишет пьесы и рассказы, публицистические статьи и очерки, создает романы "Без исхода", "Два брата", "Омут", в которых страстно обличает самодержавно-крепостнические порядки царской России. В 80-х годах писатель становится постоянным сотрудником, а потом и владельцем петербургского журнала "Дело" - издания "неблагонадежного направления". Начальник Главного управления по делам печати князь П. Вяземский требовал относиться к журналу "с особой строгостью и не дозволять к печати таких статей, в которых, хотя бы и с крайней осторожностью, проводятся вредные идеи социализма и атеизма или вообще противоправительственное направление" Однако Станюкович на страницах журнала затрагивал самые "больные" вопросы действительности, обличал реакционную журналистику и защищал передовые демократические идеалы 60-х годов. Полиция давно уже вела наблюдение за писателем. Департамент полиции характеризовал Станюковича как литератора, который "принадлежит к числу крайних радикалов и давно имеет связи с русской эмиграцией и революционными кружками внутри империи". Действительно, в Швейцарии писатель сблизился с русскими революционерами, жившими в эмиграции (С. М. Степняком-Кравчинским, В. И. Засулич, П. А. Кропоткиным и другими), привлекал их к участию в журнале "Дело".
В 1884 году Станюкович уезжает на юг Франции к больной дочери. На обратном пути он был арестован, препровожден в Петропавловскую крепость, а затем на три года сослан в Сибирь. "Все случилось одновременно, разом: арест, год в крепости, смерть дочери, ссылка, потеря любимого журнала, полное материальное разорение. Какие нужны были душевные силы, какая убежденность, какое мужество, чтобы выдержать этот удар, не опустить головы, не сдаться!" - писал автор рассказов "Морская душа" Леонид Соболев.
Однако и в ссылке Станюкович не потерял бодрости духа и начал большую и серьезную работу: стал активным сотрудником томской "Сибирской газеты". Здесь, в Томске, писатель создает свои рассказы о русских моряках, вошедшие впоследствии в цикл "Морских рассказов", принесших ему славу, неувядаемую с годами. Станюкович, на себе испытавший все тяготы военно-морской службы того времени, сумел создать новый тип морского рассказа. Это были правдивые картины жизни, без ложной романтики и приподнятости.
Удивительно, что все богатство впечатлений, полученных им в юности, воплотилось в замечательных произведениях лишь несколько десятков лет спустя (так же, как и "Вокруг света на "Коршуне"). Под талантливым пером писателя ожили во всей своей непосредственности картины флотской жизни. В цикл "Морских рассказов" вошли ставшие широко известными рассказы, такие, как "Максимка", "Нянька", "Побег", "Куцый", "Ужасный день", "Матросик", "В шторм" и многие другие. С беспощадной правдой изображает он жестоких самодуров, "грозных адмиралов", молодых офицеров-карьеристов и стяжателей, которые злобно избивают матросов. Страшен барон Беринг из рассказа "Куцый", хладнокровно и педантично издевающийся над матросами. "Всегда этот жесткий взгляд голубых бесстрастных глаз", приводивший в трепет все живое на корабле.
С большой художественной убедительностью показал Станюкович русского матроса. Это Чижик ("Нянька"), в котором ни ежедневные порки, ни вечный страх и бессмысленная флотская муштра не убили высоких нравственных качеств. Каким живым умом, отзывчивостью, какой трезвой рассудительностью, чуткостью и природной деликатностью обладает этот "грубый мужлан". Это Иван Лучкин ("Максимка") с его удивительной добротой и заботливостью. Русский матрос - неутомимый труженик, мужественный, волевой, правдивый. Он тверд и решителен в минуты опасности, нежен и добр к близким и слабым, справедлив и честен. Станюкович осмелился сказать во весь голос, что русский матрос - человек. Недаром большинство морских рассказов писателя были запрещены цензурой.
Станюкович показал, что лучшие представители флота - это люди высоких нравственных правил, свято хранящие славные традиции флота и достоинство русского офицера. Люди, не растерявшие в суровой жизненной школе ни честности, ни отваги, ни доброты, ни совести. Леонид Соболев писал о Станюковиче: "Писатель-реалист - он показал русских матросов и офицеров во всем их мужестве и бесстрашии, во всем их чисто русском, неосознанном гуманизме, во всей чистоте прекрасной и честной души, во всей их самоотреченности и беззаветной любви к родному кораблю и к русскому флоту - в любви, рождающей крепчайшее морское товарищество, штормовое и боевое". Известный советский писатель, автор знаменитой "Цусимы" А. С. Новиков-Прибой отмечал: "По существу, Станюкович впервые в русской литературе создал образ матроса - подлинного сына народа на родных морях". "Для меня в начале моей писательской деятельности "Морские рассказы" явились настоящим откровением. Я учился у Станюковича и его пониманию жизни моряка и тому теплому, любовному отношению к людям, которые так характерны для этого талантливого писателя. Помню, как любили матросы читать Станюковича и как трудно было раньше во флотских библиотеках достать его рассказы".
Произведения писателя проникнуты волнующей романтикой моря - символом борьбы и свободы, красоты и смелости; и в то же время они глубоко лиричны. Ашанин, впервые увидевший океан, "впился в него восторженными глазами, пораженный его величием, его красотой, его беспредельностью". Его поразил глухой и загадочный рокот моря. "То грозный и бешеный, напоминающий разъяренного зверя, то тихий и ласкающий, словно бы нежный пестун, любовно укачивающий на своей исполинской груди доверившееся ему утлое суденышко, этот ропот будет навевать и грустные и хорошие думы, будет наводить и трепет и возбуждать восторг, но всегда раздаваться в ушах несмолкаемой музыкой". Картины природы, задушевные песни матросов, лирические раздумья героев проникнуты светлой поэзией. Недаром современники писателя называли его "Айвазовским слова".
Море Станюковича - грозное и величественное, тихое и залитое солнцем, светлое и зловещее - не только сюжетный фон. Море - это сила, проверяющая людей на храбрость и волю ("Море, братцы, робких не почитает..." - "В тропиках"), на честность и нравственную чистоту ("С морем какая же может быть ложь?" - "Матроска"; "Совесть в море будто щекотливее" - "Вокруг света на "Коршуне"), на доброту и ум ("...который человек на море бывал... тот беспременно должен быть и душой прост, и к людям жалостлив, и умом рассудлив..." - "Вокруг света на "Коршуне"). Море формирует человека.
Глубоко изучив народный характер, психологию и мораль людей труда, писатель сумел показать все величие и нравственную красоту забитого, но не униженного русского матроса. Его герои - люди, несущие в себе глубокую ненависть к рабству и высокое чувство человеческого достоинства; его произведения отмечены глубокой верой в человека.
Вернувшись в 1888 году из ссылки, больной и усталый, Станюкович продолжает писать и печататься в целом ряде журналов, в том числе детских и юношеских, издает специальные сборники рассказов для детей. Он снова возвращается в своем творчестве к теме Крымской войны и героической обороны Севастополя. Создает известный рассказ "Севастопольский мальчик", яркое патриотическое произведение, не потерявшее своего воспитательного значения и сегодня. В 1896 году общественность отметила тридцатипятилетие литературной деятельности писателя. В приветственных речах, адресах, телеграммах литераторов, журналистов, моряков и юных читателей отмечалась прогрессивная роль его творчества "на благо русского общества и народа". На торжественном обеде, состоявшемся 22 декабря в колонном зале гостиницы "Эрмитаж" в Петербурге, была оглашена сердечная поздравительная телеграмма А. П. Чехова, посланная им из Мелихова.
Последние годы Станюковича были омрачены болезнью, материальной нуждой и горем - смертью горячо любимого сына. Уехав лечиться за границу, писатель, потерявший зрение, продолжает работать, диктуя свои рассказы. Скончался Станюкович в Неаполе 7 (20) мая 1903 года.