Сто лет Мали занимало господствующее положение среди африканских государств, затем это первенство стали оспаривать сонгаи — прежние властелины Гао и вассалы Мали. К концу XIV века сонгаи вышли из-под власти Мали. Царь сонгаев присвоил себе титул «сонни». При восемнадцатом властелине — сонни Али, правившем с 1464 по 1492 год, образовалось государство Сонгай. Сонни Али завоевал Томбукту и прогнал туарегов. Он занял город Дженне и тем самым получил в свои руки ключ от всего Мали. В том же году, когда Колумб пересек Атлантический океан и «открыл» Америку, сын Али пришел к власти, но уже через несколько месяцев был свергнут одним из военачальников своего отца. Этот узурпатор, по имени Мухаммед, приложил немало усилий для расширения царства Сонгай. В 1515 году он прорвался к Аиру и завоевал Агадес. Теперь его влияние простиралось от Сенегала на западе до Аира и до границы с Борну на востоке, от зоны девственных лесов на юге до глубин Центральной Сахары.
Мухаммед поделил свои владения на четыре наместничества; он ввел постоянную систему налогов и создал профессиональную армию, выполнявшую одновременно полицейские функции. Он способствовал развитию земледелия, приказал соорудить на Нигере оросительную систему, унифицировал меры и веса и способствовал развитию торговли. Одним словом, он создал передовое для того времени государство.
Богатство державы Сонгай, так же как Ганы и Мали, в значительной степени обеспечивалось караванной торговлей через Сахару. Существовало несколько издавна испытанных караванных путей через пустыню и среди них — древний «путь гарамантов» из Триполи через Ахаггар в Гао. Второй, вероятно также очень древний путь, вел из Тиндуфа через Джуф и Эрг-Шеш в Томбукту. «Мавританский путь» — «трик ал-бейдан» — соединял Томбукту с Трарзой и вел дальше к вади Дра. По его следам ныне проложена современная автомобильная дорога через Мавританию.
Кроме того, существовали караванные пути из Уарглы через Танезруфт на юг и из Уарглы через Ахаггар. Оба пути соответствуют современным автомобильным трассам.
Однако и на востоке Сахары имелись давно испытанные пути. Еще одна «дорога гарамантов» шла от Габеса на Средиземном море через Гадамес и Гат к Агадесу; другой путь был проложен из Триполи через Мурзук и Бильму к Борну. Многие европейские исследователи XIX века путешествовали еще по этим старым караванным путям, а французский генерал Леклерк воспользовался ими, когда он во время второй мировой войны двинулся со своей дивизией от озера Чад в Северную Африку. Наконец, был еще один путь — на самом востоке. Он соединял Бенгази с Куфрой и Абеше; его северный отрезок перестроен в современную автомобильную дорогу.
Гораздо меньшее значение имели пути, идущие с запада на восток. Они служили почти исключительно пилигримам, которые ежегодно предпринимали паломничество в Мекку. Самый важный из них — от государств хауса в верховьях изгиба Нигера до Нила.
Средневековая караванная торговля была очень доходным предприятием. Арабский писатель Ибн Хаукал сообщает, что в X веке из Каира в Сахару ежегодно отправлялись караваны, насчитывавшие от десяти до двенадцати тысяч нагруженных верблюдов. Еще в первой половине XIX века один верблюжий груз, переправленный на отрезке пути Мурзук — озеро Чад, приносил триста процентов прибыли.
Правда, эти триста процентов прибыли доставались дорогой ценой: караван подвергался в пути многочисленным опасностям, а иногда нес тяжелые потери. Американский капитан Джеймс Райли, потерпевший около 1800 года близ мавританского побережья кораблекрушение, после возвращения домой дал волнующее описание каравана, участником которого он был в качестве пленного. Этот караван направлялся на юг, по пути, который испокон веков вел в Томбукту. В нем было тысяча мужчин и четыре тысячи верблюдов, нагруженных всевозможным добром: шелком, солью, табаком, оружием и многим другим. Через месяц караван вынужден был задержаться из-за жестокой песчаной бури, во время которой погибло триста человек и двести верблюдов. Последующий переход через «обширную, безводную местность» привел к потере ста человек и трехсот верблюдов. Наконец добрались до места, где должна была быть вода, однако колодцы оказались иссякшими. Тогда водитель каравана приказал оставить в живых только триста верблюдов, а остальных убить, «чтобы люди могли пить их кровь и воду из их желудков», пока не дойдут до следующего колодца. Все были согласны с этим решением, однако никто не хотел жертвовать своим верблюдом и оставить свой товар. Начались ожесточенные стычки. Когда один из старост каравана все нее начал убивать верблюдов, возникла всеобщая драка. Среди первых, кто пал в этом бою, был водитель каравана; вместе с ним были убиты около трехсот человек и пятьсот верблюдов. «Кровь убитых людей и верблюдов, — пишет Райли, — была выпита оставшимися в живых». В конечном счете до Томбукту добрались двадцать один человек и двенадцать верблюдов.